| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BA000036 | 3,035,143 | G→A | R321K (AGG→AAG) | Cgl2846 → | Hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BA000036 | 3,035,143 | 0 | G | A | 96.8% | 332.9 / NA | 96 | R321K (AGG→AAG) | Cgl2846 | Hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (51/40); minor base C (3/0); total (55/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGTGCCGATGGTTCACGGAATCAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCG‑TGGAGGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCAATGATTTACACCCTGGTGTTGGGCTACACCGGCGCAGCTTTGCCACTGTTGCTGCTGCTTTCCTTGGCAGAGCGTCCGCTGATTCAGACTCTGAGCAGCGATGTTATGGCCGGCGAGCTGCTGCGTTCAGGTGTCGGTGCGCTGACGTTGACACTGGCGGTGCCGATCACGACGCTGATCGCCGCATGGACGGTACCCGGCGATGAGCCTGCCCCAGATGATGGCAAGCCCCGCCTGATCCACCGCCA > BA000036/3034846‑3035437 | tggtgCCGATGGTTCACGGAATCAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGGCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGCTGAGAATCAGCTGAAGATCATAAACTATTTGCCGGAGGGGTCGATCTCTGGGTTGCGGTTGGAATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGGTCAACGATGTGACGAACCGACAGACGTCGACCAGCATTGAGGGCGAGGAAATCGATGAAGATGAAACACGG‑AGGAAGc > 2:105185/1‑300 (MQ=255) gATGGTTCACGTAATCAACTGGTAATCGGCAGCTGCGTTCGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTTTTGTCGTTGGCGTCGATCGTCACCACTAATTTGCGCGGACTGGGCTATGAGAATCATCTGAAGACCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGTTCTCACAGTGGTCGACCATCGATTAGCTCGCGGGAATCGATGAAGATGCCACACCGCTGGA‑GCTGTTCAc > 2:459369/1‑300 (MQ=255) gTTCACGGAATCAAGTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGAACGCTGGTGGAATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATTAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCG‑TGGAAGCTGTTTACCgg < 1:169223/299‑1 (MQ=255) gtgaaggAAGCAACTGGAATTCGGCAGATGCGTTGGGGGGAACGGTGGTGGCATTGTTGTGGGCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGGATTTGCGCGGACTGGGAGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTGGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGAAGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCG‑TGGAAGCTGTTTACCGgcg < 2:338464/295‑1 (MQ=255) ggAATCAACTGGAAGTCGGCAGCGGCGTTGGGGGGGACGCTGGTGGCATTGTTGTTTTAGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATGTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCG‑TGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATg < 2:11437/300‑1 (MQ=255) agtCAACTGGAGTTCGGCATCTTCGTTGGCGGTCACGCTGTTGGCTTTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAGTTTGCGCGGGCTGGGCGATGAGAATCATCTGAATATCATCAGCTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCG‑TGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGTc < 2:382786/298‑1 (MQ=255) tCAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCG‑TGGAAGCTGTTTACCgg > 2:106100/1‑289 (MQ=255) 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aTTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCG‑TGGAAGCTGTTTACCGGCGCGCTGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCAATGATTTACACCCTGGTGtt > 1:206301/1‑300 (MQ=255) aTTGTTGTTGTCGGCGGTGCTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGTATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCCGGGTTGCCGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCACTGGTGTGTTCAACGATGTGACGAGCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGACATCGATGAAGATGCTACACCG‑TGGACGCTGTTCACCGGCGCGATGCCGGCTGGTCGCCACCACATTTCCTCAATGATTTTCACCCTGGTGtt > 2:107678/1‑300 (MQ=255) gttgttgtCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCG‑TGGCAGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCCCATTTCCTCAATGATTTACACCCTGTGGTTggg > 2:498013/1‑300 (MQ=255) 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acCG‑TGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCAATGATTTACACCCTGGTGTTGGGCTACACCGGCGCAGCTTTGCCACTGTTGCTGCTGCTTTCCTTGGCAGAGCGTCCGCTGATTCAGACTCTGAGCAGCGATGTTATGGCCGGCGAGCTGCTGCGTTCAGGTGTCGGTGCGCTGACGTTGACACTGGCGGTGCCGATCACGACGCTGATCGCCGCATGGACGGTACCCGGCGATGAGCCTGCCCCAGATGATGGCAAGCCCCGCCTGATCCACCg > 2:515769/1‑300 (MQ=255) g‑TGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTGGGTCGCGACCACATTTCCTCAATGATTTACACCCTGGTGTTGGGCTACACCGGCGCAGCTTTGCCACTGTTGCTGCTGCTTCACTTGGCAGAGCGTCAGCGGATTCAGACTCTGAGCAGCGAGGTTATGGCCGGCGAGCTGCTGCGTTGAGGGGTCGGTGCGCTGAGGCTGCCACTGGCGGTGCCGATCACGACGCTGACTGCAGAAGGGACGGCACCCGGGGATGAGCCGGCCCCAGATGTTGGCAAGGCCGGCGTGATGCACAGCCa > 2:314821/1‑300 (MQ=255) | TGGTGCCGATGGTTCACGGAATCAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCG‑TGGAGGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCAATGATTTACACCCTGGTGTTGGGCTACACCGGCGCAGCTTTGCCACTGTTGCTGCTGCTTTCCTTGGCAGAGCGTCCGCTGATTCAGACTCTGAGCAGCGATGTTATGGCCGGCGAGCTGCTGCGTTCAGGTGTCGGTGCGCTGACGTTGACACTGGCGGTGCCGATCACGACGCTGATCGCCGCATGGACGGTACCCGGCGATGAGCCTGCCCCAGATGATGGCAAGCCCCGCCTGATCCACCGCCA > BA000036/3034846‑3035437 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |