| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 2,680,491 | A→C | 6.3% | F387V (TTC→GTC) | EO946_RS13875 ← | LysM peptidoglycan‑binding domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,680,491 | 0 | A | C | 6.3% | 631.3 / 3.0 | 244 | F387V (TTC→GTC) | EO946_RS13875 | LysM peptidoglycan‑binding domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (103/111); new base C (7/20); total (110/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.92e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
TGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTCTTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCC > NZ_CP034943/2680352‑2680627 | cTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTGTTCTTGACGGTGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTGCTTCTGGTTCTTGTAGGAGTGCGTGCTCGCCGTGCTCCGGTTGTGCGGCTTCTTCTGATTCTGGGCGGAATg > 2:785262/1‑140 (MQ=17) cTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCACCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATg < 1:51362/140‑1 (MQ=255) cTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTGCTTCTGCTTCTTGACGGAATg > 2:4392177/1‑140 (MQ=255) cTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCGTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATg > 1:1315297/1‑140 (MQ=255) tCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATGc < 2:3065201/140‑1 (MQ=255) tCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTGGACGGAGTGCGGGCTCACCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATGc < 2:1708648/140‑1 (MQ=255) gTTGCGCCGCTTCTGACTCTTCTTGACGGAGTGCGGCCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATGCAGGc < 2:3304488/140‑1 (MQ=255) gTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTGTGGTTCTTGGCGGAATGCAGGc > 2:3131412/1‑140 (MQ=255) gTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCCGGCTCACCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCAGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATGCAGGc < 2:2530798/140‑1 (MQ=255) gAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCa < 1:3366818/140‑1 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gCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGACTGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTCTTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGc < 1:3292435/140‑1 (MQ=255) ccGGTTCTTTTGCTTCTTGAAGCACTGCAGGGTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCGGCTTCTTTCTCGTCTTGACGGACTGCAGGCTCAGCGTGTTCGGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCg < 2:848095/140‑1 (MQ=14) ccGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGTCTGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGACTGCAGGCTCAGCGTCTTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCg < 2:350694/140‑1 (MQ=255) tcttctGCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTCTTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTc > 2:1001956/1‑140 (MQ=255) ctGCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTCTTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCATGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGt > 2:3425953/1‑140 (MQ=255) tcttGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTCTTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGc > 2:4518586/1‑140 (MQ=255) tcttGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTCTTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGc > 2:740580/1‑140 (MQ=255) ttGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTCTTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCg < 2:4939955/140‑1 (MQ=255) ttGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTCTTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCg < 1:1001956/140‑1 (MQ=255) | TGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTCTTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCC > NZ_CP034943/2680352‑2680627 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |