| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 2,982,236 | T→C | 46.2% | noncoding (284/1550 nt) | EO946_RS15435 ← | 16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,982,236 | 0 | T | C | 46.2% | ‑4.8 / 23.7 | 20 | noncoding (284/1550 nt) | EO946_RS15435 | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/8); new base C (2/7); total (4/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCATCACTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGCATCCGGTATTAGCCCCGGTTTCCCG > NZ_CP034943/2982100‑2982367 | tcctcacccacGCGGCGTTGCGCCGTCAGACTTTCCTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCACAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCGCAGGTCGGCTACGCATCGTTGcc < 2:4852032/137‑1 (MQ=1)tcagctctcacGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGcc < 1:2744258/134‑1 (MQ=1) acgcacGCGGCGTTGCTCCGTCCGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATGCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGt < 2:1000039/137‑1 (MQ=0) acccacGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGt < 2:3126977/137‑1 (MQ=1) aatctcgcgGCGTTGCTACGTCAGACTTTAGTCCATTGCGGAAGATTCCCTCCTGCTGGCTCACGTAGGTTTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATAACCCTATCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGt < 1:3664647/135‑1 (MQ=1) ctgacGTGGCGTTGGTCCGTCATACTTTAGTCCATTGCGTATGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCAATTGTGTCTGATCAGCCTCTAAGGTCGGCTACGCATGGTCGCCTTGGTg < 2:156324/137‑1 (MQ=1) tccgACTTTCGTCCATTGCGGAATATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACt > 2:2967237/4‑140 (MQ=1) taagtcTTTAGTCCATTGCGGAAGTTTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCGGTGTCTCAGTCACAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATAGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACt < 1:4980727/135‑1 (MQ=1) cccttGCGGAAGATTCCCTCCTGCGGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCAACGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGcgcc < 2:3527985/137‑1 (MQ=0) cagtGCGGAAGAGTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGcgccg < 2:2535101/137‑1 (MQ=0) atcgccgAAGATTCCCGACCGCCGCCTCCCCGAGCAGTCAGGGCCGTGTCTCAGACCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTCCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGcgccgc < 2:977652/134‑1 (MQ=1) tcccgcctgctgCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGt < 2:4262756/134‑1 (MQ=0) ccgtACTGCTGGCTGCCGTTGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCGGATTGTGGTCGATCACCCTCTCATGTCGGCTAAGCATCGTGGCCTTGTTGAGGCATTACATCACGTACTAGCTATTGCGCCGAGGGTCCATCTGTa < 2:3513752/137‑1 (MQ=0) cccaCTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGt < 2:2781411/89‑1 (MQ=0) cccaCTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGt > 1:2781411/4‑92 (MQ=0) tgtgtGGGCCGTGTCTCAGTACCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCTGCTACGCTTCGTTGCCTTGGTTAGCCATTACCTCACCAACTAGATAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTTCGTGGTAGCCGAAGCCACCttt < 2:1664109/136‑1 (MQ=1) tgcgCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATg > 2:1940786/4‑140 (MQ=1) tccgTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATg < 1:3601061/137‑1 (MQ=1) attaCCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGCATcc < 1:4413382/137‑1 (MQ=1) cgaaTCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGCATCCGGTATTAGCCCCGGTTTCCCg > 2:2808529/4‑140 (MQ=1) | TCATCACTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGCATCCGGTATTAGCCCCGGTTTCCCG > NZ_CP034943/2982100‑2982367 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |