| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NZ_CP034943 | 1,496,370 | T→C | 6.2% | D245D (GAT→GAC) | pdhC → | pyruvate dehydrogenase complex dihydrolipoyllysine‑residue acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 1,496,370 | 0 | T | C | 6.2% | 582.1 / 18.4 | 176 | D245D (GAT→GAC) | pdhC | pyruvate dehydrogenase complex dihydrolipoyllysine‑residue acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (78/87); new base C (4/7); total (82/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |