Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NZ_CP034943 2,070,279 G→T 10.8% A1338A (GCC→GCA EO946_RS10385 ← NTTRR‑F1 domain

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NZ_CP0349432,070,2790GT10.8% 174.8 / 9.0 77A1338A (GCC→GCAEO946_RS10385NTTRR‑F1 domain
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (32/36);  new base T (4/5);  total (36/41)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

CCGGTTGATCCTGTTGATCCCGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCAGTGGCT  >  NZ_CP034943/2070148‑2070417
                                                                                                                                   |                                                                                                                                          
ccGGTTGATCCTGTTGCTCCCGATGGACCTGTTGATCCTGGGACTCCCGGTGCTCCAGTGACTCCAGTGGCTCCGGTTGATGCCGTCTCTCCGGTTGATCCTGTTTCTCCAGTTGCTCCGGTTGCTCCAGTGGCTCCAGt                                                                                                                                    >  1:2307800/1‑140 (MQ=14)
 ccgTTGATCCTGTTGCTCCCGATGGACCTGTTGCTCCTGTTCCTCCCGTTGCCCCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGtt                                                                                                                                   <  2:2916117/138‑1 (MQ=14)
 cGGTTGATCCTGTTGATCCCGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTGCTCCAGtt                                                                                                                                   <  1:1001070/140‑1 (MQ=255)
 cGGTTGATCCTGTTGATCCCGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTGCTCCAGtt                                                                                                                                   <  1:21379/140‑1 (MQ=255)
 cGGTTGATCCTGTTGATCCCGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTGCTCCAGtt                                                                                                                                   <  1:720284/140‑1 (MQ=255)
 cGGTTGATCCTGTTGATCCCGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGGTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTGCTCCAGtt                                                                                                                                   <  1:926183/140‑1 (MQ=255)
   gTTGATCCTGTTGATCCCGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGa                                                                                                                                 <  2:1042826/140‑1 (MQ=255)
   gTTGATCCTGTTGATCCCGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGa                                                                                                                                 <  1:303954/140‑1 (MQ=255)
    ttGATCCTGTTGATCCCGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGAt                                                                                                                                <  1:2700380/140‑1 (MQ=255)
    ttGATCCTGTTGATCCCGATGGACCTGTTGATCCTGTTACGCCCGTTGCACCAGGTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGCTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGAt                                                                                                                                <  1:2026582/140‑1 (MQ=255)
     tGATCCTGTTGATCCCGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATc                                                                                                                               >  1:446901/1‑140 (MQ=255)
      gctCCTGGTGCTCGCGCTTGACCTGTGGCTCCTGTTCCTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATcc                                                                                                                              <  1:1589644/138‑1 (MQ=14)
       aTCCTGTTGCTCCCGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCt                                                                                                                             <  1:604806/140‑1 (MQ=255)
        tCCTGTTGATCCCGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTg                                                                                                                            >  1:1382359/1‑140 (MQ=255)
        tCCTGTTGATCCCGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTg                                                                                                                            <  1:1972075/140‑1 (MQ=255)
         ccTGTTGATCCCGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGt                                                                                                                           <  2:3052455/140‑1 (MQ=255)
             ttGATCCCGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTaat                                                                                                                       >  2:2427601/1‑138 (MQ=255)
             ttGATCCCGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATAAAGTGGATCAAGTTGATCCTGTTACt                                                                                                                       >  2:1765911/1‑140 (MQ=255)
             ttGATCCCGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGCCTCCGGTTGATGCAGTCTCTCCTGATGATCCTGTTTCTCCAGTTGCTCCGGTTCATACAGTGGGTCCAGTTGATCCGGTTTCt                                                                                                                       >  2:648981/1‑140 (MQ=17)
                aTCCCGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGGTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCa                                                                                                                    <  1:168631/140‑1 (MQ=255)
                  cccGCTGGACCCGTTGCTCCTGGTTCTCCCGTTGCACCAGTTCCGCCAGTGGCTCCGGTTGCTCCAGTGTGTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGt                                                                                                                  <  2:946939/140‑1 (MQ=11)
                  cccGATGGACCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCTGTTTCTCCAGTTGATCAAGTTACTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTTGCTCCAGTTGATCATGTTGATCCAGt                                                                                                                  >  2:2100587/1‑140 (MQ=11)
                  cccGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTAGTCAAGt                                                                                                                  >  2:850977/1‑140 (MQ=255)
                  cccGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGt                                                                                                                  >  1:1802042/1‑140 (MQ=255)
                  cccGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGt                                                                                                                  >  1:985168/1‑140 (MQ=255)
                  cccGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGt                                                                                                                  >  2:318742/1‑140 (MQ=255)
                  cccGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGGTACTCCAGt                                                                                                                  >  2:2602210/1‑140 (MQ=255)
                  cccGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCGCCGGTTGATCCACTGGCTCCAGTTGATCCTGTTTCTCCCGt                                                                                                                  >  2:3086316/1‑140 (MQ=255)
                           ccTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCgt                                                                                                         <  1:2719228/140‑1 (MQ=255)
                              gTTGCTCCTGTGACTCCCGTGGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCgttga                                                                                                      <  1:1823875/140‑1 (MQ=12)
                              gTTGATCCTGGTAGTCGCGTTGGACGAGTTTCTCCAGGGGCTCCTGTTGATGCAGTGTCTGCGGTTTTTCATGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCgttga                                                                                                      <  2:2159743/140‑1 (MQ=11)
                               ttGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCgttgtg                                                                                                     >  1:2500758/1‑138 (MQ=255)
                               ttGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCgttgat                                                                                                     >  1:2593687/1‑140 (MQ=40)
                               ttGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCgttgat                                                                                                     >  1:1759150/1‑140 (MQ=40)
                                      tGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCgttgatccggttg                                                                                              >  2:863279/1‑140 (MQ=18)
                                        ttACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCgttgatcctgttgat                                                                                            >  1:2621817/1‑140 (MQ=32)
                                        ttACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCgttgatcctgttgat                                                                                            <  2:1382359/140‑1 (MQ=32)
                                                                                              ttGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTTGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTCCTCCAGTTGCTCCGGTTGGACCGGTTGATCACGTTGCTCCAGTTGCt                                      >  1:807687/1‑140 (MQ=11)
                                                                                              ttGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCt                                      >  1:2244495/1‑140 (MQ=32)
                                                                                              ttGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGACCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCt                                      >  1:807749/1‑140 (MQ=17)
                                                                                                 aTCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCg                                   >  1:2752137/1‑140 (MQ=33)
                                                                                                 aTCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCg                                   >  1:2520851/1‑140 (MQ=33)
                                                                                                 aTCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCGGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCGGTTGCTCCCGTTGCGCCg                                   >  1:864444/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                   ccTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTTGCTCCAGTTGCTCCAGTTGCTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTGCTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCtgcagt                                 >  1:1041274/1‑135 (MQ=11)
                                                                                                   ccTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGt                                 >  1:1540721/1‑140 (MQ=34)
                                                                                                   ccTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGt                                 >  1:79808/1‑140 (MQ=34)
                                                                                                   ccTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGt                                 >  1:3098276/1‑140 (MQ=34)
                                                                                                   ccTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGGTGATCCAGTTGCTCCAGTTGCTCCTGTTACTCCGGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGt                                 <  2:2103853/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                   ccTGTTTCTCCCGTTGCACCTGGTGATCATGTGGCTCCAGTTGCTCCGGATTCTCCTGTTTCTAGCGTTGTTCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGt                                 <  2:3111574/140‑1 (MQ=11)
                                                                                                   ccTGTAGCTCCCGTTGCGCCCCTTGATCCACTGGCTCCAGTTGATCCTGTTCCTCCAGGTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGt                                 <  2:114517/140‑1 (MQ=11)
                                                                                                      gTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTTGCTCCAGTTGATCCTGTTACACCAGATGCTCCAGTTAATCCTGATGATCCTGTTTGTCCACTGTAGCCGGTTTCACCAGTTGATCCAGTTTCACCACTTGCTACCGtttc                              >  2:1087108/1‑138 (MQ=2)
                                                                                                      gTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGa                              >  2:1954225/1‑140 (MQ=35)
                                                                                                        ttCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATc                            <  1:2000267/140‑1 (MQ=37)
                                                                                                            cccGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGAt                             <  2:2351077/135‑1 (MQ=37)
                                                                                                            cccGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGAt                             >  1:2351077/1‑135 (MQ=37)
                                                                                                               gTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTtc                     >  1:2080217/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                               gTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTtc                     >  1:1965729/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                               gTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTtc                     >  1:738284/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                  gCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCTGTTGCTCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTTCTcc                  <  1:1986075/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     cctgTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTTCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTTCTCCCGt               <  2:2248781/137‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     ccGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTTCTCCCGt               <  2:1154019/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                        ggtGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTGACTCCCGTTGCGCCCGTGGATCCTGTTGATCCTGTTCCTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGc            <  1:3023211/138‑1 (MQ=17)
                                                                                                                        gTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGc            <  1:1929674/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            cgccACTGGCTCCCGGTGCTCCTGTTACTCCCGTTGCTCCCGTTTATCCTGTTGATCCTGTTACTCGAGGGGCTCCTGTATGACGTGGTGATCCCGTTGCTGCAGTTGCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCa        <  1:1313114/138‑1 (MQ=17)
                                                                                                                            agccAGTGGCTCCAGTCGCTCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTTCTCCCGTGGCTCCa        <  1:873337/138‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            aTCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCa        >  1:1284097/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                            aTCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGGTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGGTGCTCCGGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCa        <  1:1510045/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                             tCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTAGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCAGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTGCTCCGGGTGCTCCAg       >  2:453085/1‑140 (MQ=14)
                                                                                                                                 gTGGCTCCAGTTGCTCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTTCGCCCGTTGCTCCAGTGGc   <  2:1108141/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 gTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCAGTGGc   <  2:231454/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 gTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCAGTGGc   <  2:3098276/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 gTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCAGTGGc   <  2:79808/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 gTGGCTCCAGTTGATACTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTGGCTCCAGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCAGTGGc   <  2:3106450/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  tGGCTCCAGTTGCTCCCGTGACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCAGTGGCt  <  1:709100/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  tGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCAGTGGCt  <  1:2703572/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  tGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCAGTGGCt  <  1:763977/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  tGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCAGTGGCt  <  1:2259574/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                   |                                                                                                                                          
CCGGTTGATCCTGTTGATCCCGATGGACCTGTTGATCCTGTTACTCCCGTTGCACCAGTTACTCCAGTGGCTCCGGTTGATCCAGTCTCTCCTGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCGGTTGATCCAGTGGCTCCAGTTGATCCTGTTACTCCAGTTGCTCCCGTTGATCCTGTTGATCCTGTTACTCCAGTGGCTCCTGTTGGACCTGTTGATCCCGTTGCTCCAGTTGCTCCGGTTGATCCTGTTTCTCCCGTTGCTCCAGTGGCT  >  NZ_CP034943/2070148‑2070417

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: