| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 2,219,522 | A→T | 5.8% | T742T (ACT→ACA) | dinG ← | ATP‑dependent DNA helicase DinG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,219,522 | 0 | A | T | 5.8% | 488.4 / 16.1 | 148 | T742T (ACT→ACA) | dinG | ATP‑dependent DNA helicase DinG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (80/58); new base T (4/5); total (85/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
CTTGCGCCAAGAGCTGAATGCCGGAAGCACTCATCAGGTGTTTGAGTTCCTGATGAACCTTTTTCAGCATATCATGGGATGTTAACAGCACAAGGATTTTAGGCTGTTTTTCCTTTGCCATCAGTTCGATATAACGGGCAGTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGATTCTCATTGTCCGCGGGAAAAAGTCACCCAGTCCCAGTC > NZ_CP034943/2219383‑2219661 | cTTGCGCCAAGAGGTGACAGCCGGAAGCACACACCAGGTGTTTGAGTTCCTGATGAACCATTTTCAGCCTATCATGGGATGTTAACAGCACAAGGATTTTAGGCTGTTTTTCCATTGCCATCAGTTCGATATAACGGGCa < 2:30926/140‑1 (MQ=255) ttGCGCCAAGAGCTGAATGCCGGAAGCACTCATCAGGTGTTTGAGTTCCTGATGAACCTTTTTCAGCATATCATGGGATGTTAACAGCACAAGGATTTTAGGCTGTTTTTCCTTTGCCATCAGTTCGATATAACGGGCAg > 1:1489058/1‑140 (MQ=255) tGCGCCAAGAGCTGAATGCCGGAAGCACTCATCAGGTGTTTGAGTTCCTGATGAACCTTTTTCAGCATATCATGGGATGTTAACAGCACAAGGATTTTAGGCTGTTTTTCCTTTGCCATCAGTTCGATATAACGGGCAGt > 1:1844872/1‑140 (MQ=255) tGCGCCAAGAGCTGAATGCCGGAAGCACTCATCAGGTGTTTGAGTTCCTGATGAACCTTTTTCAGCATATCATGGGATGTTAACAGCACAAGGATTTTAGGCTGTTTTTCCTTTGCCATCAGTTCGATATAACGGGCAGt > 1:2876271/1‑140 (MQ=255) 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1:1451191/1‑140 (MQ=255) gCCATCAGTTCGATATAACGGGCAGTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGATTCTCATTGTCCGCgg > 1:2695711/1‑140 (MQ=255) gCCATCAGTTCGATATAACGGGCAGTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGATTCTCATTGTCCGCgg > 2:2425361/1‑140 (MQ=255) gCCATCAGTTCGATATAACGGGCAGTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGATTCTCATTGTCCGCgg > 1:608926/1‑140 (MQ=255) gCCATCAGTTCGATATAACGGGCAGTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGAGTCTCAGTGTcggcgg > 1:2737546/1‑140 (MQ=255) cGATATAACGGGCAGTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGATTCTCATTGTCCGCGGGAAAAAGTCa < 2:2971498/140‑1 (MQ=255) gATATAACGGGCTCTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGGATCTTGGATTGATTTCATTGCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGATTCTCATTGTCCGCGGGAAAAAGTCAc < 2:1751081/140‑1 (MQ=255) gATATAACGGGCAGTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGATTCTCATTGTCCGCGGGAAAAAGTCAc < 1:1354329/140‑1 (MQ=255) gATATAACGGGCAGTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACCCGATTCTCATTGTCCGCGGGAAAAAGTCAc < 2:2033819/140‑1 (MQ=255) atatAACGGGCTGTATCCTGTATAAATTCAGGTTGCCCTGTATCCTGAATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCTGCATACGCTCATCGTAAGAAAAGGGTGACTCAATTCTCATTGTCCGCGGGAAAAAGTCAct < 1:2412157/140‑2 (MQ=255) atatAACGGGCAGTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGATTCTCATTGTCCGCGGGAAAAAGTCAcc < 1:840476/140‑1 (MQ=255) atatAACGGGCAGTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGATTCTCATTGTCCGCGGGAAAAAGTCAcc < 1:2976509/140‑1 (MQ=255) atatAACGGGCAGTATCCAGTATAAATTCCGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGTTTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGATTCTCATTGTCCGCGGGAAAAAGTCAcc < 1:629918/140‑1 (MQ=255) cGGGCAGTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGATTCTCATTGTCCGCGGGAAAAAGTCAcccagtcc > 1:1216871/1‑140 (MQ=255) cGGGCAGTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGATTCTCATTGTCCGCGGGAAAAAGTCAcccagtcc > 1:1401695/1‑140 (MQ=255) cGGGCAGTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGATTCTCATTGTCCGCGGGAAAAAGTCAcccagtcc > 1:925035/1‑140 (MQ=255) cGGGCAGTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGATTCTCATTGTCCGCGGGAAAAAGTCAcccagtcc > 2:1073657/1‑140 (MQ=255) aGTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGATTCTCATTGTCCGCGGGaaa > 1:549503/1‑121 (MQ=255) aGTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGATTCTCATTGTCCGCGGGAAAAAGTCAcccag < 2:3040715/132‑1 (MQ=255) aGTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGATTCTCATTGTCCGCGGGAAAAAGTCAcccag > 1:3040715/1‑132 (MQ=255) aGTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGAGTCTCATTGTCCGCGGGAAAAAGTCACccagtcccagtc > 1:1321361/1‑140 (MQ=255) | CTTGCGCCAAGAGCTGAATGCCGGAAGCACTCATCAGGTGTTTGAGTTCCTGATGAACCTTTTTCAGCATATCATGGGATGTTAACAGCACAAGGATTTTAGGCTGTTTTTCCTTTGCCATCAGTTCGATATAACGGGCAGTATCCTGTATAAATTCAGCTTGCCCCGTATCTTGGATTGATTTCATTTCTTTTGGAATCATCACCCGCATGCGCTTATCGTAAGAAAAAGGCGACTCGATTCTCATTGTCCGCGGGAAAAAGTCACCCAGTCCCAGTC > NZ_CP034943/2219383‑2219661 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |