| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 2,452,637 | C→T | 6.3% | S216S (TCG→TCA) | pstB ← | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein PstB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,452,637 | 0 | C | T | 6.3% | 401.7 / 12.5 | 127 | S216S (TCG→TCA) | pstB | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein PstB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (78/41); new base T (4/4); total (82/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TCCTCTGTCTTTTGCTGCTTCGGACTGGTGAAAATTTGTTCAGTCTGTCCGTATTCTACAAGCTCGCCGTTTAAAAAGAATGCCGTCCGGTCAGAAACCCGCAGAGCCTGCTGCATATTGTGCGTGACAATAATAATCGAGTATTCACTTTTTAATTCTGTAATTAATTCCTCTATTTTTGCATTTGAAATCGGATCTAGCGCTGAAGCTGGTTCATCCAGCAGAAGAACGGCCGGCTTCATCGCAAGCGTTCTCGCGATACATAAACGTTGTTG > NZ_CP034943/2452500‑2452774 | tCCTCTGTCTTTTGCTGCTTCGGACTGGTGAAAATTTGTTCAGTCTGTCCGTATTCTACAAGCTCGCCGTTTAAAAAGAATGCCGTCCGGTCAGAAACCCGCAGAGCCTGCTGCATATTGTGCGTGACAATAATAATCGa > 2:3061068/1‑140 (MQ=255)tCCTCTGTCTTTTGCTGCTTCGGACTGGTGAAAATTTGTTCAGTCTGTCCGTATTCTACAAGCTCGCCGTTTAAAAAGAATGCCGTCCGGTCAGAAACCCGCAGAGCCTGCTGCATATTGTGCGTGACAATAATAATCGa > 2:1020271/1‑140 (MQ=255) tGTCTTTTGCTTTTTCGGACTCGTGAAAATCTGTTCGGTCTGTCCGTATTCTACAAGCTCGCCGTTTAAAAAGAATGCCGTCCGGTCAGAAACCCGCAGAGCCTGCTGCATATTGTGCGTGACAATAATAATTGAGTAtt > 2:122043/1‑140 (MQ=255) tGTCTTTTGCTTTTTCGGACTCGTGAAAATCTGTTCGGTCTGTCCGTATTCTACAAGCTCGCCGTTTAAAAAGAATGCCGTCCGGTCAGAAACCCGCAGAGCCTGCTGCATATTGTGCGTGACAATAATAATTGAGTAtt > 2:2234287/1‑140 (MQ=255) tGTCTTTTGCTTTTTCGGACTCGTGAAAATCTGTTCGGTCTGTCCGTATTCTACAAGCTCGCCGTTTAAAAAGAATGCCGTCCGGTCAGAAACCCGCAGAGCCTGCTGCATATTGTGCGTGACAATAATAATTGAGTAtt > 2:1534979/1‑140 (MQ=255) tGTCTTTTGCTGCTTCGGACTGGTGAAAATTTGTTCAGTCTGTCCGTATTCTACACGCTCGCCGTTTAAAAAGAATGCCGTCCGGTCAGAAACCCGCAGAGCCTGCTGCATATTGTGCGTGACAATAATAATCGAGTAtt > 1:2574052/1‑140 (MQ=255) tGTCTTTTGCTGCTTCGGACTGGTGAAAATTTGTTCAGTCTGTCCGTATTCTACAAGCTCGCCGTTTAAAAATAATGCCGTCCGGTCAGAAACCAGCAGAGCCTGCTGCATAGTGTGCGTGACAATAATAATCGAGGAtt > 2:2838299/1‑140 (MQ=255) tGTCTTTTGCTGCTTCGGACTGGTGAAAATTTGTTCAGTCTGTCCGTATTCTACAAGCTCGCCGTTTAAAAAGAATGCCGTCCGGTCAGAAACCCGCAGAGCCTGCTGCATATTGTGCGTGACAATAATAATCGAGTAtt > 1:2208428/1‑140 (MQ=255) tGTCTTTTGCTGCTTCGGACTGGTGAAAATTTGTTCAGTCTGTCCGTATTCTACAAGCTCGCCGTTTAAAAAGAATGCCGTCCGGTCAGAAACCCGCAGAGCCTGCTGCATATTGTGCGTGACAATAATAATCGAGTAtt > 1:538229/1‑140 (MQ=255) tGTCTTTTGCTGCTTCGGACTGGTGAAAATTTGTTCAGTCTGTCCGTATTCTACAAGCTCGCCGTTTAAAAAGAATGCCGTCCGGTCAGAAACCCGCAGAGCCTGCTGCATATTGTGCGTGACAATAATAATCGAGTAtt > 2:2513731/1‑140 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(MQ=255) taataatCGAGTATTCACTTTTTAATTCTGTAATTAATTCCTCTATTTTTGCATTTGAAATCGGATCTAGCGCTGAAGCTGGTTCATCCAGCAGAAGAACGGCCGGCTTCATCGCAAGCGTTCTCGCGATACATAAACgt < 1:159851/140‑1 (MQ=255) taataatCGAGTAGTCACTTTTTAATTCTGTACTTAATTCCTCTATTTGGGCATTTGAAATCGGATCTAGCGCTGAAGCTGGTTCATCCAGCAGAAGAACGGCCGGCTTCATCGCAAGCGTTCTCGCGATACATAAACgt < 1:484119/140‑1 (MQ=255) atCGAGTATTCACTTTTTAATTCTGTAATTAATTCCTCTATTTTTGCATTTGAAATCGGATCTAGCGCTGAAGCTGGTTCATCCAGCAGAAGAACGGCCGGCTTCATCGCAAGCGTTCTCGCGATACATAAACGttgttg > 2:799637/1‑140 (MQ=255) atCGAGTATTCACTTTTTAATTCTGTAATTAATTCCTCTATTTTTGCATTTGAAATCGGATCTAGCGCTGAAGCTGGTTCATCCAGCAGAAGAACGGCCGGCTTCATCGCAAGCGTTCTCGCGATACATAAACGttgttg > 2:808829/1‑140 (MQ=255) atCGAGTATTCACTTTTTAATTCTGTAATTAATTCCTCTATTTTTGCATTTGAAATCGGATCTAGCGCTGAAGCTGGTTCATCCAGCAGAAGAACGGCCGGCTTCATCGCAAGCGTTCTCGCGATACATAAACGttgttg > 2:891099/1‑140 (MQ=255) | TCCTCTGTCTTTTGCTGCTTCGGACTGGTGAAAATTTGTTCAGTCTGTCCGTATTCTACAAGCTCGCCGTTTAAAAAGAATGCCGTCCGGTCAGAAACCCGCAGAGCCTGCTGCATATTGTGCGTGACAATAATAATCGAGTATTCACTTTTTAATTCTGTAATTAATTCCTCTATTTTTGCATTTGAAATCGGATCTAGCGCTGAAGCTGGTTCATCCAGCAGAAGAACGGCCGGCTTCATCGCAAGCGTTCTCGCGATACATAAACGTTGTTG > NZ_CP034943/2452500‑2452774 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |