| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NZ_CP034943 | 3,183,699 | G→A | 5.6% | T204T (ACG→ACA) | mdtP → | multidrug efflux MFS transporter MdtP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP034943 | 3,183,699 | 0 | G | A | 5.6% | 470.8 / 12.1 | 143 | T204T (ACG→ACA) | mdtP | multidrug efflux MFS transporter MdtP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (68/65); new base A (4/4); total (74/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
GTAGACTCGCTAAACTGGAAATGGGTTTTCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAA > NZ_CP034943/3183562‑3183836 | gTAGACTCGCTAAACTGGAAATGGGTTTTCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACgat < 2:993826/140‑1 (MQ=255) tCGCTACACTGGAAATGGGTTTTCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGt < 2:1030863/140‑1 (MQ=255) tCGCTAAACTGGAAATGGGTTTTCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGt < 2:917825/140‑1 (MQ=255) tCGCTAAACTGGAAATGGGTTTTCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGt < 2:1405812/140‑1 (MQ=255) 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cTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCa > 1:2480885/1‑140 (MQ=255) ttCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAg < 2:1773522/140‑1 (MQ=255) ttCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAg < 2:416521/140‑1 (MQ=255) ttCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAg < 2:679750/140‑1 (MQ=255) gCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGTTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTtattat > 2:2305789/1‑140 (MQ=255) gCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTcg < 1:1477398/112‑1 (MQ=255) gCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTcg > 2:1477398/1‑112 (MQ=255) gCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTtattat > 2:1911407/1‑140 (MQ=255) | GTAGACTCGCTAAACTGGAAATGGGTTTTCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAA > NZ_CP034943/3183562‑3183836 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |