| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 3,183,711 | G→T | 5.7% | G208G (GGG→GGT) | mdtP → | multidrug efflux MFS transporter MdtP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 3,183,711 | 0 | G | T | 5.7% | 435.8 / 12.1 | 140 | G208G (GGG→GGT) | mdtP | multidrug efflux MFS transporter MdtP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/69); new base T (4/4); total (67/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
AAACTGGAAATGGGTTTTCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTA > NZ_CP034943/3183573‑3183850 | aaaCTGGAAATGGGTTTTCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCgggg < 2:2684966/140‑1 (MQ=255) tGGACAGGGGTTTTCTATTTTAACCGTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGt < 2:2210330/140‑1 (MQ=255) tGGAAATGGGTTTTCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGt < 2:1424989/140‑1 (MQ=255) aaaTGGGTTTTCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAg > 1:2596838/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) gCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTcg < 1:1477398/112‑1 (MQ=255) gCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTtattat > 2:1911407/1‑140 (MQ=255) cTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATc > 1:458562/1‑140 (MQ=255) gagtttCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTGGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAg < 1:2208431/137‑1 (MQ=255) atTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATcaaaagcaaa < 2:2962375/140‑1 (MQ=255) atTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATcaaaagcaaa < 2:2024420/140‑1 (MQ=255) atTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATcaaaagcaaa < 2:917665/140‑1 (MQ=255) atTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATcaaaagcaaa < 2:2513016/140‑1 (MQ=255) agtGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCCTGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATcaaaagcaaa < 2:2523805/138‑1 (MQ=255) ttGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGc > 1:2552890/1‑80 (MQ=255) ttGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGc < 2:2552890/80‑1 (MQ=255) ggggTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTa < 1:1065690/120‑1 (MQ=255) ggTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTa < 2:884828/140‑1 (MQ=255) ggTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTa < 2:117674/140‑1 (MQ=255) ggTAGTCACACTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTACATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTCGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTa < 2:774905/140‑1 (MQ=255) | AAACTGGAAATGGGTTTTCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTA > NZ_CP034943/3183573‑3183850 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |