| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 3,183,714 | T→G | 5.4% | V209V (GTT→GTG) | mdtP → | multidrug efflux MFS transporter MdtP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 3,183,714 | 0 | T | G | 5.4% | 477.6 / 10.8 | 147 | V209V (GTT→GTG) | mdtP | multidrug efflux MFS transporter MdtP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (64/74); new base G (4/4); total (68/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
TGGAAATGGGTTTTCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATC > NZ_CP034943/3183577‑3183852 | tGGACAGGGGTTTTCTATTTTAACCGTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGt < 2:2210330/140‑1 (MQ=255)tGGAAATGGGTTTTCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGt < 2:1424989/140‑1 (MQ=255) aaaTGGGTTTTCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAg > 2:2076560/1‑140 (MQ=255) aaaTGGGTTTTCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAg > 1:2596838/1‑140 (MQ=255) gggTTTTCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGcctc < 1:146139/140‑1 (MQ=255) ttttCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCtt > 1:1530244/1‑140 (MQ=255) ttttCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTACTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGAGTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGAGGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCtt > 1:1076685/1‑140 (MQ=255) tttatctatTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCACCGTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTtc < 2:561587/134‑1 (MQ=255) ttatataTTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTtct < 2:377015/137‑1 (MQ=255) ttCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTtct < 1:2783301/140‑1 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(MQ=255) ttCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAg < 2:416521/140‑1 (MQ=255) gCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTcg < 1:1477398/112‑1 (MQ=255) gCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTcg > 2:1477398/1‑112 (MQ=255) gCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTtattat > 2:1911407/1‑140 (MQ=255) tATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCGTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGTGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAg < 1:264959/140‑1 (MQ=255) atTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATcaaaagcaaa < 2:2513016/140‑1 (MQ=255) atTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATcaaaagcaaa < 2:917665/140‑1 (MQ=255) atTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATcaaaagcaaa < 2:2962375/140‑1 (MQ=255) atTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATcaaaagcaaa < 2:2090606/140‑1 (MQ=255) ttGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGc < 2:2552890/80‑1 (MQ=255) ggggTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTa > 2:1065690/1‑120 (MQ=255) ggggTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTa < 1:1065690/120‑1 (MQ=255) ggTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTa < 2:1940839/140‑1 (MQ=255) ggTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTa < 2:884828/140‑1 (MQ=255) ggTAGTCACACTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTACATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTCGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTa < 2:774905/140‑1 (MQ=255) | TGGAAATGGGTTTTCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATC > NZ_CP034943/3183577‑3183852 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |