| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 3,183,726 | T→G | 5.5% | L213L (CTT→CTG) | mdtP → | multidrug efflux MFS transporter MdtP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 3,183,726 | 0 | T | G | 5.5% | 474.5 / 10.8 | 146 | L213L (CTT→CTG) | mdtP | multidrug efflux MFS transporter MdtP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (67/70); new base G (4/4); total (72/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
TTTTCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGTATC > NZ_CP034943/3183587‑3183865 | ttttCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCtt > 1:1079787/1‑140 (MQ=255)ttttCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCtt > 1:1530244/1‑140 (MQ=255) tttatctatTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCACCGTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTtc < 2:561587/134‑1 (MQ=255) ttCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTtct < 1:2783301/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cctTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGt > 2:2231918/1‑140 (MQ=255) tctcGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCTCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGAACTAGAGCCTATCCTGCCAATGTATc > 1:915539/1‑140 (MQ=255) tctcGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGTATc < 2:39115/140‑1 (MQ=255) tctcGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGTATc > 2:2762034/1‑140 (MQ=255) tctcGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGTATc < 2:2305928/140‑1 (MQ=255) tctcGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGTATc < 2:1779919/140‑1 (MQ=255) tctcGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGTATc > 1:1598586/1‑140 (MQ=255) tctcGCCCTAAGCTGTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGTATc < 2:1779884/140‑1 (MQ=255) | TTTTCTATATTAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGTATC > NZ_CP034943/3183587‑3183865 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |