| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 3,183,733 | C→T | 5.1% | L216L (CTA→TTA) | mdtP → | multidrug efflux MFS transporter MdtP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 3,183,733 | 0 | C | T | 5.1% | 517.1 / 11.7 | 156 | L216L (CTA→TTA) | mdtP | multidrug efflux MFS transporter MdtP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (71/77); new base T (4/4); total (75/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
TAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGTATCTATT > NZ_CP034943/3183597‑3183869 | ttCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCttt > 2:1156011/1‑140 (MQ=255) tCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTg < 2:2817680/140‑1 (MQ=255) tCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTg < 1:2318326/140‑1 (MQ=255) ccAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGGGGATTACAGGGACGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACAATGATTGTCGGTGTGGTCAGCCTCCTGCTCGCCTTAAGCTTTgg > 1:1001095/1‑140 (MQ=255) ccAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGGGGATTACAGGGACGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACAATGATTGTCGGTGTGGTCAGCCTCCTGCTCGCCTTAAGCTTTgg > 1:921526/1‑140 (MQ=255) ccAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGGGGATTACAGGGACGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACAATGATTGTCGGTGTGGTCAGCCTCCTGCTCGCCTTAAGCTTTgg > 1:794085/1‑140 (MQ=255) ccAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCACCTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTgg > 1:679750/1‑140 (MQ=255) ccAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTgg > 2:2524884/1‑140 (MQ=255) ccAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTgg > 1:1486490/1‑140 (MQ=255) ccAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTgg > 1:1773522/1‑140 (MQ=255) ccAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTgg > 1:416521/1‑140 (MQ=255) ccAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTgg > 1:2923823/1‑140 (MQ=255) ccAGTCGCAATAATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGCGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATAGCTGCTATTTTCACGATGATGGTCGGGGTTGTCAGACTCATTCTCGAACTAAGATTTgg > 1:1753029/1‑140 (MQ=255) tCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATCTCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGa < 2:777275/140‑1 (MQ=255) tCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGa < 2:1324991/140‑1 (MQ=255) tCGGAATGATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGa < 2:1893925/140‑1 (MQ=255) cGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCATCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGaa < 2:2178911/140‑1 (MQ=255) cGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGaa < 2:233460/140‑1 (MQ=255) cGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGaa < 2:560164/140‑1 (MQ=255) cGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGaa < 2:1762614/140‑1 (MQ=255) cGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGaa < 2:873185/140‑1 (MQ=255) cGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGaa < 2:2559942/140‑1 (MQ=255) cGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGaa < 2:2464783/140‑1 (MQ=255) ttattGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGAt < 2:2810088/140‑1 (MQ=255) ttattGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGAt < 2:2712022/140‑1 (MQ=255) tGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATg > 1:3091686/1‑140 (MQ=255) gTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTg < 2:2843526/140‑1 (MQ=255) gTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTg > 1:276361/1‑140 (MQ=255) gTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCCGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTg > 2:2785925/1‑140 (MQ=255) tttATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTc < 2:2701218/140‑1 (MQ=255) ttGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATgg < 2:1697746/140‑1 (MQ=255) ggCCAGAGGATTCCAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCACCTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGc < 1:357148/139‑1 (MQ=255) gCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCa < 2:2596838/140‑1 (MQ=255) gCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCa < 2:1951994/140‑1 (MQ=255) gCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCa < 2:908859/140‑1 (MQ=255) gCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCa < 2:2569726/140‑1 (MQ=255) gCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCa < 2:908867/140‑1 (MQ=255) agagGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGAt > 2:2393500/1‑140 (MQ=255) ggCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGtt > 1:2097026/1‑140 (MQ=255) ggCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGtt > 1:2235155/1‑140 (MQ=255) ccgccAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTCTGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCg > 1:1398962/1‑140 (MQ=255) ccgccAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCg > 1:575750/1‑140 (MQ=255) ccgccAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCg > 1:1833301/1‑140 (MQ=255) ccgccAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCg < 1:2978135/140‑1 (MQ=255) ccgccAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCg > 1:2819159/1‑140 (MQ=255) ccgccAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCg > 1:1940839/1‑140 (MQ=255) ccgccAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCg > 1:117674/1‑140 (MQ=255) ccgccACCAGAATGGTCCGAACAAATTCGAAAAAGGTGGTATTTTAACTATAATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCAAACTCGCCCAAACATTTTGCGGAAAATATAATGCTTGGGGTTCATGACAGATAATTGGCTttttac > 2:2978135/1‑138 (MQ=255) ccAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCAc > 2:2180496/1‑140 (MQ=255) agACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTcgcg < 2:1242692/140‑1 (MQ=255) gTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATc > 1:1694756/1‑140 (MQ=255) gTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATc > 1:626112/1‑140 (MQ=255) gTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATc > 2:83023/1‑140 (MQ=255) gTCCGATCAACTTCGATATCGCTCGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATc > 2:2154615/1‑140 (MQ=255) ccGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACAATGATTGTCGGTGTGGTCAGCCTCCTGCTCGCCTTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCATGGGATTCATGGCAGATTCTTGGGTTGTTCGCTCTCGCACTGATCgg < 2:921526/140‑1 (MQ=255) ccGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACAATGATTGTCGGTGTGGTCAGCCTCCTGCTCGCCTTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCATGGGATTCATGGCAGATTCTTGGGTTGTTCGCTCTCGCACTGATCgg < 2:1001095/140‑1 (MQ=255) aTCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTg > 1:2908312/1‑92 (MQ=255) aTCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTg < 2:2908312/92‑1 (MQ=255) aTCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTc > 1:2119781/1‑98 (MQ=255) aTCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTc < 2:2119781/98‑1 (MQ=255) tCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCAtt > 1:2635630/1‑140 (MQ=255) tCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCAtt > 1:1406025/1‑140 (MQ=255) aaCTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGt < 2:1210340/140‑1 (MQ=255) aaCTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGGTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATGATGGGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCTCGCTGATCGGCATTGt > 2:1320468/1‑140 (MQ=255) aCTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTc < 1:2987800/140‑1 (MQ=255) cTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCa > 1:448176/1‑140 (MQ=255) cTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCa > 1:2480885/1‑140 (MQ=255) ttCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAg < 2:679750/140‑1 (MQ=255) ttCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAg < 2:1773522/140‑1 (MQ=255) cGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTttatta > 1:1255817/1‑140 (MQ=255) gCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTcg > 2:1477398/1‑112 (MQ=255) gCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTtattat > 2:1911407/1‑140 (MQ=255) cTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATc > 1:458562/1‑140 (MQ=255) tATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCGTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGTGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAg < 1:264959/140‑1 (MQ=255) atTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATcaaaagcaaa < 2:2024420/140‑1 (MQ=255) atTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATcaaaagcaaa < 2:2090606/140‑1 (MQ=255) agtGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCCTGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATcaaaagcaaa < 2:2523805/138‑1 (MQ=255) ttGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGc > 1:2552890/1‑80 (MQ=255) tCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAagag < 1:1875241/140‑1 (MQ=255) ggggTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTa < 1:1065690/120‑1 (MQ=255) ggggTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTa > 2:1065690/1‑120 (MQ=255) ggTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTa < 2:1940839/140‑1 (MQ=255) ggTAGTCACACTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTACATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTCGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTa < 2:774905/140‑1 (MQ=255) ttGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATc > 1:1965087/1‑140 (MQ=255) gTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTATAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCt > 2:317984/1‑140 (MQ=255) gTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCt < 2:2235155/140‑1 (MQ=255) gTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCt < 2:2097026/140‑1 (MQ=255) cctcctTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCaa < 1:2089200/140‑1 (MQ=255) cctTCTCGCCCTAAGCTTTGGTGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGt > 2:177794/1‑140 (MQ=255) cctTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGt > 2:1790842/1‑140 (MQ=255) cctTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGt > 2:2983990/1‑140 (MQ=255) tctcGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCTCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGAACTAGAGCCTATCCTGCCAATGTATc > 1:915539/1‑140 (MQ=255) tctcGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGTATc < 2:1779919/140‑1 (MQ=255) tctcGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGTATc > 1:1598586/1‑140 (MQ=255) tctcGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGTATc > 2:2762034/1‑140 (MQ=255) tctcGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGTATc < 2:39115/140‑1 (MQ=255) tctcGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGTATc < 2:2923823/140‑1 (MQ=255) tctcGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGTATc < 2:2305928/140‑1 (MQ=255) tcGCCCTAAGCGTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGTATCTa < 2:502594/140‑1 (MQ=255) gCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGTATCTAtt > 1:2588463/1‑140 (MQ=255) | TAACCTTCCAGTCGGAATTATTGCGGTTATTTTTATTGCCAGAGGATTACAGGGCCGCCAGCAGACTGGTCCGATCAACTTCGATATCGCTGGTATTTTCACGATGATTGTCGGGGTTGTCAGCCTCCTTCTCGCCCTAAGCTTTGGCGGAAAAGATTATGCGTGGGGTTCATGGCAGATTCTTGGCTTGTTCGCACTCGCGCTGATCGGCATTGTCAGCTTTATTATCGTAGAATCAAAAGCAAAAGAGCCTATCCTGCCAATGTATCTATT > NZ_CP034943/3183597‑3183869 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |