| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 3,218,214 | C→T | 5.0% | intergenic (‑30/‑174) | sigO ← / → EO946_RS20875 | RNA polymerase sigma factor SigO/YvrJ family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 3,218,214 | 0 | C | T | 5.0% | 378.3 / 7.3 | 120 | intergenic (‑30/‑174) | sigO/EO946_RS20875 | RNA polymerase sigma factor SigO/YvrJ family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/67); new base T (3/3); total (50/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TCGTCCAATGATTTTGCATCTTTTTCGTTCGGGCTTTCCATTACGTTTTTGAACAAACGGTAATGCTGAGGATTGCTCAAAAAATGCTTCACGATGGGATGCTTCATTATCTCCTTACATTTTGACCGTAAAAGACCTTGATAGTCCATCAAACCGCCTCCCTACTAAATTAAATGAAGGAAAGCAAAAAAAAGTAAACTACTACTTTCAGACTAGCGCTTGTCTTAAATACTCCAGCCGCAGTTTACGTTTTCTTAGATTTCCTTCACT > NZ_CP034943/3218078‑3218347 | tCGTCCAATGATTTTGCATCTTTTTCGTTCGGGCTTTCCATTACGTTTTTGAACAAACGGTAATGCTGAGGATTGCTCAAAAAATGCTTCACGATGGGATGCTTCATTATCTCCTTACATTTTGACCGTAAAAGACCTTg > 2:1957828/1‑140 (MQ=255) cGTCCAATGATTTTGCATCTTTTTCGTTCGGGCTTTCCATTACGTTTTTGAACAAACGGTAATGCTGAGGATTGCTCAAAAAATGCTTCACGATGGGATGCTTCATTATCTCCTTACATTTTGACCGTAAAAGACCTTGa < 2:1295230/140‑1 (MQ=255) cGTCCAATGATTTTGCATCTTTTTCGTTCGGGCTTTCCATTACGTTTTTGAACAAACGGTAATGCTGAGGATTGCTCAAAAAATGCTTCACGATGGGATGCTTCATTATCTCCTTACATTTTGACCGTAAAAGACCTTGa < 1:2962456/140‑1 (MQ=255) tGATTTTGCATCTTTTTCGTTCGGGCTTTCCATTACGTTTTTGAACAAACGGTAATGCTGAGGATTGCTCAAAAAATGCTTCACGATGGGATGCTTCATTATCTCCTTACATTTTGACCGTAAAAGACCTTGATAGTCCa < 1:2488107/140‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |