| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP034943 | 607566 = | 187 (0.850) | 25 (0.120) +CGCTCCGGT |
4/250 | 9.2 | 12.4% | coding (409/1125 nt) | EO946_RS03185 | collagen‑like protein |
| ? | NZ_CP034943 | = 607637 | 193 (0.880) | coding (480/1125 nt) | EO946_RS03185 | collagen‑like protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NZ_CP034943/607631‑607566‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCG < NZ_CP034943/607637‑607519 ||||||||| GGCTTCCCCGGCTGCTCCGGTCGCTCCGGCAGGTCCGCCTGCGCCTGGCGCCCCGGTGGCTCCCGTCGCTCCGGGTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGG < 2:3122719/140‑1 CCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCG < 2:229774/76‑1 CCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCG > 1:229774/1‑76 CCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGG < 1:1006917/41‑1 CCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGG > 2:1006917/1‑41 CCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTG > 1:2149117/1‑58 CCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTG < 2:2149117/58‑1 AGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCT > 1:2018093/1‑55 AGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCT < 2:2018093/55‑1 CCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCC < 2:2124007/93‑1 CCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCGTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCC > 1:2124007/1‑93 CCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGG > 2:405908/1‑58 CCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGG > 2:3285841/1‑58 CCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGG > 2:1460969/1‑58 cgGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGG < 1:1468540/55‑1 cgGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGG < 1:1463519/55‑1 CTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGG > 2:1463519/1‑57 CTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGG > 2:1468540/1‑57 TGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGGCCCTGTGGCTCCCGTCGCACCCGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCGCCCGGCG > 2:1776384/1‑140 GTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTg > 1:1238416/1‑47 CCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGT > 1:2092560/1‑41 GTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTG < 2:2651621/37‑1 GTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTG > 1:735550/1‑37 GTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTG > 1:2651621/1‑37 GTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTG < 2:735550/37‑1 GGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGG > 1:922805/1‑38 ||||||||| GGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NZ_CP034943/607631‑607566‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCG < NZ_CP034943/607637‑607519 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |