Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP034943 | 3,285,575 | 0 | T | G | 35.6% | 344.6 / 312.8 | 306 | N276H (AAT→CAT) | EO946_RS16995 | IS3 family transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (94/103); new base G (69/40); total (163/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
CAGCGGGCGTCCCTTTGCGGGACATGCTCATGGTAATGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTCTGTCCATAAGGCAAATATGTGATGTCCGTTACT > NZ_CP034943/3285440‑3285711 | cAGCGGGCGTCCCTTTGCGGGACATGCTCATGGTAATGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGt < 1:2760543/140‑1 (MQ=32) cAGCGGGCGTCCCTTTGCGGGACATGCTCATGGTAATGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGt < 2:3087763/140‑1 (MQ=32) cAGCGGGCGTCCCTTTGCGGGACATGCTCATGGTAATGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGt < 2:441872/140‑1 (MQ=32) cGGGCGTCCCTTTGCGGGACATGCTCATGGTAATGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATg > 1:349208/1‑140 (MQ=34) cGGGCGTCCCTTTGCGGGACATGCTCATGGTAATGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATg > 1:1403571/1‑140 (MQ=34) cGGGCGTCCCTTTGCGGGACATGCTCATGGTAATGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATg > 1:2453103/1‑140 (MQ=34) ccTTTGCGGGACATGCTCATGGTAATGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTTGTCACTATGTAACACGCAGTTCTGTGGCTGTGTTGTAATATTATTATGTATGTCTAAGag < 2:701271/140‑2 (MQ=11) tttGCGGGACATGCTCATGGTAATGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACaa < 2:2149449/140‑1 (MQ=34) gCGGGACATGCTCATGGTAATGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGt < 2:431965/140‑1 (MQ=34) gggACATGCTCATGGTAATGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCt < 2:1607807/140‑1 (MQ=34) gggACATGCTCATGGTAATGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCt < 2:349208/140‑1 (MQ=34) gggACATGCTCATGGTAATGCCTTTTGTGTGAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCt < 2:967736/140‑1 (MQ=21) gACATGCTCATGGTAATGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCtgt > 2:2679367/1‑140 (MQ=34) tCATGGTAATGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGc < 1:530503/140‑1 (MQ=34) aTGGTAATGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCtt < 2:627795/140‑1 (MQ=34) tGGTAATGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACa > 1:180122/1‑122 (MQ=35) tGGTAATGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACa < 2:180122/122‑1 (MQ=35) tGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACATAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCt > 2:1212635/1‑122 (MQ=25) tGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGt < 1:1945268/104‑1 (MQ=32) tGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGt > 2:1945268/1‑104 (MQ=32) tGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCa > 2:3284991/1‑140 (MQ=40) tGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCa > 1:1653366/1‑140 (MQ=40) tttGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCt < 2:1869296/117‑1 (MQ=35) tttGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCt > 1:1869296/1‑117 (MQ=35) tttGTGTTAACAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGt > 2:758446/1‑140 (MQ=255) tttGTGTTAACAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGt > 2:2725973/1‑140 (MQ=255) tgtgTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCATCCTTAGCCCCAAGCGaaa > 1:670358/1‑140 (MQ=11) tgtgTTAACAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTaa > 1:961331/1‑140 (MQ=255) aacaGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCaa > 1:1475637/4‑140 (MQ=255) acaGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAAt < 1:2334556/138‑1 (MQ=255) acaGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAAt < 1:432638/138‑1 (MQ=255) aGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCa < 1:1579118/140‑1 (MQ=255) aGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCa < 2:1343899/140‑1 (MQ=40) aGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCa < 2:1156417/140‑1 (MQ=40) tttCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACtt < 1:2481996/140‑1 (MQ=40) tCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCa > 2:931337/1‑119 (MQ=39) tCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCa < 1:932082/119‑1 (MQ=39) tCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTtct < 2:1403571/140‑1 (MQ=40) tCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTtct < 2:2575849/140‑1 (MQ=40) tCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTtct > 2:1688094/1‑140 (MQ=40) gATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCa < 1:2678566/140‑1 (MQ=255) cTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGt > 2:3182674/1‑140 (MQ=255) cGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGtat < 2:2779541/140‑1 (MQ=255) gTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGta < 2:1273135/138‑1 (MQ=40) tAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCa > 2:2499046/1‑132 (MQ=40) tataCACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACtt < 2:419362/120‑1 (MQ=255) taCACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATAAATCTAatat > 1:3086673/1‑140 (MQ=255) taCACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAatat > 1:3263405/1‑140 (MQ=255) aGAACCTTGGTCACTCTGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTgg > 2:2113668/1‑140 (MQ=255) aGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCa < 1:2614154/118‑1 (MQ=255) aGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATAAATCTAATATACTgg > 1:3043502/1‑140 (MQ=255) aGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCa < 1:1930211/118‑1 (MQ=255) aGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTgg > 2:1109455/1‑140 (MQ=255) aaCCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGtat < 2:3004173/122‑1 (MQ=255) aaCCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATAAATCTAATATACTGGaa > 2:3011404/1‑140 (MQ=255) aaCCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCa > 2:2841756/1‑92 (MQ=40) aaCCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTaa < 1:2988228/99‑1 (MQ=255) aaCCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGta > 1:2028227/1‑121 (MQ=40) aaCCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGta < 2:2028227/121‑1 (MQ=40) aaCCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTGGaa > 1:2398288/1‑140 (MQ=255) aaCCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTGGaa < 1:1109455/140‑1 (MQ=255) aaCCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTGGaa < 2:288485/140‑1 (MQ=255) aaCCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTGGaa > 1:472228/1‑140 (MQ=255) aaCCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTGGaa > 2:1303700/1‑140 (MQ=255) cTTGGTCACTCTGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATAAATCTAATATACTGGAAAgg > 1:3391687/1‑140 (MQ=11) cTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTGGAAAgg > 2:3309427/1‑140 (MQ=255) cTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTATCCATTGTATACATCTAATATACTGGACAgg > 1:2174200/1‑140 (MQ=255) tGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATAAATCTAATATACTGGAAAGGTa > 2:3236121/1‑140 (MQ=255) ggTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATAAATCTAATATACTGGAAAGGTAc > 1:2064191/1‑140 (MQ=255) acaaTGTCACACGCTGTTCTCAGGCAGTGTTGTTAGCTGATGAACTGTGTCTAACACAAAGTCTGTGACCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGAAATCACTACTCCCTTGTATAAAACTAATAAACTGGAAAGTTACAAtt > 2:3351116/4‑140 (MQ=255) aCTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATAAATCTAATATACTGGAAAGGTACaaat > 2:2088342/1‑138 (MQ=11) aCTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTGGAAAGGTACAAtt > 2:387690/1‑140 (MQ=255) tATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGt > 1:3006478/1‑140 (MQ=255) tATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGt > 1:3290705/1‑140 (MQ=255) tAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATAAATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTCt < 2:1031264/140‑1 (MQ=255) gCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACtt > 2:941700/1‑89 (MQ=11) gCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCa < 2:2549351/94‑1 (MQ=255) gCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCa > 1:2549351/1‑94 (MQ=255) gCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATAAATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTCTGTCCAt > 1:1052172/1‑140 (MQ=255) gCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATAAATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTCTGTCCAt > 1:856390/1‑140 (MQ=255) gCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTTATATACTGGAAAGGTACCATTGTTTCTGTCCAt > 1:1729073/1‑140 (MQ=255) gCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGttt < 1:1281288/132‑1 (MQ=255) gCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTCTGTCCAt > 2:1074115/1‑140 (MQ=255) gCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTCTGTCCAt > 2:2273695/1‑140 (MQ=255) aGTTCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATAAATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTc > 2:3115373/1‑131 (MQ=255) aGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTtct > 1:221952/1‑89 (MQ=255) aGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTtct < 2:221952/89‑1 (MQ=255) aGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTa < 2:294701/105‑1 (MQ=255) ttCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAATCAATGACTTATCGATTGTATAAATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTCTGTCCATAAgg < 1:2725973/140‑1 (MQ=11) ttCTCAGGCAGTGTTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATAAATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTCTGTCCATAAgg > 1:3162921/1‑140 (MQ=255) cAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTCTGTCCATAAGGCaaa < 1:281582/140‑1 (MQ=255) gtgtTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATAAATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTCTGTCCATAAGGCAAATAtgtg > 1:1814909/1‑140 (MQ=255) gtgtTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATAAATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTCTGTCCATAAGGCAAATAtgtg > 2:504003/1‑140 (MQ=255) gtgtTGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATAAATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTCTGTCCATAAGGCAAATAtgtg > 1:123110/1‑140 (MQ=255) gtgtTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTCTGTCCATAAGGCa > 1:2891624/1‑132 (MQ=255) gtTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTCTGTCCATAAGGCAAATATGTGAt < 2:2398288/140‑1 (MQ=255) ttGGTAGCTGATGAAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATAAATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTCTGTCCATAAGGCAAATATGTGATg > 2:2640334/1‑140 (MQ=255) ttGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTCTGTCCATAAGGCAAATATGTGATg < 1:768192/140‑1 (MQ=255) tgatgaAGTGTGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATAAATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTCTGTCCATAAGGCAAATATGTGATGTCCGTTAc > 2:3376811/1‑140 (MQ=12) tGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTCTGTCCATAAGGCAAATATGTGATGTCCGTTAc > 1:2868534/1‑140 (MQ=255) | CAGCGGGCGTCCCTTTGCGGGACATGCTCATGGTAATGCCTTTTGTGTTAATAGCTTTCTGATACTCGTAAGATGTATACACAGAACCTTGGTCACTATGTAACACGCAGTTCTCAGGCAGTGTTGGCAGCTGATTAAGTATGTCTAAGACAAAGTCTGTGTCCTGCTTATCCCCAATCGTAAAAGCAATCACTTCTCCATTGTATACATCTAATATACTGGAAAGGTACAATTGTTTCTGTCCATAAGGCAAATATGTGATGTCCGTTACT > NZ_CP034943/3285440‑3285711 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |