| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP034943 | 1,966,258 | 0 | G | C | 26.6% | 199.0 / 21.4 | 116 | intergenic (+1/‑452) | iseA/EO946_RS09770 | DL‑endopeptidase inhibitor IseA/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/44); new base C (0/30); total (39/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
ATTTCTAAAAAAGGCGGCACAGTCACATACGAATTTACCGTTCCTACTTTAGATGGATCACCTTCAGCGAAACGGAAAGTGACATTTGTAAAAGAGAATAAAAAATGGAAAGTTAATCAATTTGACGCAGTTATATAAGAAAAACGCCCGGTATAAGCGGGCGTTTTTTATTTGGCATAAAAAAGACAACAGACGAAAAGCCTGTTGTCTTTTTGTAAATATAACGCTCTAGGAGGGAGTCTATATCCCCTCTTCAACCATTGATTTAATAAGGTT > NZ_CP034943/1966120‑1966395 | aTTTCTAAAAAAGGCGGCACAGTCACATACGAATTTACCGTTCCTACTTTAGATGGATCACCTTCAGCGAAACGGAAAGTGACATTTGTAAAAGAGAATAAAAAATGGAAAGTTAATCAATTTGACGCAGTTATATAAGa > 2:2396789/1‑140 (MQ=255)aTTTCTAAAAAAGGCGGCACAGTCACATACGAATTTACCGTTCCTACTTTAGATGGATCACCTTCAGCGAAACGGAAAGTGACATTTGTAAAAGAGAATAAAAAATGGAAAGTTAATCAATTTGACGCAGTTATATAAGa > 1:228509/1‑140 (MQ=255) ttCTAAAAAAGGCGGCACAGTCACATACGAATTTACCGTTCCTACTTTAGATGGATCACCTTCAGCGAAACGGAAAGTGACATTTGTAAAAGAGAATAAAAAATGGAAAGTTAATCAATTTGACGCAGTTATATAAGaaa > 1:3323768/1‑140 (MQ=255) aaaaatGGCGGCACAGTCACTTACTAATTTACCGTTCCTACTTTTGATGGATCACGTTCAGCGAAACGTAATTTGACATTTTTAAAAGAGAATAAAAAATGGAATGTTAATAATTTTGCCGCATTTATATAACAAAAACg < 2:701184/140‑1 (MQ=255) 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ATTTCTAAAAAAGGCGGCACAGTCACATACGAATTTACCGTTCCTACTTTAGATGGATCACCTTCAGCGAAACGGAAAGTGACATTTGTAAAAGAGAATAAAAAATGGAAAGTTAATCAATTTGACGCAGTTATATAAGAAAAACGCCCGGTATAAGCGGGCGTTTTTTATTTGGCATAAAAAAGACAACAGACGAAAAGCCTGTTGTCTTTTTGTAAATATAACGCTCTAGGAGGGAGTCTATATCCCCTCTTCAACCATTGATTTAATAAGGTT > NZ_CP034943/1966120‑1966395 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |