| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NZ_CP034943 | 1,463,824 | G→T | 10.1% | D44Y (GAT→TAT) | EO946_RS07665 → | ABC transporter ATP‑binding protein/permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 1,463,824 | 0 | G | T | 10.1% | 448.6 / 19.9 | 188 | D44Y (GAT→TAT) | EO946_RS07665 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (74/91); new base T (19/4); total (93/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
GGATATGGAGACATTTAAAAGATTAAAAACGTTTTATTGGCCGTACAGAAAAGTGTTTATGTGGTCGCTTCTGGCCATGCTTTTGATGACTGCGATTACTGTCGTTTACCCGATTATCCTGCAAATTACGATTGATGAAATCGTAATGGGGAGGCAGTATCAGCTTGCAGCATGGGTCAGCTTGGGATTTATTGTGGTAATGGCCCTGAAAGGAATCGCCACTTTTTTTCATCAATATTTAGGTGATATGTTTGGAATCAAATCCG > NZ_CP034943/1463691‑1463956 | ggATATGGAGACATTTAAAAGATTAACAACGTTTTATTGGCCGTACAGAAAAGTGTTTATGTGGTCGCTTCTGGCCATGCTTTTGATGACTGCGATTACTGTCGTTTACCCGATTATCCTGCAACTTACGATTGATGaaa < 2:1004041/140‑1 (MQ=255)ggATATGGAGACATTTAAAAGATTAAAAACGTTTTATTGGCCGTACAGAAAAGTGTTTATGTGGTCGCTTCTGGCCATGCTTTTGATGACTGCGATTACTGTCGTTTACCCGATTATCCTGCAAATTACGATTGATGaaa < 2:839038/140‑1 (MQ=255)ggATATGGAGACATTTAAAAGATTAAAAACGTTTTATTGGCCGTACAGAAAAGTGTTTATGTGGTCGCTTCTGGCCATGCTTTTGATGACTGCGATTACTGTCGTTTACCCGATTATCCTGCAAATTACGATTGATGaaa > 1:4233073/1‑140 (MQ=255)ggATATGGAGACATTTAAAAGATTAAAAACGTTTTATTGGCCGTACAGAAAAGTGTTTATGTGGTCGCTTCTGGCCATGCTTTTGATGACTGCGATTACTGTCGTTTACCCGATTATCCTGCAAATTACGATTGATGaaa > 1:4096805/1‑140 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gTCGTTTAACCGATTATCCTGCAAAATACGATTGATGAAATCGTAATGGGGAGGAAGTATCAGCTTGCAGCATGGGTCAGCTTGGGATTTATTGTGGTAATGGCCCTGAAAGGAATCGCCACTTTTTTTAATAAATAttt > 2:4284631/1‑140 (MQ=255) aCCCGATTATCCTGCAAATTACGATTGATGAAATCGTAATGGGGAGGCAGTATCAGCTTGCAGCATGGGTCAGCTTGGGATTTATTGTGGTAATGGCCCTGAAAGGAATCGCCACTTTTTTTCATCAATATTTAGGTGat < 1:3265184/140‑1 (MQ=255) aCCCGATTATCCTGCAAATTACGATTGATGAAATCGTAATGGGGAGGCAGTATCAGCTTGCAGCATGGGTCAGCTTGGGATTTATTGTGGTAATGGCCCTGAAAGGAATCGCCACTTTTTTTCATCAATATTTAGGTGat < 1:4327818/140‑1 (MQ=255) gATTATCCTGCAAATTACGATTGATGAAATCGTAATGGGGAGGCAGTATCAGCTTGCAGCATGGGTCAGCTTGGGATTTATTGTGGTAATGGCCCTGAAAGGAATCGCCACTTTTTTTCATCAATATTTAGGTGATATGt > 1:231264/1‑140 (MQ=255) ttATCCTGCAAATTACGATTGATGAAATCGTAATGGGGAGGCAGTATCAGCTTGCAGCATGGGTCAGCTTGGGATTTATTGTGGTAATGGCCCTGAAAGGAATCGCCACTTTTTTTCATCAATATTTAGGTGATATGttt < 2:612527/140‑1 (MQ=255) tGCAAATTACGATTGATGAAATCGTAATGGGGAGGCAGTATCAGCTTGCAGCATGGGTCAGCTTGGGATTTATTGTGGTAATGGCCCTGAAAGGAATCGCCACTTTTTTTCATCAATATTTAGGTGATCTGTTTGGAATc > 2:2954829/1‑140 (MQ=255) cAAATTACGATTGATGAAATCGTAATGGGGAGGCAGTATCAGCTTGCAGCATGGGTCAGCTTGGGATTTATTGTGGTAATGGCCCTGAAAGGAATCGCCACTTTTTTTCATCAATATTTAGGTGATATGTTTGGAATCaa > 1:1105982/1‑140 (MQ=255) tACGATTGATGAAATCGTAATGGGGAGGCAGTATCAGCTTGCAGCATGGGTCAGCTTGGGATTTATTGTGGTAATGGCCCTGAAAGGACTCGCCACTTTTTTTCATCAATATTTAGGTGATATGTTTGGACTCAAATCCg > 2:3406057/1‑140 (MQ=255) tACGATTGATGAAATCGTAATGGGGAGGCAGTATCAGCTTGCAGCATGGGTCAGCTTGGGATTTATTGTGGTAATGGCCCTGAAAGGAATCGCCACTTTTTTTCATCAATATTTAGGTGATATGTTTGGAATCAAATCCg > 1:2060140/1‑140 (MQ=255) tACGATTGATGAAATCGTAATGGGGAGGCAGTATCAGCTTGCAGCATGGGTCAGCTTGGGATTTATTGTGGTAATGGCCCTGAAAGGAATCGCCACTTTTTTTAATCAATATTTAGGTGATATGTTTGGAATAAAATCCg > 1:3401046/1‑140 (MQ=255) | GGATATGGAGACATTTAAAAGATTAAAAACGTTTTATTGGCCGTACAGAAAAGTGTTTATGTGGTCGCTTCTGGCCATGCTTTTGATGACTGCGATTACTGTCGTTTACCCGATTATCCTGCAAATTACGATTGATGAAATCGTAATGGGGAGGCAGTATCAGCTTGCAGCATGGGTCAGCTTGGGATTTATTGTGGTAATGGCCCTGAAAGGAATCGCCACTTTTTTTCATCAATATTTAGGTGATATGTTTGGAATCAAATCCG > NZ_CP034943/1463691‑1463956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |