| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 1,570,501 | A→T | 5.6% | A62A (GCA→GCT) | spoIIGA → | sigma‑E processing peptidase SpoIIGA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 1,570,501 | 0 | A | T | 5.6% | 387.0 / 6.8 | 119 | A62A (GCA→GCT) | spoIIGA | sigma‑E processing peptidase SpoIIGA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/65); new base T (3/4); total (50/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
ATGCACTTTTGCTTTTGCTCACGGCATTTATTTTAAAACGGCATGTGAAAAAAAGAAGACTGATAGGCGGAGCGTTCATCGGTTCCAGTATCGTCCTTTTGATGTTTACTCCTTTTTCGCCGATCGTTGAACATCCGGCAGGTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGCCCA > NZ_CP034943/1570362‑1570632 | aTGCACTTTTGCTTTTGCTCACGGCATTTATTTTAAAACGGCATGTGAAAAAAAGAAGACTGATAGGCGGAGCGTTCATCGGTTCCAGTATCGTCCTTTTGATGTTTACTCCTTTTTCGCCGATCGTTGAACATCCGGCa < 1:3988878/140‑1 (MQ=255)aTGCACTTTTGCTTTTGCTCACGGCATTTATTTTAAAACGGCATGTGAAAAAAAGAAGACTGATAGGCGGAGCGTTCATCGGTTACAGTATCGTGCTTTTGATGTTTACTCCTTTTTCGCCGATCGTTGAACATCCGGCa < 1:2260775/140‑1 (MQ=255) ttttgcttttgcTCACGGCATTTATTTTAAAACGGCATGTGAAAAAAAGAAGACTGATAGGCGGAGCGTTCATCGGTTCCAGTATCGTCCTTTTGATGTTTACTCCTTTTTCGCCGATCGTTGAACATCCGGCAGGTAAg < 1:289610/140‑1 (MQ=255) ttttgcttttgcTCACGGCATTTATTTTAAAACGGCATGTGAAAAAAAGAAGACTGATAGGCGGAGCGTTCATCGGTTCCAGTATCGTCCTTTTGATGTTTACTCCTTTTTCGCCGATCGTTGAACATCCGGCAGGTAAg < 2:1213788/140‑1 (MQ=255) 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2:2131753/1‑140 (MQ=255) tttCGCCGATCGTTGAACATCCGGCAGGTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGAAATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGtgagga > 1:1708063/1‑140 (MQ=255) tCGTTGAACATCCGGCAGGTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATc < 1:3087227/140‑1 (MQ=255) gaccATCCGGCAGGTACGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGGTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGc < 2:2075442/137‑1 (MQ=255) gAACATCCGGCAGGTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGc < 1:1329625/140‑1 (MQ=255) gAACATCCGGCAGGTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGc < 1:4051411/140‑1 (MQ=255) cATCCGGCAGGTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGCCCa < 2:217502/140‑1 (MQ=255) cATCCGGCAGGTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGAGGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGCCCa < 2:4223407/140‑1 (MQ=255) cATCCGGCAGGTAAGCTGGCATTTTCAGTGGGTATTGTGATCGTGACATTTGGCTTTAAGCCAGTCCGCTATTTCATTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGCCCa < 1:376228/140‑1 (MQ=255) | ATGCACTTTTGCTTTTGCTCACGGCATTTATTTTAAAACGGCATGTGAAAAAAAGAAGACTGATAGGCGGAGCGTTCATCGGTTCCAGTATCGTCCTTTTGATGTTTACTCCTTTTTCGCCGATCGTTGAACATCCGGCAGGTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGCCCA > NZ_CP034943/1570362‑1570632 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |