| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 1,570,504 | T→G | 5.2% | G63G (GGT→GGG) | spoIIGA → | sigma‑E processing peptidase SpoIIGA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 1,570,504 | 0 | T | G | 5.2% | 386.6 / 5.6 | 122 | G63G (GGT→GGG) | spoIIGA | sigma‑E processing peptidase SpoIIGA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/68); new base G (3/4); total (50/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
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gTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGCCCATTCTTtgctg < 1:1433188/140‑1 (MQ=255) gTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGCCCATTCTTtgctg < 1:1859453/140‑1 (MQ=255) gTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGCCCATTCTTtgctg < 1:2749895/140‑1 (MQ=255) | TTTTGCTTTTGCTCACGGCATTTATTTTAAAACGGCATGTGAAAAAAAGAAGACTGATAGGCGGAGCGTTCATCGGTTCCAGTATCGTCCTTTTGATGTTTACTCCTTTTTCGCCGATCGTTGAACATCCGGCAGGTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGCCCATTCTTTGCTG > NZ_CP034943/1570368‑1570642 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |