| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 1,570,510 | G→A | 5.2% | L65L (CTG→CTA) | spoIIGA → | sigma‑E processing peptidase SpoIIGA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 1,570,510 | 0 | G | A | 5.2% | 379.1 / 6.3 | 115 | L65L (CTG→CTA) | spoIIGA | sigma‑E processing peptidase SpoIIGA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/62); new base A (3/3); total (50/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CTTTTGCTCACGGCATTTATTTTAAAACGGCATGTGAAAAAAAGAAGACTGATAGGCGGAGCGTTCATCGGTTCCAGTATCGTCCTTTTGATGTTTACTCCTTTTTCGCCGATCGTTGAACATCCGGCAGGTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGCCCATTCTTTGCTGCAG > NZ_CP034943/1570373‑1570645 | cttttgctCACGGCATTTATTTTAAAACGGCATGTGAAAAAAACAAGACTGATAGGCGGAGCGTTCATCGGTTCCAGTATCGTCCTTTTGATGTTTACTCCTTTTTCGCCGATCGTTGAACATCCGGCAGGTAAGCTGGc < 1:1545503/140‑1 (MQ=255) ttgctCACGGCATTTATTTTAAAACGGCATGTGAAAAAAAGAAGACTGATAGGCGGAGCGTTCATCGGTTCCAGTATCGTCCTTTTGATGTTTACTCCTTTTTCGCCGATCGTTGAACATCCGGCAGGTAAGCTGGCttt > 2:319489/1‑140 (MQ=255) ttgctCACGGCATTTATTTTAAAACGGCATGTGAAAAAAAGAAGACTGATAGGCGGAGCGTTCATCGGTTCCAGTATCGTCCTTTTGATGTTTACTCCTTTTTCGCCGATCGTTGAACATCCGGCAGGTAAGCTGGCttt < 2:1516020/140‑1 (MQ=255) ttgctCACGGCATTTATTTTAAAACGGCATGTGAAAAAAAGAAGACTGATAGGCGGAGCGTTCATCGGTTCCAGTATCGTCCTTTTGATGTTTACTCCTTTTTCGCCGATCGTTGAACATCCGGCAGGTAAGCTGGCttt < 2:1455888/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttCGCCGATCGTTGAACATCCGGCAGGTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGAAATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGtgagga > 1:1708063/1‑140 (MQ=255) tCGTTGAACATCCGGCAGGTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATc < 1:3087227/140‑1 (MQ=255) gaccATCCGGCAGGTACGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGGTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGc < 2:2075442/137‑1 (MQ=255) gAACATCCGGCAGGTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGc < 1:4051411/140‑1 (MQ=255) gAACATCCGGCAGGTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGc < 1:1329625/140‑1 (MQ=255) gAACATCCGGCAGGGAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGGGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGc < 2:4171824/140‑1 (MQ=255) cATCCGGCAGGTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGCCCa < 2:2348864/140‑1 (MQ=255) cATCCGGCAGGTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGCCCa < 2:217502/140‑1 (MQ=255) cATCCGGCAGGTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGAGGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGCCCa < 2:4223407/140‑1 (MQ=255) cATCCGGCAGGTAAGCTGGCATTTTCAGTGGGTATTGTGATCGTGACATTTGGCTTTAAGCCAGTCCGCTATTTCATTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGCCCa < 1:376228/140‑1 (MQ=255) gTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGCCCATTCTTtgctg < 1:1859453/140‑1 (MQ=255) gTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGCCCATTCTTtgctg < 1:1433188/140‑1 (MQ=255) gTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGCCCATTCTTtgctg < 1:2749895/140‑1 (MQ=255) aGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGCCCATTCTTTGCTGCAg < 1:1247467/140‑1 (MQ=255) | CTTTTGCTCACGGCATTTATTTTAAAACGGCATGTGAAAAAAAGAAGACTGATAGGCGGAGCGTTCATCGGTTCCAGTATCGTCCTTTTGATGTTTACTCCTTTTTCGCCGATCGTTGAACATCCGGCAGGTAAGCTGGCTTTTTCAGTTGTTATTGTGATGGTGACATTTGGCTTTAAGAGATTCCGCTATTTCTTTCAAAATTTGTTTTCCTTTTATTTTGCGACTTTTTTAATGGGAGGAGGAATTATCGGGGCCCATTCTTTGCTGCAG > NZ_CP034943/1570373‑1570645 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |