| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 2,502,242 | T→G | 18.3% | T274P (ACG→CCG) | hrcA ← | heat‑inducible transcriptional repressor HrcA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,502,242 | 0 | T | G | 18.3% | 232.2 / 8.6 | 139 | T274P (ACG→CCG) | hrcA | heat‑inducible transcriptional repressor HrcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/52); new base G (30/2); total (85/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.87e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
AATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAAC > NZ_CP034943/2502107‑2502377 | aatTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCgtgtgt < 1:2943130/140‑1 (MQ=255) atTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGtgtgtg > 2:2165191/1‑140 (MQ=255) atTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGtgtgtg < 2:3574633/140‑1 (MQ=255) atTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGtgtgtg > 1:201543/1‑140 (MQ=255) ttCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCCTCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATGTTAATCGAAATCCCCgtgggtgg > 2:3290498/1‑140 (MQ=255) ttCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTACCGATTTTAATAGAAAAACCCGTGTGTgg > 1:1482670/1‑140 (MQ=255) ttCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTATTCATAGTCGTGTTCTTTCCAGATTTTAATAGAAATACACCTGTgggg > 1:2408365/1‑140 (MQ=255) tGCGGGTCGGGCCGATAATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGGTCTACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAATTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTGTTTTCCGATTTTAAAAGAAATTCCCGGGTGCGGGGAt > 1:2878835/1‑140 (MQ=255) gCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATAGAAATCCCCGTGTGTGGGGAtt > 2:192517/1‑140 (MQ=255) ggTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTCTTTCCCCATTTTAATCGAAATCCCCGGGTGTGGGGATTGaa > 1:1661450/1‑140 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tCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAAACCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATGCTGTTCTTTTTCa > 2:947985/1‑140 (MQ=255) cTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAAGAGCCTGTTCTTTTTCAATTa > 2:4251073/1‑140 (MQ=255) cAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATgagaga < 2:4111602/140‑1 (MQ=255) cAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATgagaga < 2:3724284/140‑1 (MQ=255) aCGTAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATCTTCGTTTTCTTTCCCTATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGACCGAGATTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAg < 1:1829626/140‑1 (MQ=255) aCGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAg < 2:75743/140‑1 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tCGTTTTCTTTACCGATTTTAATCGAAATACCCGTGTGTGGGGATTTAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTAAATTAATGATAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATAtt > 2:1451537/1‑140 (MQ=255) tCGGTTTGTTTCCCGATTTTAATAGAAATCCCCGTGGGTGGGGATTGAACGAGCGTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATAtt > 2:1013439/1‑140 (MQ=255) ttttCTTTCCCGATTTTAATCGAAAAACCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAAAATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGAt > 2:3646611/1‑140 (MQ=255) tcCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTccg > 2:2899800/1‑140 (MQ=255) aaTCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACa > 2:4135197/1‑140 (MQ=255) aaTCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGAGTTTTCCGCCGAAAAACa > 2:1817045/1‑140 (MQ=255) tCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAAt > 1:401241/1‑140 (MQ=255) aTCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTc < 2:2566490/140‑1 (MQ=255) aTCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATACTTTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTc < 1:1828178/140‑1 (MQ=255) aTCCCCGTGTGTGGGGATCGAACGCGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGCAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATATTTCCGCCGAAAAACAATTTTTc < 1:2859394/140‑1 (MQ=255) cccGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTACAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAAc < 2:2024195/140‑1 (MQ=255) | AATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAAC > NZ_CP034943/2502107‑2502377 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |