| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 2,982,236 | T→C | 27.3% | noncoding (284/1550 nt) | EO946_RS15435 ← | 16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,982,236 | 0 | T | C | 27.3% | ‑2.6 / 12.2 | 22 | noncoding (284/1550 nt) | EO946_RS15435 | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/9); new base C (2/4); total (9/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
TCATCACTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGCATCCGGTATTAGCCCCGGTTTCCCGGA > NZ_CP034943/2982100‑2982369 | tcctcactcacGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGACGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGcc > 2:1195813/4‑140 (MQ=1) acacacGCGGCGTTGCTCCGTCAGTCTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGt < 2:3361964/137‑1 (MQ=1) cgtcgTTGCACCGACAGACGTTCCTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCag < 2:1521226/137‑2 (MQ=1) cggtGCTCCGTCAGCCGTGCGGCCATTGCGGAAGATGCCCTCCTGCTGCCGCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTAc < 2:2278281/137‑1 (MQ=1) ggcgccGTCCGACGTTCGTCCATTGCGGACGATTCCCGACTGCGGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTc < 2:3308012/136‑1 (MQ=1) cgccAGACGTTCCTCCATTGCGGAAGATTCCCGACTGCTGCCGCCCCTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCCGGCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGCTCGGCTACGCATCGTTGCCGTGGTGAGCCAGTACCTCACCaa < 2:4213370/137‑1 (MQ=1) acacaCTGTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACt < 2:1935877/136‑1 (MQ=0) gcgcccATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc > 2:874046/5‑123 (MQ=0) gcgcccATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc < 1:874046/120‑2 (MQ=0) atggCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGGCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCCCCAACTAGCTAATGcgccgc < 2:3181577/137‑1 (MQ=0) gggcagagTCCCTACGGCTGCCTCCCGGAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCTGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTACGGTCGGCTACGCATCGTCGCCGTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGGCGCgggg < 2:140671/136‑2 (MQ=1) aataTTCCCTCCTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCa < 2:2112112/137‑1 (MQ=1) agcttCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCAt < 2:3130872/137‑1 (MQ=1) ccaaCTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGATACGCATCGTCGCCTTGTTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTaa > 1:2489301/4‑140 (MQ=0) agacTGGGCCGGGTCTCAGTCCCACGGGGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTGGGTGAGCCAGTACCTCCCCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCttt < 2:2259869/137‑1 (MQ=1) tgcctcAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAAc > 1:4160227/4‑140 (MQ=1) tgactcAGTCCCACTGTGGCCGAACACCCTCACAGGTCGTCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTATTATGTTTGAAc > 2:987696/4‑140 (MQ=1) tccgTCCCAGTGGGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGCCAGTACCTGACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGTAGCCTCCTTTTATGTTTGAACCATg < 2:3299191/137‑1 (MQ=1) gactataaCCCTCTCAGGTCTTCTAATCATAGATGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGc > 2:1971592/8‑140 (MQ=1) gactataaCCCTCTCAGGTCTGATAATAATCAATGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGc > 2:1548354/8‑140 (MQ=1) gactataaCCCTCTCAGGTCTGATAAAAATCCATGACTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGc > 2:4292022/8‑140 (MQ=1) cagcGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTACAAACACGCATCCGGTATTAGCCCCGGTTTCCCGGa > 1:2080947/4‑140 (MQ=0) | TCATCACTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGCATCCGGTATTAGCCCCGGTTTCCCGGA > NZ_CP034943/2982100‑2982369 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |