| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 3,496,441 | C→G | 5.8% | L329L (CTG→CTC) | EO946_RS17995 ← | glucosaminidase domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 3,496,441 | 0 | C | G | 5.8% | 671.4 / 6.8 | 221 | L329L (CTG→CTC) | EO946_RS17995 | glucosaminidase domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/152); new base G (15/2); total (67/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.34e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
TGCGGCTTTGTTTGCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCGTTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACTGTATTCAGCCCTTTGAAATA > NZ_CP034943/3496306‑3496578 | cGGCTTTGTTTGCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCGTTTTTTTTATTCTGGATGACGGGGAATTCCAATTTTTATTTTTAAAAAAACTGTAGATCGTTTGGAgcggg > 2:1685430/1‑137 (MQ=255) gCTTTGTTTGCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCGTTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGctgctg < 2:2411527/140‑1 (MQ=255) gCTTTGTTTGCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCGTTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGctgctg < 2:306930/140‑1 (MQ=255) tttgtttgCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTTCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCGTTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGtt < 2:652796/140‑1 (MQ=255) 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tttCAAGAAAGTTTATATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACAGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGCTTTGGCTGATGGCGTCCTTCa < 2:1907778/140‑1 (MQ=255) tAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACt < 2:3803999/140‑1 (MQ=255) tAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGCTACCCCCTTCATAGTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGAGACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACt < 1:3961320/140‑1 (MQ=255) cTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACTGTATTCAGCCCt < 2:1128627/140‑1 (MQ=255) cTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACTGTATTCAGCCCt < 2:2234612/140‑1 (MQ=255) cTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACTGTATTCAGCCCt < 2:2301127/140‑1 (MQ=255) cTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACTGTATTCAGCCCt < 2:3169278/140‑1 (MQ=255) cTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGGTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACTGTATTCAGCCCt < 2:687490/140‑1 (MQ=255) ttGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGa > 2:2115177/1‑107 (MQ=255) ttGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACTGTATTCAGCCCTTTGAAAt > 1:1686506/1‑140 (MQ=255) ttGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACTGTATTCAGCCCTTTGAAAt > 1:1737916/1‑140 (MQ=255) | TGCGGCTTTGTTTGCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCGTTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACTGTATTCAGCCCTTTGAAATA > NZ_CP034943/3496306‑3496578 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |