| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 1,268,704 | Δ1 bp | 5.8% | intergenic (+14/‑186) | EO946_RS06595 → / → uxaC | NAD(P)/FAD‑dependent oxidoreductase/glucuronate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 1,268,704 | 0 | C | . | 5.8% | 343.5 / 18.2 | 104 | intergenic (+14/‑186) | EO946_RS06595/uxaC | NAD(P)/FAD‑dependent oxidoreductase/glucuronate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/44); new base . (3/3); total (57/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |