| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 2,018,214 | G→T | 6.3% | D283E (GAC→GAA) | proC ← | pyrroline‑5‑carboxylate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,018,214 | 0 | G | T | 6.3% | 313.0 / 8.9 | 110 | D283E (GAC→GAA) | proC | pyrroline‑5‑carboxylate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/49); new base T (3/4); total (57/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
CTTCTAATTTTCGAATGCTGATTTCTCCATGAAGGCTTGTTAATGAACTGCTTCCAATCTTCACAACGACTCTTTTCATGTTTGTATCAGGCGTCACTTTATCACTCCTGATAGCGGTGCCGCTGTTTTTTCGATATCGTCGCTGATTTCCTTTGAACGCTTAGCCGCATGCTTAATCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTAAGACCTC > NZ_CP034943/2018076‑2018351 | agtCTAATTTTCGAATGCTGATTTCTCCATGAAGGCTTGTTAATGAACTGCTTCCAATCTTCACAACGACTCTTTTCATGTTTGTATCAGGCGTCACTTTATCACTCCTGATAGCGGTGCCGCTGTTTTTTCGATAtcgt < 2:1415490/138‑1 (MQ=255) ttttCGAATGCTGATTTCTCCATGAAGGCTTGTTAATGAACTGCTTCCAATCTTCACAACGACTCTTTTCATGTTTGTATCAGGCGTCACTTTATCACTCCTGATAGCGGTGCCGCTGTTTTTTCGATATCGTCGCTGAt < 1:1072126/140‑1 (MQ=255) ttttCGAATGCTGATTTCTCCATGAAGGCTTGTTAATGAACTGCTTCCAATCTTCACAACGACTCTTTTCATGTTTGTATCAGGCGTCACTTTATCACTCCTGATAGCGGTGCCGCTGTTTTTTCGATATCGTCGCTGAt < 1:1934633/140‑1 (MQ=255) ttttCGAATGCTGATTTCTCCATGAAGGCTTGTTAATGAACTGCTTCCAATCTTCACAACGACTCTTTTCATGTTTGTATCAGGCGTCACTTTATCACTCCTGATAGCGGTGCCGCTGTTTTTTCGATATCGTCGCTGAt < 1:1072002/140‑1 (MQ=255) tGCTGATTTCTCCATGAAGGCTTGTTAATGAACTGCTTCCAATCTTCACAACGACTCTTTTCATGTTTGTATCAGGCGTCACTTTATCACTCCTGATAGCGGTGCCGCTGTTTTTTCGATATCGTCGCTGATTTCCTTTg < 1:1915704/140‑1 (MQ=255) gCTGATTTCTCCATGAAGGCTTGTTAATGAACTGCTTCCAATCTTCACAACGACTCTTTTCATGTTTGTATCAGGCGTCACTTTATCACTCCTGATAGCGGTGCCGCTGTTTTTTCGATATCGTCGCTGATTTCCTTTGa < 2:460396/140‑1 (MQ=255) gCTGATTTCTCCATGAAGGCTTGTTAATGAACTGCTTCCAATCTTCACAACGACTCTTTTCATGTTTGTATCAGGCGTCACTTTATCACTCCTGATAGCGGTGCCGCTGTTTTTTCGATATCGTCGCTGATTTCCTTTGa < 2:1174955/140‑1 (MQ=255) gCTGATTTCTCCATGAAGGCTTGTTAATGAACTGCTTCCAATCTTCACAACGACTCTTTTCATGTTTGTATCAGGCGTCACTTTATCACTCCTGATAGCGGTGCCGCTGTTTTTTCGATATCGTCGCTGATTTCCTTTGa < 2:552093/140‑1 (MQ=255) gCTGATTTCTCCATGAAGGCTTGTTAATGAACTGCTTCCAATCTTCACAACGACTCTTTTCATGTTTGTATCAGGCGTCACTTTATCACTCCTGATAGCGGTGCCGCTGTTTTTTCGATATCGTCGCTGATTTCCTTTGa < 2:1940743/140‑1 (MQ=255) gCTGATTTCTCCATGAAGGCTTGTTAATGAACTGCTTCCAATCTTCACAACGACTCTTTTCATGTTTGTATCAGGCGTCACTTTATCACTCCTGATAGCGGTGCCGCTGTTTTTTCGATATCGTCGCTGATTTCCTTTGa < 2:460376/140‑1 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(MQ=255) ttCGATATCGTCGCTGATTTCCTTTGAACGCTTAGCCGCATGCTTAATCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTa < 2:2345764/140‑1 (MQ=255) ttCGATATCGTCGCTGATTTCCTTTGAACGCTTAGCCGCATGCTTAATCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTa < 2:679626/140‑1 (MQ=255) ttCGATATCGTCGCTGATTTCCTTTGAACGCTTAGCCGCATGCTTAATCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTa < 1:1764634/140‑1 (MQ=255) ttCGATATCGTCGCTGATTTCCTTTGAACGCTTAGCCGCATGCTTAATCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTa < 1:60414/140‑1 (MQ=255) ttCGATATCGTCGCTGATTTCCTTTGAACGCTTAGCCGCATGCTTAATCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTa < 1:2134598/140‑1 (MQ=255) atatCGTCGCTGATTTCCTTTGAACGCTTAGCCGCATGCTTAATCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTcgtt > 1:748094/1‑108 (MQ=255) atatCGTCGCTGATTTCCTTTGAACGCTTAGCCGCATGCTTAATCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTcgtt < 2:748094/108‑1 (MQ=255) tatCGTCGCTGATTTCCTTTGAACGCTTAGCCGCATGCTTAATCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTAAGAcc < 1:2037370/140‑1 (MQ=255) tcgtcgCTGATTTCCTTTGAACGCTTAGCCGCATGCTTAATCGCTTGAGACATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTAAGACCTc < 2:2248772/140‑1 (MQ=255) | CTTCTAATTTTCGAATGCTGATTTCTCCATGAAGGCTTGTTAATGAACTGCTTCCAATCTTCACAACGACTCTTTTCATGTTTGTATCAGGCGTCACTTTATCACTCCTGATAGCGGTGCCGCTGTTTTTTCGATATCGTCGCTGATTTCCTTTGAACGCTTAGCCGCATGCTTAATCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTAAGACCTC > NZ_CP034943/2018076‑2018351 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |