| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 2,018,253 | C→T | 5.6% | A270A (GCG→GCA) | proC ← | pyrroline‑5‑carboxylate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,018,253 | 0 | C | T | 5.6% | 321.5 / 6.5 | 107 | A270A (GCG→GCA) | proC | pyrroline‑5‑carboxylate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/51); new base T (3/3); total (53/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GTTAATGAACTGCTTCCAATCTTCACAACGACTCTTTTCATGTTTGTATCAGGCGTCACTTTATCACTCCTGATAGCGGTGCCGCTGTTTTTTCGATATCGTCGCTGATTTCCTTTGAACGCTTAGCCGCATGCTTAATCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTAAGACCTCAGGCTGTTCTCCTGTTTCCATGAGCATTTTTGCGGCAC > NZ_CP034943/2018114‑2018389 | gTTAATGAACTGCTTCCAATCTTCACAACGAGTCTTTTCATGTTTGTATCAGGCGTCACTTTATCACTCCTGATAGCGGTGCCGCTGTTTTTTCGATATCGTCGCTGATTTCCTTTGAACGCTTAGCCGCATGCTTAATc > 2:24935/1‑140 (MQ=255)gTTAATGAACTGCTTCCAATCTTCACAACGACTCTTTTCATGTTTGTATCAGGCGTCACTTTATCACTCCTGATAGCGGTGCCGCTGTTTTTTCGATATCGTCGCTGATTTCCTTTGAACGCTTAGCCGCATGCTTAATc > 2:25054/1‑140 (MQ=255)gTTAATGAACTGCTTCCAATCTTCACAACGACTCTTTTCATGTTTGTATCAGGCGTCACTTTATCACTCCTGATAGCGGTGCCGCTGTTTTTTCGATATCGTCGCTGATTTCCTTTGAACGCTTAGCCGCATGCTTAATc > 2:1391991/1‑140 (MQ=255) ttAATGAACTGCTTCCAATCTTCACAACGACTCTTTTCATGTTTGTATCAGGCGTCACTTTATCACTCCTGATAGCGGTGCCGCTGTTTTTTCGATATCGTAGCTGATTTCCTTTGAACGCTTAGCCGCATGCTTAATCg > 2:1810450/1‑140 (MQ=255) 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gCTTAATCGCGTGAGAAATCGCTGCTCCGCCGCCGCTCTTTGTCCAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTAAGACCTCAGGCTGTTCTCCTGTTTCCATGAGCATTTTTGCg < 2:600510/140‑1 (MQ=255) cTTAATCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTAAGACCTCAGGCTGTTCTCCTGTTTCCATGAGCATTTTTGCgg < 1:312078/140‑1 (MQ=255) cTTAATCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTAAGACCTCAGGCTGTTCTCCTGTTTCCATGAGCATTTTTGCgg < 1:1138409/140‑1 (MQ=255) cTTAATCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTAAGACCTCAGGCTGTTCTCCTGTTTCCATGAGCATTTTTGCgg < 1:1900003/140‑1 (MQ=255) ttAATCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTAAGACCTCAGGCTGTTCTCCTGTTTCCATGAGCATTTTTGCGGc < 1:1814223/140‑1 (MQ=255) ctAATCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTAAGACCTCAGGCTGTTCTCCTGTTTCCATGAGCATTTTTGCGGc < 1:837090/139‑1 (MQ=255) aaTCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTAAGACCTCAGGCTGTTCTCCTGTTTCCATGAGCATTTTTGCGGCAc > 1:543879/1‑140 (MQ=255) aaTCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTAAGACCTCAGGCTGTTCTCCTGTTTAAATGAGCATTTTTGCGGCAc > 2:118611/1‑140 (MQ=255) aaTCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTAAGACCGCAGGCGGTTCTCCTGTTTCCATGAGCCTTTTTGCGGCAc > 1:987792/1‑140 (MQ=255) | GTTAATGAACTGCTTCCAATCTTCACAACGACTCTTTTCATGTTTGTATCAGGCGTCACTTTATCACTCCTGATAGCGGTGCCGCTGTTTTTTCGATATCGTCGCTGATTTCCTTTGAACGCTTAGCCGCATGCTTAATCGCTTGAGAAATCGCTTCTCCGCCGCCGCTCTTTTTCAAGGCTTGCAGCCCGGCAGCAGTCGTTCCGTTCGGTGACGTGATATTGTCTCTTAAGACCTCAGGCTGTTCTCCTGTTTCCATGAGCATTTTTGCGGCAC > NZ_CP034943/2018114‑2018389 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |