| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 2,706,418 | G→T | 6.4% | intergenic (‑539/‑278) | ilvB ← / → EO946_RS13980 | acetolactate synthase large subunit/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,706,418 | 0 | G | T | 6.4% | 371.1 / 2.9 | 131 | intergenic (‑539/‑278) | ilvB/EO946_RS13980 | acetolactate synthase large subunit/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/95); new base T (10/2); total (34/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
TTCAAGGAAGTCGTTTGTTTTTTCACTTTTCAGAATCATATTGCGATCATTTTTGCTTGTGAAGCTTGCGTTTATCTTTTGTTGAACTCATATTACGCCGCTTTGGACGCAGTGTCAACAGCATTTTTTAAAATTATTAGACAATTTTGATTAATCAATCTATATTGTATACGCTTTCATTATTGATGCATAAGGAATCGCAAATGTTAAAAGTTTTTATAATTTTTTCATTAATCTATCAAGGATACACCAGAATTTTTCAATATCATATAAA > NZ_CP034943/2706279‑2706552 | ttCAAGGAAGTCGTTTGTTTTTTCACTTTTCAGAATCATATTGCGATCATTTTTGCTTGTGAATCTTGCGTTTATCTTTTGTTTAACTAATATTACGCCGCTTTGGACGCAGTGTCAACAGCATTTTTTAAAATTATTAg > 1:1708813/1‑140 (MQ=255)ttCAAGGAAGTCGTTTGTTTTTTCACTTTTCAGAATCATATTGCGATCATTTTTGCTTGTGAAGCTTGCGTTTATCTTTTGTTGAACTCATATTACGCCGCTTTGGACGCAGTGTCAACAGCATTTTTTAAAATTATTAg > 2:918393/1‑140 (MQ=255)ttCAAGGAAGTCGTTTGTTTTTTCACTTTTCAGAATCATATTGCGATCATTTTTGCTTGTGAAGCTTGCGTTTATCTTTTGTTGAACTCATATTACGCCGCTTTGGACGCAGTGTCAACAGCATTTTTTAAAATTATTAg > 2:1321924/1‑140 (MQ=255)ttCAAGGAAGTCGTTTGTTTTTTCACTTTTCAGAATCATATTGCGATCATTTTTGCTTGTGAAGCTTGCGTTTATCTTTTGTTGAACTCATATTACGCCGCTTTGGACGCAGTGTCAACAGCATTTTTTAAAATTATTAg > 2:2262725/1‑140 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TTCAAGGAAGTCGTTTGTTTTTTCACTTTTCAGAATCATATTGCGATCATTTTTGCTTGTGAAGCTTGCGTTTATCTTTTGTTGAACTCATATTACGCCGCTTTGGACGCAGTGTCAACAGCATTTTTTAAAATTATTAGACAATTTTGATTAATCAATCTATATTGTATACGCTTTCATTATTGATGCATAAGGAATCGCAAATGTTAAAAGTTTTTATAATTTTTTCATTAATCTATCAAGGATACACCAGAATTTTTCAATATCATATAAA > NZ_CP034943/2706279‑2706552 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |