| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 2,827,949 | A→G | 8.4% | D320D (GAT→GAC) | thiI ← | tRNA 4‑thiouridine(8) synthase ThiI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,827,949 | 0 | A | G | 8.4% | 287.4 / 12.3 | 95 | D320D (GAT→GAC) | thiI | tRNA 4‑thiouridine(8) synthase ThiI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/52); new base G (4/4); total (39/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAAGTGTTCGATTTTTTCTTTTTTAGGGCGTGTTTTCGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCATTAATCGCATACATGCTTTCAAGCGTTTGGCTCGCTACCTGACCAAGGCTTTCCCCCGTAATGATGGC > NZ_CP034943/2827814‑2828062 | aaaGTGTTCGATTTTTTCTTTTTTAGGGCGTGTTTTCGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCa < 2:2094173/140‑1 (MQ=255) gtTCGATTTTTTCTTTTTTAGGGCGTGTTTTCGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCg > 2:615560/1‑140 (MQ=255) ttCGATTTTTTCTTTTTTAGGGCGTGTTTTCGGACTTGTCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGATGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCTATGATTTCTTGTTTATCCATggata > 2:925124/1‑137 (MQ=255) ttCGATTTTTTCTTTTTTAGGGCGTGTTTTCGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCTATGATTTCTGTTTTATCAATGTCGa > 1:246956/1‑140 (MQ=255) ttAGGGCGTGTTTTCGGGCTTGGCGGTGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATACTTGTCTCATATGTGCCAATTTCCCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTGTCCATGGCGATTAGCGGACGCAAAAt < 2:2231170/140‑1 (MQ=255) ttAGGGCGTGTTTTCGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAAt < 1:1102452/140‑1 (MQ=255) ttAGGGCGTGTTTTCGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAAt < 1:1104167/140‑1 (MQ=255) ttAGGGCGTGTTTTCGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAAt < 2:1927845/140‑1 (MQ=255) ttAGGGCGTGTTTTCGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAAt < 2:1122449/140‑1 (MQ=255) ttAGGGCGTGTTGTCGGTCTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAAt < 2:1926878/140‑1 (MQ=255) ttAGGGCGTGTGTTCGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAAt < 1:1102577/140‑1 (MQ=255) tgggCGTGTTTTCGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCg < 2:1281368/139‑1 (MQ=255) cGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCa < 1:2148712/140‑1 (MQ=255) cGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCa < 1:2030777/140‑1 (MQ=255) cGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCa < 1:2003758/140‑1 (MQ=255) cGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCa < 1:1266703/140‑1 (MQ=255) ggACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCAc < 2:2174526/140‑1 (MQ=255) ggACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCAc < 1:615560/140‑1 (MQ=255) ggACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCAc < 2:204579/140‑1 (MQ=255) tGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCAt < 2:2332986/140‑1 (MQ=255) tGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCAt > 1:109486/1‑140 (MQ=255) tGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCAt < 2:2332940/140‑1 (MQ=255) ggcgTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCATTAAt < 1:66062/140‑1 (MQ=255) ggcgTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCATTAAt < 1:852888/140‑1 (MQ=255) ggcgTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCATTAAt < 2:1985002/140‑1 (MQ=255) ggcgTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCATTAAt < 1:2094505/140‑1 (MQ=255) ggcgTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCATTAAt < 1:1747982/140‑1 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aTTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCATTAATCGCATACATGCTTTCAAGCGTTTGGCTCGCTACCTGACCAAGGCTTTCCCCCGTAat > 1:317987/1‑140 (MQ=255) aTTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCATTAATCGCATACATGCTTTCAAGCGTTTGGCTCGCTACCTGACCAAGGCTTTCCCCCGTAat > 1:1270629/1‑140 (MQ=255) aTTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCATTAATCGCATACATGCTTTCAAGCGTTTGGCTCGCTACCTGACCAAGGCTTTCCCCCGTAat > 2:896688/1‑140 (MQ=255) aTTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAAGCGGTGTTGACGTCACCGCATTAATCGCATACATGCTTTCAAGCGTTTGGCTCGCTACCTGACCAAGGCTTTCCCCCGTAat > 1:883499/1‑140 (MQ=255) aTTTCCCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTGTCCATGGCGATTAGCGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCATTAATTGCATACATGCTTTCAAGCGTTTGGCTCGCTACCTGACCGAGGCTTTCTCCCGTAat > 1:2312324/1‑140 (MQ=255) ttCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCATTAATCGCATACATGCTTTCAAGCGTTTGGCTCGCTACCTGACCAAGGCttt > 2:2299753/1‑128 (MQ=255) ttCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCATTAATCGCATACATGCTTTCAAGCGTTTGGCTCGCTACCTGACCAAGGCttt < 1:2299753/128‑1 (MQ=255) cGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCTTTAATCGCATACATGCTTTCAAGCGTTTGGCTCGCTACCTGACCAAGGCTTTCCCCCGTAATGATGGc < 1:1024603/140‑1 (MQ=255) cGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCATTAATCGCATACATGCTTTCAAGCGTTTGGCTCGCTACCTGACCAAGGCTTTCCCCCGTAATGATGGc < 1:2086330/140‑1 (MQ=255) cGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCATTAATCGCATACATGCTTTCAAGCGTTTGGCTCGCTACCTGACCAAGGCTTTCCCCCGTAATGATGGc < 1:468427/140‑1 (MQ=255) | AAAGTGTTCGATTTTTTCTTTTTTAGGGCGTGTTTTCGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCATTAATCGCATACATGCTTTCAAGCGTTTGGCTCGCTACCTGACCAAGGCTTTCCCCCGTAATGATGGC > NZ_CP034943/2827814‑2828062 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |