| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 2,827,963 | A→G | 7.8% | L316L (TTA→CTA) | thiI ← | tRNA 4‑thiouridine(8) synthase ThiI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,827,963 | 0 | A | G | 7.8% | 313.1 / 12.4 | 102 | L316L (TTA→CTA) | thiI | tRNA 4‑thiouridine(8) synthase ThiI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/52); new base G (4/4); total (46/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TTAGGGCGTGTTTTCGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCATTAATCGCATACATGCTTTCAAGCGTTTGGCTCGCTACCTGACCAAGGCTTTCCCCCGTAATGATGGCAAGCCCATTTCTCTTTTCTCTGATTCTGTCGGCAAT > NZ_CP034943/2827836‑2828098 | ttAGGGCGTGTTTTCGGGCTTGGCGGTGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATACTTGTCTCATATGTGCCAATTTCCCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTGTCCATGGCGATTAGCGGACGCAAAAt < 2:2231170/140‑1 (MQ=255)ttAGGGCGTGTTTTCGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAAt < 1:1102452/140‑1 (MQ=255)ttAGGGCGTGTTTTCGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAAt < 1:1104167/140‑1 (MQ=255)ttAGGGCGTGTTTTCGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAAt < 2:1927845/140‑1 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(MQ=255) aTTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCATTAATCGCATACATGCTTTCAAGCGTTTGGCTCGCTACCTGACCAAGGCTTTCCCCCGTAATGATGGCAAGCCCATTTCTCTTTTCTCTGATTCTGTCGGCAAt > 2:2319947/1‑140 (MQ=255) aTTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCATTAATCGCATACATGCTTTCAAGCGTTTGGCTCGCTACCTGACCAAGGCTTTCCCCCGTAATGATGGCAAGCCCATTTCTCTTTTCTCTGATTCTGTCGGCAAt > 2:943892/1‑140 (MQ=255) | TTAGGGCGTGTTTTCGGACTTGGCGGCGTAAAGATCGTGCAGCAGTCTTCAAACGGCTGAATGCTTGTCTCATATGTGCCGATTTCTCGTGATTTTTCGATGATTTCTGTTTTATCCATGGCGATTAACGGACGCAAAATCGGTGTTGACGTCACCGCATTAATCGCATACATGCTTTCAAGCGTTTGGCTCGCTACCTGACCAAGGCTTTCCCCCGTAATGATGGCAAGCCCATTTCTCTTTTCTCTGATTCTGTCGGCAAT > NZ_CP034943/2827836‑2828098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |