| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 2,995,605 | G→A | 5.1% | intergenic (‑17/+143) | lytG ← / ← EO946_RS15510 | exo‑glucosaminidase LytG/MFS transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,995,605 | 0 | G | A | 5.1% | 376.2 / 6.7 | 119 | intergenic (‑17/+143) | lytG/EO946_RS15510 | exo‑glucosaminidase LytG/MFS transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (80/31); new base A (3/3); total (84/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TTCTTTGGATGTTTCTATCGGTTTTGATAATGTTGTGGCTAAAACAAACAGGGCTAGCGGAATCGATACAATGAAAAATAGTGAAATGAAGAGTCTACGTTTTTTCAGTTTTTTACGGGCCATGAAAACCTTCCTTCGAGTTAAAAGATTACGAATGTAAAAGAATCTACCTTTTAGAATTTTACTTGCACTTCTAATATTTTTCAATTCTTTAGGGACAAAGTTGGGAAAAGATTGCAAACAAAAAACCTTTCCCTCAAGGGAAAGGTTTTGATCAT > NZ_CP034943/2995466‑2995743 | ttCTTTGGATGTTTCTATCGGTTTTGATAATGTTGTGGCTAAAACAAACAGGGCTAGCGGAATCGATACAATGAAAAATAGTGAAATGAAGAGTCTACGTTTTTTCAGTTTTTTACGGGCCATGAAAACCTTCCTTCGAg > 1:630119/1‑140 (MQ=255) ttGGATGTTTCTATCGGTTTTGATAATGTTGTGGCTAAAACAAACAGGGCTAGCGGAATCGATACAATGAAAAATAGTGAAATGAAGAGTCTACGTTTTTTCAGTTTTTTACGGGCCATGAAAACCTTCCTTCGAGTTaa > 1:1221552/1‑140 (MQ=255) ttCTATCGGTTTTGATAATGTTGTGGCTAAAACAAACAGGGCTAGCGGAATCGATACAATGAAAAATAGTGAAATGAAGAGTCTACGTTTTTTCAGTTTTTTACGGGCCATGAAAACCTTCCTTCGAGTTAAAAGATTAc < 1:999994/140‑1 (MQ=255) ttCAATCGGTTTTGATAAAGTTGTCGCTAAAACAAACAGAGCTAGCGGAATCGATACAAGGAAAAATAGTGAAATCAAGAGTTTACGTTTTTTAAGTTTTTTACGGGCCATGAAAACCTTCCTTCGAATTAAAAGATTAc > 1:1312095/1‑140 (MQ=255) 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TTCTTTGGATGTTTCTATCGGTTTTGATAATGTTGTGGCTAAAACAAACAGGGCTAGCGGAATCGATACAATGAAAAATAGTGAAATGAAGAGTCTACGTTTTTTCAGTTTTTTACGGGCCATGAAAACCTTCCTTCGAGTTAAAAGATTACGAATGTAAAAGAATCTACCTTTTAGAATTTTACTTGCACTTCTAATATTTTTCAATTCTTTAGGGACAAAGTTGGGAAAAGATTGCAAACAAAAAACCTTTCCCTCAAGGGAAAGGTTTTGATCAT > NZ_CP034943/2995466‑2995743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |