| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 3,012,140 | G→A | 5.3% | intergenic (‑108/+21) | mcpA ← / ← tlpA | methyl‑accepting chemotaxis protein/methyl‑accepting chemotaxis protein TlpA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 3,012,140 | 0 | G | A | 5.3% | 230.0 / 2.2 | 75 | intergenic (‑108/+21) | mcpA/tlpA | methyl‑accepting chemotaxis protein/methyl‑accepting chemotaxis protein TlpA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/35); new base A (2/2); total (38/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTTTGTTTTATCAGTTGGAGTATTTTTTTCATCATTCATTTCTCCTTTTTTATGCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAATAGATAGTTATTTAGACCTATTCTTAATCCACTTTAAATCGTTTTGTCAGGTCACGGAGTTCTTCAGACATTCTTTCAAGCGTCTGTGCCGATGAAGCGATTTCCTCCATGGATGCCAGCTGTTCCTCGGCTGAAGCGGCG > NZ_CP034943/3012001‑3012278 | cTTTGTTTTATCAGTTGGAGTATTTTTTTCATCATTCATTTCTCCTTTTTTATGCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAatag > 1:1582283/1‑140 (MQ=255)cTTTGTTTTATCAGTTGGAGTATTTTTTTCATCATTCATTTCTCCTTTTTTATGCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAatag > 1:2276389/1‑140 (MQ=255) tttGTTTTATCAGTTGGAGTATTTTTTTCATCATTCATTTCTCCTTTTTTATGCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAataga < 2:2336734/140‑1 (MQ=255) tttGTTTTATCAGTTGGAGTATTTTTTTCATCATTCATTTCTCCTTTTTGATGCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAataga < 2:517704/140‑1 (MQ=255) tGTTTTATCAGTTGGAGTATTTTTTTCATCATTCATTTCTCCTTTTTTATGCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAatagata > 1:551884/1‑140 (MQ=255) gTTTTATCAGTTGGAGTATTTTTTTCATCATTCATTTCTCCTTTTTTATGCTACCCTTCATATCGGCATGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAatagatag < 2:1926938/140‑1 (MQ=255) gTTTTATCAGTTGGAGTATTTTTTTCATCATTCATTTCTCCTTTTTTATGCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAatagatag < 2:689337/140‑1 (MQ=255) gTTTTATCAGTTGGAGTATTTTTTTCATCATTCATTTCTCCTTTTTTATGCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAatagatag < 2:1593196/140‑1 (MQ=255) gTTTTATCAGTTGGAGTATTTTTTTCATCATTCATTTCTCCTTTTTTATGCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAatagatag < 2:726527/140‑1 (MQ=255) gTTTTATCAGTTGGAGTATTTTTTTCATCATTCATTTCTCCTTTTTTATGCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAatagatag < 2:933249/140‑1 (MQ=255) gTTTTATCAGTTGGAGTATTTTTTTCATCATTCATTTCTCCTTTTTTATGCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAatagatag < 1:1221098/140‑1 (MQ=255) gTTTTATCAGTTGGAGTATTTTTTTCATCATTCATTTCTCCTTTTTTATGCTAACCTTCATATCGTCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAatagatag < 2:2425342/140‑1 (MQ=255) ctCAGTTGGAGTATTTTTTTCAGCATTCATTTCACCTTTTTTATGCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAATAGATAGTTAtt < 1:1316449/139‑1 (MQ=255) aTCAGTTGGAGTATTTTTTTCATCATTCATTTCTCCTTTTTTATGCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAATAGATAGTTAtt < 2:715802/140‑1 (MQ=255) gTTGGAGTATTTTTTTCATCATTCATTTCTCCTTTTTTATGCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAATAGATAGTTATTTAGa > 2:2074957/1‑140 (MQ=255) ttGGAGTATTTTTTTCATCATTCATTTCTCCTTTTTTATGCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAATAGATAGTTATTTAGAc < 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(MQ=255) ctcCATTTTTATGCTACCCTTCATATCGGCATGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAATAGATAGTTATTTAGACCTATTCTTAATACACTTTAAATCGttt < 1:1693878/140‑1 (MQ=255) atcCTTTTTTATGCTACCCTTAATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGCAAAATAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTACCATAAATAGATAGTTATTTATACCTATTCTTAATCCACTTTAAATCGttt < 1:408183/139‑1 (MQ=255) tttATGCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAATAGATAGTTATTTAGACCTATTCTTAATCCACTTTAAATCGTTTTGTCAgg < 1:404193/140‑1 (MQ=255) tttATGCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAAGAGATAGTTATTTAGACCTATTCTTAATCCACTTTAAATCGTTTTGTCAgg < 1:28102/140‑1 (MQ=255) gCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAATAGATAGTTATTTAGACCTATTCTTAATCCACTTTAAATCGTTTTGTCAGGTCACg < 2:1072570/140‑1 (MQ=255) gCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAATAGATAGTTATTTAGACCTATTCTTAATCCACTTTAAATCGTTTTGTCAGGTCACg < 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(MQ=255) aGTAACTAATTTCCCATAAATAGATAGTTATTTAGACCTATTCTTAATCCACTTTAAATCGTTTTGTCAGGTCACGGAGTTCTTCAGACATTCTTTCAAGCGTCTGTGCCGATGAAGCGATTTCCTCCATGGATGCCAGc < 1:1434206/140‑1 (MQ=255) aGTAACTAATTTCCCATAAATAGATAGTTATTTAGACCTATTCTTAATCCACTTTAAATCGTTTTGTCAGGTCACGGAGTTCTTCAGACATTCTTTCAAGCGTCTGTGCCGATGAAGCGATTTCCTCCATGGATGCCAGc < 1:2368540/140‑1 (MQ=255) aGTAACTAATTTCCCATAAATAGATAGTTATTTAGACCTATTCTTAATCCACTTTAAATCGTTTTGTCAGGTCACGGAGTTCTTCAGACATTCTTTCAAGCGTCTGTGCCGATGAAGCGATTTCCTCCATGGATGCCAGc > 1:1868737/1‑140 (MQ=255) aTTTCCCATAAATAGATAGTTATTTAGACCTATTCTTAATCCACTTTAAATCGTTTTGTCAGGTCACGGAGTTCTTCAGACATTCTTTCAAGCGTCTGTGCCGATGAAGCGAt < 1:1874050/113‑1 (MQ=255) aTTTCCCATAAATAGATAGTTATTTAGACCTATTCTTAATCCACTTTAAATCGTTTTGTCAGGTCACGGAGTTCTTCAGACATTCTTTCAAGCGTCTGTGCCGATGAAGCGAt > 2:1874050/1‑113 (MQ=255) ttCCCATAAATAGATAGTTATTTAGACCTATTCTTAATCCACTTTAAATCGTTTTGTCAGGTCACGGAGTTCTTCAGACATTCTTTCAAGCGTCTGTGCCGATGAAGCGATTTCCTCCATGGATGCCAGCTGTTCCTCgg < 1:1702161/140‑1 (MQ=255) ttCCCATAAATAGATAGTTATTTAGACCTATTCTTAATCCACTTTAAATCGTTTTGTCAGGTCACGGAGTTCTTCAGACATTCTTTCAAGCGTCTGTGCCGATGAAGCGATTTCCTCCATGGATGCCAGCTGTTCCTCgg < 1:1591172/140‑1 (MQ=255) tCCCATAAATAGATCGTTATTTAGACCTATTCTTAATCCACTTTAAATCGTTTTGTCAGGTCACGGAGTTCTTCAGACATTCTTTCAAGCGTCGGTGCCGATGAAGCGATTTCCTCCATGGATGCCAGCTGTTCCTCGGc > 1:351722/1‑140 (MQ=255) cATAAATAGATAGTTATTTAGACCTATTCTTAATCCACTTTAAATCGTTTTGTCAGGTCACGGAGTTCTTCAGACATTCTTTCAAGCGTCTGTGCCGATGAAGCGATTTCCTCCATGGATGCCAGCTGTTCCTCGGCTGa > 2:1695373/1‑140 (MQ=255) atagatagTTATTTAGACCTATTCTTAATCCACTTTAAATCGTTTTGTCAGGTCACGGAGTTCTTCAGACATTCTTTCAAGCGTCTGTGCCGATGAAGCGATTTCCTCCATGGATGCCAGCTGTTCCTCGGCTGAAgcgg < 2:1868737/140‑1 (MQ=255) agatagTTATTTAGACCTATTCTTAATCCACTTTAAATCGTTTTGTCAGGTCACGGAGTTCTTCAGACATTCTTTCAAGCGTCTGTGCCGATGAAGCGATTTCCTCCATGGATGCCAGCTGTTCCTCGGCTGAAgcggcg < 2:712367/140‑1 (MQ=255) agatagTTATTTAGACCTATTCTTAATCCACTTTAAATCGTTTTGTCAGGTCACGGAGTTCTTCAGACATTCTTTCAAGCGTCTGTGCCGATGAAGCGATTTCCTCCATGGATGCCAGCTGTTCCTCGGCTGAAgcggcg < 1:2166830/140‑1 (MQ=255) | CTTTGTTTTATCAGTTGGAGTATTTTTTTCATCATTCATTTCTCCTTTTTTATGCTACCCTTCATATCGGCAGGAAATGGGTAAATATATACAGTGAAAAAGAAGAAATTTAACGAAAGTAACTAATTTCCCATAAATAGATAGTTATTTAGACCTATTCTTAATCCACTTTAAATCGTTTTGTCAGGTCACGGAGTTCTTCAGACATTCTTTCAAGCGTCTGTGCCGATGAAGCGATTTCCTCCATGGATGCCAGCTGTTCCTCGGCTGAAGCGGCG > NZ_CP034943/3012001‑3012278 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |