| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NZ_CP034943 | 3,122,377 | A→G | 5.3% | intergenic (‑34/+134) | EO946_RS16130 ← / ← cotNH | homoserine dehydrogenase/spore coat‑associated protein CotNH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP034943 | 3,122,377 | 0 | A | G | 5.3% | 437.2 / 9.3 | 135 | intergenic (‑34/+134) | EO946_RS16130/cotNH | homoserine dehydrogenase/spore coat‑associated protein CotNH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/85); new base G (4/3); total (47/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
ACAGCCGACCTGATGCATCAGCTTATCCTGATGGTCTTGAATAATTTTAACGACACCGCTTCCGACGGTACCTAAACCTAAAAGCCCTACACGAATTGCTTTCAAAAAAACTCCACCTTTCTTTTGATTGTCCTCTTGAAAAAGACAATTGTTAACCCAACACAGACATATAAGTTACAAACATTATATAAGTCCACTCCTGTTTTGACAAGACAGTAATCGGCTGAATTTTATGAATGTAAACGCTTAACCCATTGATATGACAAG > NZ_CP034943/3122239‑3122505 | aCAGCCGACCTGATGCATCAGCTTATCCTGATGGTCTTGAATAATTTTAACGACACCGCTTCCGACGGTACCTAAACCTAAAAGCCCTACACGAATTGCTTTCAAAAAAACTCCACCTTTCTTTTGATTGTCCTCTTGaa < 1:2179518/140‑1 (MQ=255)aCAGCCGACCTGATGCATCAGCTTATCCTGATGGTCTTGAATAATTTTAACGACACCGCTTCCGACGGTACCTAAACCTAAAAGCCCTACACGAATTGCTTTCAAAAAAACTCCACCTTTCTTTTGATTGTCCTCTTGaa < 1:1585428/140‑1 (MQ=255) ccGACCTGATGCATCAGCTTATCCTGATGGTCTTGAATAATTTTAACGACACCGCTTCCGACGGTACCTAAACCTAAAAGCCCTACACGAATTGCTTTCAAAAAAACTCCACCTTTCTTTTGATTGTCCTCTTGAAAAAg > 2:1358623/1‑140 (MQ=255) ccGACCTGATGCATCAGCTTATCCTGATGGTCTTGAATAATTTTAACGACACCGCTTCCGACGGTACCTAAACCTAAAAGCCCTACACGAATTGCTTTCAAAAAAACTCCACCTTTCTTTTGATTGTCCTCTTGAAAAAg > 1:1807937/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |