| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NZ_CP034943 | 3,122,395 | C→T | 5.7% | intergenic (‑52/+116) | EO946_RS16130 ← / ← cotNH | homoserine dehydrogenase/spore coat‑associated protein CotNH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP034943 | 3,122,395 | 0 | C | T | 5.7% | 399.7 / 8.9 | 123 | intergenic (‑52/+116) | EO946_RS16130/cotNH | homoserine dehydrogenase/spore coat‑associated protein CotNH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/78); new base T (4/3); total (42/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TCAGCTTATCCTGATGGTCTTGAATAATTTTAACGACACCGCTTCCGACGGTACCTAAACCTAAAAGCCCTACACGAATTGCTTTCAAAAAAACTCCACCTTTCTTTTGATTGTCCTCTTGAAAAAGACAATTGTTAACCCAACACAGACATATAAGTTACAAACATTATATAAGTCCACTCCTGTTTTGACAAGACAGTAATCGGCTGAATTTTATGAATGTAAACGCTTAACCCATTGATATGACAAGATTCTTTATTTTCTAATTATTTTTCCGCC > NZ_CP034943/3122256‑3122534 | tCAGCTTATCCTGATGGTCTTGAATAATTTTAACGACACCGCTTCCGACGGTACCTAAACCTAAAAGCCCTACACGAATTGCTTTCAAAAAAACTCCACCTTTCTTTTGATTGTCCTCTTGAAAAAGACAATTGTTAAcc < 2:1636648/140‑1 (MQ=255)tCAGCTTATCCTGATGGTCTTGAATAATTTTAACGACACCGCTTCCGACGGTACCTAAACCTAAAAGCCCTACACGAATTGCTTTCAAAAAAACTCCACCTGTCTTTTGATTGTCGTCTTGAACAAGACACTTGTTAAcc > 2:513823/1‑140 (MQ=255) cTTATCCTGATGGTCTTGAATAATTTTAACGACACCGCTTCCGACGGTACCTAAACCTAAAAGCCCTACACGAATTGCTTTCAAAAAAACTCCACCTTTCTTTTGATTGTCCTCTTGAAAAAGACAATTGTTAACCCAac > 2:626367/1‑140 (MQ=255) aTCCTGATTGTCTTGAATAATTTTAACGACACCGCTTCCGACGGTACCTAAACCTAAAAGCCCTACACGAATTGCTTTCAAAAAAACTCCACCTTTCTTTTGATTGTCCTCTTGAAAAAGACAATTGTTAACCCAAcaca < 1:2134991/140‑1 (MQ=255) 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ctttTGATTGTCCTCTTGAAAAAGACAATTGTTAACCCAACACAGACATATAAGTTACAAACATTATATAAGTCCACTCCTGTTTTGACAAGACAGTAATCGGCTGAATTTTATGAATGTAAACGCTTAACCCATTGata < 1:1123185/140‑1 (MQ=255) ttGATTGTCCTCTTGAAAAAGACAATTGTTAACCCAACACAGACATATAAGTTACAAACATTATATAAGTCCACTCCTGTTTTGACAAGACAGTAATCTGCTGAATTTTATGAATGTAAACGCTTAACCCATTGATATGa > 1:1604157/1‑140 (MQ=255) ttGTCCTCTTGAAAAAGACAATTGTTAACCCAACACAGACATATAAGTTACAAACATTATATAAGTCCACTCCTGTTTTGACAAGACAGTAATCGGCTGAATTTTATGAATGTAAACGCTTAACCCATTGATATGACAAg < 2:117621/140‑1 (MQ=255) cAATTGTTAACCCAACACAGACATATAAGTTACAAACATTATATAAGTCCACTCCTGTTTTGACAAGACAGTAATCGGCTGAATTTTATGAATGTAAACGCTTAACCCCTTGATATGACAAGATTCTTTATTTTCTAatt < 1:1425180/140‑1 (MQ=255) cAATTGTTAACCCAACACAGACATATAAGTTACAAACATTATATAAGTCCACTCCTGTTTTGACAAGACAGTAATCGGCTGAATTTTATGAATGTAAACGCTTAACCCATTGATATGACAAGATTCTTTATTTTCTAatt < 1:616353/140‑1 (MQ=255) cAATTGTTAACCCAACACAGACATATAAGTTACAAACATTATATAAGTCCACTCCTGTTTTGACAAGACAGTAATCGGCTGAATTTTATGAATGTAAACGCTTAACCCATTGATATGACAAGATTCTTTATTTTCTAatt < 1:1810340/140‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |