| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NZ_CP034943 | 1,268,707 | G→T | 5.7% | intergenic (+17/‑183) | EO946_RS06595 → / → uxaC | NAD(P)/FAD‑dependent oxidoreductase/glucuronate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 1,268,707 | 0 | G | T | 5.7% | 328.9 / 7.8 | 106 | intergenic (+17/‑183) | EO946_RS06595/uxaC | NAD(P)/FAD‑dependent oxidoreductase/glucuronate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/45); new base T (3/3); total (58/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
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1:1888319/140‑1 (MQ=255) aCTCGGACATTGCCAAAAGTGTTCCTTTCGGGATGCTTTCCGGCAATGTCTTTTTTTGTTTTTATTGCTAACGTTAACATTTCATTTTCAAAAAAGAGATTGATCCCAGAAGAATATAAAGGTAAAATAAAAATAAATCa < 1:1512847/140‑1 (MQ=255) tCGGACATTGCCAAAAGTGTTCCTTTCGGGATGCTTTCCGGCAATGTCTTTTTTTGTTTTTATTGCTAACGTTAACATTTCATTTTCAAAAAAGAGATTGATCCCAGAAGAATATAAAGGTAAAATAAAAATAAATCaaa < 2:113109/140‑1 (MQ=255) tCGGACATTGCCAAAAGTGTTCCTTTCGGGATGCTTTCCGGCAATGTCTTTGTTTGTTTTTATTGCTAACGTTAACATTTCATTTTCAAAAAAGAGATTGATCCCAGAAGAATATAAAGGTAAAATAAAAATAAATCaaa > 2:248963/1‑140 (MQ=255) | GTTGCCATCATTGGTGCAAATTCTACACCGCTTAAAGGTCTTCCTGCTTCCTTGATGAAAGAAGCAAGTAACGTACGCTACTTAACTCACATTAAAGGACTTTTCAGCCTGGCTTACTAATCCTTTTTGTGAACTCGGACATTGCCAAAAGTGTTCCTTTCGGGATGCTTTCCGGCAATGTCTTTTTTTGTTTTTATTGCTAACGTTAACATTTCATTTTCAAAAAAGAGATTGATCCCAGAAGAATATAAAGGTAAAATAAAAATAAATCAAA > NZ_CP034943/1268571‑1268844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |