Predicted mutation | |||||||
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RA | NZ_CP034943 | 1,268,723 | G→A | 6.6% | intergenic (+33/‑167) | EO946_RS06595 → / → uxaC | NAD(P)/FAD‑dependent oxidoreductase/glucuronate isomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP034943 | 1,268,723 | 0 | G | A | 6.6% | 290.9 / 7.4 | 91 | intergenic (+33/‑167) | EO946_RS06595/uxaC | NAD(P)/FAD‑dependent oxidoreductase/glucuronate isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/31); new base A (3/3); total (57/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.05e-01 |
GTGCAAATTCTACACCGCTTAAAGGTCTTCCTGCTTCCTTGATGAAAGAAGCAAGTAACGTACGCTACTTAACTCACATTAAAGGACTTTTCAGCCTGGCTTACTAATCCTTTTTGTGAACTCGGACATTGCCAAAAGTGTTCCTTTCGGGATGCTTTCCGGCAATGTCTTTTTTTGTTTTTATTGCTAACGTTAACATTTCATTTTCAAAAAAGAGATTGATCCCAGAAGAATATAAAGGTAAAATAAAAATAAATCAAAATGTTAACGTTAACATTT > NZ_CP034943/1268584‑1268862 | gTGCAAATTCTCCACCGCTTAAAGGTCTTCCTGCTTCCTTGATGAAAGAAGCAAGTAACGTACGCTACTTAACTCACATTAAAGGACTTTTCAGCCTGGCTTACTAATCCTTATTGTGAACTCGGACATTGCCAAAAgtg < 1:213088/140‑1 (MQ=255) gTGCAAATTCTACACCGCTTAAAGGTCTTCCTGCTTCCTTGATGAAAGAAGCAAGTAACGTACGCTACTTAACTCACATTAAAGGACTTTTCAGCCTGGCTTACTAATCCTTTTTGTGAACTCGGACATTGCCAAAAgtg < 2:2366464/140‑1 (MQ=255) aaaTTCTACACCGCTTAAAGGTCTTCCTGCTTCCTTGATGAAGGAAGCAAGTAACGTACGCTACTTAACTCACATTAAAGGACTTTTCAGCCTGGCTTACTAATCCTTTTTGTGAACTCGGACATTGCCAAAAGTGTTcc < 2:1779655/140‑1 (MQ=255) acacCGCTTAAAGGTCTTCCTGCTTCCTTGATGAAAGAAGCAAGTAACGTACGCTACTTAACTCACATTAAAGGACTTTTCAGCCTGGCTTACTAATCCTTTTTGTGAACTCGGACATTGCCAAAAGTGTTCCTTTCggg < 1:328395/140‑1 (MQ=255) 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gaAAGAAGCAAGTAACGTACGCTACTTAACTCACATTAAAGGACTTTTCAGCCTGGCTTACTAATCCTTTTTGTGAACTCGGACATTGCCAAAAGTGTTCCTTTCGGGATGCTTTCCGGCAATGTCTTTTTTTGTTTTTa < 1:700995/140‑1 (MQ=255) agaagCAAGTAACGTACGCTACTTAACTCACATTAAAGGACTTTTCAGCCTGGCTTACTAATCCTTTTTGTGAACTCGGACATTGCCAAAAGTGTTCCTTTCGGGATGCTTTCCGGCAATGTCTTTTTTTGTTTTTATTg > 2:931996/1‑140 (MQ=255) agaagCAAGTAACGTACGCTACTTAACTCACAATAAAGGACTTTTCAGCCTGGCTTACTAATCCTTTTTGTGAACTCGTACAGTGACAAAAGTGTTCCTTTCGGGATGCTTTACGGCAATGTCTTTTTTTGTTTTTATTg > 2:116609/1‑140 (MQ=255) aagCAAGTAACGTACGCTACTTAACTCACATTAAAGGACTTTTCAGCCTGGCTTACTAATCCTTTTTGTGAACTCGGACATTGCCAAAAGTGTTCCTTTCGGGATGCTTTCCGGCAATGTCTTTTTTTGTTTTTATTGCt > 2:1322398/1‑140 (MQ=255) aagCAAGTAACGTACGCTACTTAACTCACATTAAAGGACTTTTCAGCCTGGCTTACTAATCCTTTTTGTGAACTCGGACATTGCCAAAAGTGTTCCTTTCGGGATGCTTTCCGGCAATGTCTTTTTTTGTTTTTATTGCt < 1:2251533/140‑1 (MQ=255) gTAACGTACGCTACTTAACTCACATTAAAGGACTTTTCAGCCTGGCTTACTAATCCTTTTTGTGAACTCGGACATTGCCAAAAGTGTTCCTTTCGGGATGCTTTCCGGCAATGTCTTTTTTTGTTTTTATTGCTAACGtt > 2:1991388/1‑140 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(MQ=255) | GTGCAAATTCTACACCGCTTAAAGGTCTTCCTGCTTCCTTGATGAAAGAAGCAAGTAACGTACGCTACTTAACTCACATTAAAGGACTTTTCAGCCTGGCTTACTAATCCTTTTTGTGAACTCGGACATTGCCAAAAGTGTTCCTTTCGGGATGCTTTCCGGCAATGTCTTTTTTTGTTTTTATTGCTAACGTTAACATTTCATTTTCAAAAAAGAGATTGATCCCAGAAGAATATAAAGGTAAAATAAAAATAAATCAAAATGTTAACGTTAACATTT > NZ_CP034943/1268584‑1268862 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |