| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP034943 | 607431 = | 252 (0.810) | 4 (0.010) +GGCTCCC |
3/238 | NT | 1.3% | coding (274/1125 nt) | EO946_RS03185 | collagen‑like protein |
| ? | NZ_CP034943 | = 607837 | 387 (1.240) | coding (680/1125 nt) | EO946_RS03185 | collagen‑like protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NZ_CP034943/607568‑607431‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGC < NZ_CP034943/607837‑607806 ||||||| CGTGGCCACGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCAGACCCTACAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGTAGCTCCAGTCGCTCCTGTAGCGCCTTGAGGTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTGG > 1:1515478/1‑140 CCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCTGCTTCCCCGGTAGCTCCGGTCGCTCCTGTCGCTCCGGTCGGTCCGGCTGGTCGGGCTGCGCCGGTGGCGCCTGGGGCTCCGGT > 2:2932496/1‑140 GGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTCGCTCCTGTGGCTCCTGTCG > 1:3012245/1‑140 GGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGGCGCTCCGGCTGGTGCCGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCGCCGGTCGCTCCGGCGGGGCCGGCTTCCCCGGGGGCTCCGGTGGCGCCgggcg > 1:4639802/1‑135 GTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTGGCTCCAGTCGCTCCc > 1:2787336/1‑139 TCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTAGCTCCGGTCGCTCCCGTGGCTCCGGCTTCTCCGGCTTCCCCGGTCGCTCCTGTGGCTCCTGTCGCTGCGG > 2:1516395/1‑140 TCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGTAGCTCCGGTCGCTCCTGTCGCTCCGGTGGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCAGTGGATCCGGTCGCTCCGG > 2:1973931/1‑140 GTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGTAGCTCCCGTGGCTCCGGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTGCTGTGGCTCCAGTCGCTCCGGGTGGTCCGGCTTCGCCGGTtgg > 2:517641/1‑137 CCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTG > 1:198559/1‑51 CCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTG < 2:198559/51‑1 CCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTGGC < 1:2220636/35‑1 CCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTGGC > 2:2220636/1‑35 ||||||| CGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NZ_CP034943/607568‑607431‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGC < NZ_CP034943/607837‑607806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |