| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NZ_CP034943 | 847,234 | C→A | 6.3% | C284F (TGT→TTT) | EO946_RS04305 ← | NAD(P)‑dependent oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 847,234 | 0 | C | A | 6.3% | 787.1 / 11.9 | 298 | C284F (TGT→TTT) | EO946_RS04305 | NAD(P)‑dependent oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (101/167); new base A (24/3); total (128/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.46e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
TGCAATCACAGATCTGAAAAAACAAGGCTACACATTTAAAAGCCTTGATGATTTAATGTTTGAGAAAGAAATGAAGCTGCCGTCTTTGTAACGAGAAGAGCCTCTCCTTAAACGGAGAGGCTCTCTAATTATTTTATACATTTTATAAGTGCGGCCCAATCCAAGTCTCCGAAGCCTTTTTCAATTCCGCTTTCAAAATGGCCCTTGGCCAGCTCGGCAAGAGGTAGGTTTGCAGAGGCCTGTTCTGCGGCGGCGAGTGCCAGATTGGTATCCTTCA > NZ_CP034943/847096‑847372 | tgCAATCCCAGATCTGAAAAAACAAGGCTACACATTTAAAAGCCTTGATGATTTAATGTTTGAGAAAGAAATGAAGCTGCCGTCTTTGTAACGAGAAGAGCCTCTCCTTAAACGGAGAGGCTCTCTAATTATTTTATACa > 2:4071026/1‑140 (MQ=255)tgCAATCACAGATCTGAAAAAACAAGGCTACACATTTAAAAGCCTTGATGATTTAATGTTTGAGAAAGAAATGAAGCTGCCGTCTTTGTAACGAGAAGAGCCTCTCCTTAAACGGAGAGGCTCTCTAATTATTTTATACa > 2:2363594/1‑140 (MQ=255)tgCAATCACAGATCTGAAAAAACAAGGCTACACATTTAAAAGCCTTGATGATTTAATGTTTGAGAAAGAAATGAAGCTGCCGTCTTTGTAACGAGAAGAGCCTCTCCTTAAACGGAGAGGCTCTCTAATTATTTTATACa < 2:2338084/140‑1 (MQ=255)tgCAATCACAGATCTGAAAAAACAAGGCTACACATTTAAAAGCCTTGATGATTTAATGTTTGAGAAAGAAATGAAGCTGCCGTCTTTGTAACGAGAAGAGCCTCTCCTTAAACGGAGAGGCTCTCTAATTATTTTATACa > 2:4909229/1‑140 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(MQ=255) ttATACATTTTATAAGTGCGGCCCAATCCAAGTCTCCGAAGCCTTTTTCAATTCCGCTTTCAAAATGGCCCTTGGCCAGCTCGGCAAGAGGTAGGTTTGCAGAGGCCTGTTCTGCGGCGGCGAGTGCCAGATTGGTATcc > 2:4235964/1‑140 (MQ=255) ttATACATTTTATAAGTGCGGCCCAATCCAAGTCTCCGAAGCCTTTTTCAATTCCGCTTTCAAAATGGCCCTTGGCCAGCTCGGCAAGAGGTAGGTTTGCAGAGGCCTGTTCTGCGGCGGCGAGTGCCAGATTGGTATcc > 2:4013242/1‑140 (MQ=255) ataCATTTTATAAGTGCGGCCCAATCCAAGTCTCCGAAGCCTTTTTCAATTCCGCTTTCAAAATGGCCCTTGGCCAGCTCGGCAAGAGGTAGGTTTGCAGAGGCCTGTTCTGCGGCGGCGAGTGCCAGATTGGTATCCtt < 2:4299252/140‑1 (MQ=255) ataCATTTTATAAGTGCGGCCCAATCCAAGTCTCCGAAGCCTTTTTCAATTCCGCTTTCAAAATGGCCCTTGGCCAGCTCGGCAAGAGGTAGGTTTGCAGAGGCCTGTTCTGCGGCGGCGAGTGCCAGATTGGTATCCtt < 1:2072053/140‑1 (MQ=255) ataCATTTTATAAGTGCGGCCCAATCCAAGTCTCCGAAGCCTTTTTCAATTCCGCTTTCAAAATGGCCCTTGGCCAGCTCGGCAAGAGGTAGGTTTGCAGAGGCCTGTTCTGCGGCGGCGAGTGCCAGATTGGTATCCtt < 1:4760457/140‑1 (MQ=255) ataCATTTTATAAGTGCGGCCCAATCCAAGTCTCCGAAGCCTTTTTCAATTCCGCTTTCAAAATGGCCCTTGGCCAGCTCGGCAAGAGGTAGGTTTGCAGAGGCCTGTTCTGCGGCGGCGAGTGCCAGATTGGTATCCtt < 1:3166036/140‑1 (MQ=255) ataCATTTTATAAGTGCGGCCCAATCCAAGTCTCCGAAGCCTTTTTCAATTCCGCTTTCAAAATGGCCCTTGGCCAGCTCGGCAAGAGGTAGGTTTGCAGAGGCCTGTTCTGCGGCGGCGAGTGCCAGATTGGTATCCtt < 2:1507235/140‑1 (MQ=255) ataCATTTTATAAGTGCGGCCCAATCCAAGTCTCCGAAGCCTTTTTCAATTCCGCTTTCAAAATGGCCCTTGGCCAGCTCGGCAAGAGGTAGGTTTGCAGAGGCCTGTTCTGCGGCGGCGAGTGCCAGATTGGTATCCtt < 1:3938521/140‑1 (MQ=255) ataCATTTTATAAGTGCGGCCCAATCCAACTCTCCGAAGCCTTTTTCAATTCCGCTTTCAAAATGGCCCTTGGCCAGCTCGGCAAGAGGTAGGTTTGCAGAGGCCTGTTCTGCGGCGGCGAGTGCCAGATTGGTATCCtt < 1:3531731/140‑1 (MQ=255) aCATTTTTTAAGTGCGGCCCAATCCAAGTCTCCGAAGCATTTTTAAATTCCGTTTTCAAATTGGCCCTTGGCAAGCTCGGCAAGAGTTAGGTTTGCAGAGGCATGTTATGCGGCGGCGAGTGCCAGATTGTTATCCTTCa < 2:1305586/140‑1 (MQ=255) aCATTTTATAAGTGCGGCCCAATCCACGTCTCCGAAGCCTTTTTCATTTCCGCTTTCAAAATGGCCCTTGGCCAGCTCGGCAAGAGGTAGGTTTGCAGAGGCCTGTTCTGCGGCGGCGAGTGCCAGATTGGTATCCTTCa < 2:1718504/140‑1 (MQ=255) | TGCAATCACAGATCTGAAAAAACAAGGCTACACATTTAAAAGCCTTGATGATTTAATGTTTGAGAAAGAAATGAAGCTGCCGTCTTTGTAACGAGAAGAGCCTCTCCTTAAACGGAGAGGCTCTCTAATTATTTTATACATTTTATAAGTGCGGCCCAATCCAAGTCTCCGAAGCCTTTTTCAATTCCGCTTTCAAAATGGCCCTTGGCCAGCTCGGCAAGAGGTAGGTTTGCAGAGGCCTGTTCTGCGGCGGCGAGTGCCAGATTGGTATCCTTCA > NZ_CP034943/847096‑847372 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |