| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 2,680,400 | A→T | 10.5% | V417D (GTT→GAT) | EO946_RS13875 ← | LysM peptidoglycan‑binding domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,680,400 | 0 | A | T | 10.5% | 529.0 / 12.7 | 241 | V417D (GTT→GAT) | EO946_RS13875 | LysM peptidoglycan‑binding domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (94/101); new base T (9/16); total (111/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
CTTCTTTCTCTTCATGACGTAGTGCAGGCTCGGCATGCTCCGATTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACG > NZ_CP034943/2680266‑2680539 | cttcttTCTCTTCATGACGTAGTGCAGGCTCGGCATGCTCCGATTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGc < 2:1655025/140‑1 (MQ=255)cttcttTCTCTTCATGACGTAGTGCAGGCTCGGCATGCTCCGATTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGc < 1:4542425/140‑1 (MQ=255) ttctttatATTCATGAAGTAGTGCAGGCTCTGCCTGCTCCGATTGAGCCTCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCt < 1:2553917/140‑1 (MQ=18) ttCATGACGTAGTGCAGGCTCGGCATGCTCCGATTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAg > 1:560817/1‑140 (MQ=255) ttCATGACGTAGTGCAGGCTCGGCATGCTCCGATTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTGAGCTTCTTGACGGATTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAg > 2:2113738/1‑140 (MQ=255) tCATGACGTAGTGCAGGCTCGGCATGCTCCGATTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGc < 1:2601011/140‑1 (MQ=255) tCATGACGTAGTGCAGGCTCGGCATGCTCCGATTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGc < 1:16386/140‑1 (MQ=255) cATGACGTAGTGCAGGCTCGGCATGCTCCGCTTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGcc < 1:2440950/140‑1 (MQ=255) gTAGTGCAGGCTCGGCATGCTCCGATTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGcttct > 2:4396363/1‑140 (MQ=255) tAGTGCAGGCTCGGCATGCTCCGATTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCTGTTGAGCCGCTTCTTTCGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGcttctt < 2:411746/140‑1 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2:4812673/1‑140 (MQ=255) gCTCGGCATGCTCCGATTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGcttct > 1:74719/1‑140 (MQ=255) ggCATGCTCCGATTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGAc < 2:4566712/140‑1 (MQ=255) gCATGCTCCGATTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCATCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTTCTTCTTGACg > 2:1186821/1‑140 (MQ=255) gCATGCTCCGATTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCGTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTATTCTTCTTGACg > 2:41921/1‑140 (MQ=255) cATGCTCCGAGTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACgg < 1:4421403/140‑1 (MQ=255) cATGCTCCGAGTGAGCCGCGTCTTCCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACgg < 1:599881/140‑1 (MQ=255) cTCCGATTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTg > 1:1068553/1‑140 (MQ=255) cTCCGATTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCGTCTTGTGCTTCTTGACGGAGTg > 1:2291883/1‑140 (MQ=255) cTCCGATTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTATCTTCTTTACGGAGTGCCGGCTCAACGTGCGCCGGTTGATCCGCTTCGGCAGCGTCGTGTCGGAGTg > 1:2185563/1‑140 (MQ=17) cTCCGATTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTGTCTCTTCTTGACGGAGTTCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCGTCTTGACGGCGTg > 1:3934280/1‑140 (MQ=255) cTCCGATTGAGCCGCTTCTTCCGCGTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTg < 2:1068553/140‑1 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gCTCAACGTGCTGCGGTTGAGCCGCTTCTTCGGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCtcttct < 2:3008297/140‑1 (MQ=255) cAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTTCTTCTTGACGGACTGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTATTCTTGa > 2:288352/1‑140 (MQ=255) cAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGa < 2:74719/140‑1 (MQ=255) cAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCGCTTCTTGa > 2:5118047/1‑140 (MQ=255) aaCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGAc < 2:4815866/140‑1 (MQ=255) aaCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGAc < 1:2667874/140‑1 (MQ=255) aCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGTGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGGTCCGGTTGTGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACg > 2:3862157/1‑140 (MQ=255) aCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGTCGGAATGCCGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACg > 2:3609108/1‑140 (MQ=255) | CTTCTTTCTCTTCATGACGTAGTGCAGGCTCGGCATGCTCCGATTGAGCCGCTTCTTCCGCTTCATGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACG > NZ_CP034943/2680266‑2680539 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |