| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 2,982,236 | T→C | 24.2% | noncoding (284/1550 nt) | EO946_RS15435 ← | 16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,982,236 | 0 | T | C | 24.2% | ‑3.9 / 7.3 | 24 | noncoding (284/1550 nt) | EO946_RS15435 | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/14); new base C (2/3); total (7/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCATCACTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGCATCCGGTATTAGCCCCGGTTTCCCGGA > NZ_CP034943/2982100‑2982369 | tcttcactcacGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTCCTGCTGCCTCACGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGcc < 2:5165830/137‑1 (MQ=0) acgcacGCGGCGTTGCTCCGTCAGACCTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCGACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTGGGt < 1:1854002/137‑1 (MQ=0) acgcacGCGGCGGTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGt < 2:2736165/137‑1 (MQ=1) cggtGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGCCATTAc < 2:4198873/137‑1 (MQ=1) ctgcGTCAGAATTTCGGCCATTGCGGAAGAGTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTGGGTGAGCCATTACCTCAc < 1:4316902/137‑1 (MQ=1) atggCGGAATATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGGCCCAGTGTGGCCGATCACCGTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCAGCAACTAGCTAATGcgccgc < 2:2084947/137‑1 (MQ=1) aataTTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCa < 1:2756433/137‑1 (MQ=1) aataTTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCa < 1:2757090/137‑1 (MQ=1) aataTTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCa < 2:2273677/137‑1 (MQ=1) aataTTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCa < 2:2014965/137‑1 (MQ=1) aacaTTCCCTACTGCTGCATCACGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCa > 2:30544/4‑140 (MQ=0) tgatgcCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGACCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCGTCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGt > 2:776715/4‑140 (MQ=0) catactaccGTAGGAGTCTGGGCCGTTTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAg > 1:1019686/8‑140 (MQ=0) ccccccGTAGGAGTCTGGGCCGGGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCg < 2:4625615/137‑1 (MQ=1) ccttAGGAGTCTGGGCCGTGTATCCGTCCCAGTGTGGCCGATCCCCCTCGCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAAATAGCTAATGCGCGGCGGGTCCTTGTTTAAGTGGTAGCCGAAGc < 2:2751808/137‑1 (MQ=1) tgtgtGGGCCTTGTCTCAGTCCCAGTGTGTCCGATGACCCGGTCTGCTAGGCTTCGCTTCGTTGCCTTGTTTAGCGATTACCTCACCAACTAGCTAATTCGCCGCGTGTCCATCTTTAAGTGGTAGCCGAAGCCAGCttt < 2:1202215/136‑1 (MQ=0) aggcTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGGTGCCTTGGTGAGCCATGACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCttt < 2:3084405/137‑1 (MQ=0) ctcggCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGCCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTAGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACAtattat > 2:3729183/4‑140 (MQ=1) tgtgCCGTCTCTCAGTACCATTGTGGCCGATCACCCTATCAGGTCGGCTACGCATCGTAGCCTTGGTGAGCCATAACCTAAACAACTAGCTAATGCTCCCCGTGTCCATCTGTAATTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATg > 2:1664007/4‑140 (MQ=1) tggctcAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAAc > 1:1374308/4‑140 (MQ=1) tccgTCCCAGTGGGGCCGATCACCCACTCAGGTCGGCTTCGCATCGTTGCCTAGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGCACCATg < 2:3711196/137‑1 (MQ=1) tggggCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCCTCGTCGCCTTGGTGAGCCAGTACCTCACAAACTAGCTATTGCGCCGCGGGTCACTCTGTAAGTGGGAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTAAAAc < 2:4288031/137‑1 (MQ=1) gagcACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGGGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGACCCCTGCGGTTCAAACAAGCATc < 1:3171938/137‑1 (MQ=0) caacGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCAACTGTAAGTGTTATCCGAAGCCACCTTTTATTTTTTAACCAAGCGGTTCAAACAAGCATCCCGTATTATCCCCCGTTTACCGGa > 1:4978932/4‑140 (MQ=1) | TCATCACTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGCATCCGGTATTAGCCCCGGTTTCCCGGA > NZ_CP034943/2982100‑2982369 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |