| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NZ_CP034943 | 2,680,491 | A→C | 8.4% | F387V (TTC→GTC) | EO946_RS13875 ← | LysM peptidoglycan‑binding domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP034943 | 2,680,491 | 0 | A | C | 8.4% | 442.7 / 2.6 | 193 | F387V (TTC→GTC) | EO946_RS13875 | LysM peptidoglycan‑binding domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (90/69); new base C (8/17); total (100/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.01e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
CTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTCTTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCCTC > NZ_CP034943/2680354‑2680629 | cTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCTGGCTCATCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGTTTGAGTATATTATTTTTCTTCTTGAAGGATTg < 2:2958059/140‑1 (MQ=14)cTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATg < 1:2591490/140‑1 (MQ=255)cTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATg < 1:3552009/140‑1 (MQ=255)cTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATg < 1:3649445/140‑1 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2:1594389/140‑3 (MQ=14) cttcttGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTCTTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGTATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTGGa > 2:3736122/1‑140 (MQ=255) cttcttGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTCTTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGa > 2:334846/1‑140 (MQ=255) cttcttGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTACTCTTCATGAGGGACTGCAAGCTCAGCGTCATCCGGTTGAGCTGCTTGTTTCTCTTCTTGAAGGACTGCACGCTCAGCGTGCTCCTGTTGa > 2:3950478/1‑140 (MQ=17) ttcttGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCATTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTCTTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAg < 2:716822/140‑1 (MQ=255) ttGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTCTTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCg < 1:644669/140‑1 (MQ=255) cGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTGCTCTTCTTGACGGCATGCAGGCTCAGCGTCTTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCATGACGGACTGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTc < 2:2826779/140‑1 (MQ=255) ggACTGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTCTTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTcc < 1:2725576/140‑1 (MQ=255) aaTGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTCTTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCCTc > 2:463910/1‑140 (MQ=255) | CTCCGGTTGAGCCGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAACGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAGTGCGGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCTTCTGCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTCTTCCGGTTGAGCTGCTTCTTTCTCTTCTTGACGGAATGCAGGCTCAGCGTGCTCCGGTTGAGCCGCTTCCTC > NZ_CP034943/2680354‑2680629 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |