New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	NZ_CP034943	607659 =	107 (0.780)	6 (0.050) +AGTAGCCCCT	4/250	8.2	4.0%	coding (502/1125 nt)	EO946_RS03185	collagen‑like protein
	?	NZ_CP034943	= 607846	204 (1.490)					coding (689/1125 nt)	EO946_RS03185	collagen‑like protein
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff.
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold.

GTCCGGCTTCCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  <  NZ_CP034943/607671‑607659 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGGCTCCTGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGACGTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCT  <  NZ_CP034943/607846‑607709              ||||||||||                                                                                                                                           gtgcgaCTTCCCCCGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGACGTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCG                       <  1:627421/134‑1   gcgacgTCCCCAGTCGCACCTGTGGCTCCCGTCGGTCCTGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGGCGCTCCGGCTGGTCCGACGTCCCCAGTCGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGT                     <  2:844768/134‑1       cgTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGACGTCCCCAGTAGCCCCGGGGGCGCCCGACGCAACGGGTGGGCCGGGTTCCACGGGAGCT                 >  1:416100/3‑140          CCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGACGTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCT              <  2:522635/140‑1          CCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGACGTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCT              <  2:971296/140‑1           CCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGACGTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGGAGCTCCTG             >  1:1664921/1‑140                TAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCGGGTCCGTCGTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCGCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGGAGCTCCTGgggcg        >  1:1889044/1‑135                   CCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGACGTCCCCAGTAGCCCCTGTGCCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTGCGGCGTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTGCG     >  1:1346888/1‑140                   CCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTAGTCCGACGTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCG     >  1:1796013/1‑140                    gCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGACGTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGG    <  2:315838/139‑1                      CTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGGTGGTCCGACGTCCCCAGTAGCCCCTGTCGCTCCCCTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCACCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGgt  >  1:1187083/1‑138                      CTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGACGTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCT  >  1:1148615/1‑140                      CTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGACGTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCT  >  1:607548/1‑140                       TGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGACGT                                                                         <  1:557193/68‑1                       TGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGACGT                                                                         >  2:557193/1‑68              ||||||||||                                                                                                                                           GTCCGGCTTCCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  <  NZ_CP034943/607671‑607659 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGGCTCCTGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGACGTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCT  <  NZ_CP034943/607846‑607709

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.