| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 3,769,576 | T→G | 6.5% | I281S (ATT→AGT) | sacX → | SacY negative regulator SacX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 3,769,576 | 0 | T | G | 6.5% | 1491.0 / 19.5 | 603 | I281S (ATT→AGT) | sacX | SacY negative regulator SacX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (175/361); new base G (63/3); total (239/364) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-24 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 624 total aligned reads displayed.
AAGCTATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAACGCTGCTTGCTGATCCGCGTGTCGGC > NZ_CP034943/3769437‑3769712 | aGCTATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTAGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTCCGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATAGGCCAAATTATGACACAGTCGAtt < 2:3238658/140‑1 (MQ=255) aGCTATGAAAATCAAGTGTGCCGAAGTCGCTTGCTGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGAtt < 2:6907092/140‑1 (MQ=255) cTATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGt < 2:4984447/140‑1 (MQ=255) aTTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCt < 2:5071443/140‑1 (MQ=255) ttAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGTATCACGGCGAATATATCATCGGTAAAATTATGACACAGTCGATTGTCta < 2:1808876/140‑1 (MQ=255) ttAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCta < 1:1480684/140‑1 (MQ=255) ttAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCta < 2:4505717/140‑1 (MQ=255) ttAAAATCAAGTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCta < 1:7227464/140‑1 (MQ=255) aaTCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATAtt > 2:7370041/1‑140 (MQ=255) aaTCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTGTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGCTTGTCTAAAtt > 2:5416550/1‑140 (MQ=255) aTCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATAttt < 2:6833672/140‑1 (MQ=255) aTCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATAttt < 2:2190293/140‑1 (MQ=255) aaTTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATg > 2:356604/1‑140 (MQ=255) ttGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTGTAAATTtattat > 2:3591723/1‑140 (MQ=255) ttGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGAt < 1:6879042/140‑1 (MQ=255) ttGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGAt < 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(MQ=255) cGGCCAATCTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCCCCCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCAGCTACGCCACCCTCGTTCTAGCCGGCTTGGATCATAGCTTTTAGGCGATTGAAGCAACgctgc < 1:1331854/140‑1 (MQ=255) cGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGGCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAACgctgc > 1:1767747/1‑140 (MQ=255) cGGCCAAATTATGACACAGTCGAGTTTGTATATTTATTATAAAGCCCGCAATGTTGCCGGAGCCCTGTTCCGCGGCCTCTACTCCCCCATAGTTCTATACGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAATCAAcccggc > 1:1833516/1‑135 (MQ=255) acaGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAACGCTGCTTGCTGATCCGCgtg < 1:3449392/140‑1 (MQ=255) aGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCCTCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAAAGCTGCTTTCTGATACGCGTGTc > 2:6329331/1‑140 (MQ=255) gTCGATTGTCTATATTTATTATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTAATCCACCATCGTTATATCCGGCTTTCATCATAGCTTTTATGCGATTTAAGCAAAGCTGGTTTCTTATCCGCGTGTCg > 1:4678428/1‑140 (MQ=255) tCGATTGTGTATATTTATGATCACCCCCGCCTTGTTTCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTAATCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATTCGATTGAAGCAACGCTGCTTTCTGATACGCGTGTCgg > 1:6778803/1‑140 (MQ=255) tCGAGTGTCTATATTTATGATCACCCCGGCATTGTTTCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATATACTCCACCATCGTTATATACGGCTTGCATCATAGCTTTTATTCGATTGAAGCAAACCTGCTTGCTGATCCCCGTGTCgg > 1:4422378/1‑140 (MQ=255) cGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAACGCTGCTTGCTGATCCGCGTGTCGGc < 2:2662199/140‑1 (MQ=255) cGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAACGCTGCTTGCTGATCCGCGTGTCGGc < 1:2433543/140‑1 (MQ=255) | AAGCTATTAAAATCAATTGTGCCGAAGTCGCTTGATGTCGTCATCATTCCTTTTATTACGGTCATGGTGACAGGGTGCCTCGCGCTGATTGTGATGAATCCCGCCGCATCTATCATCGGCCAAATTATGACACAGTCGATTGTCTATATTTATGATCACGCCGGCATTGTTGCCGGAGCCCTGTTCGGCGGCATCTACTCCACCATCGTTCTATCCGGCTTGCATCATAGCTTTTATGCGATTGAAGCAACGCTGCTTGCTGATCCGCGTGTCGGC > NZ_CP034943/3769437‑3769712 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |