| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NZ_CP034943 | 1,753,584 | G→T | 8.4% | intergenic (+275/‑230) | fabD → / → EO946_RS09090 | ACP S‑malonyltransferase/acyltransferase domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 1,753,584 | 0 | G | T | 8.4% | 935.5 / 7.4 | 396 | intergenic (+275/‑230) | fabD/EO946_RS09090 | ACP S‑malonyltransferase/acyltransferase domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (124/219); new base T (51/2); total (175/221) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 404 total aligned reads displayed.
TAAAGAGGCTGATAAAACATGTCCACACGATATTTGAACTATGTCAGTCAGCCGGCATATCATGATAGACCATCGCTCTCAACTCAAGATGGCCTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTCTTTGTTGATCCTGTCATTATGTTATATCAATTTTGAGATATCAACATACACCTAGACCACTTCATAATAGAGCCGCATCCAGAGCACCAAAAGCAATCCTCCTATTAGTTGATTCTTCTTATTTTTTACATTATGTCTTTTCAAT > NZ_CP034943/1753446‑1753722 | tAAAGAGGCTGATAAAACATGTCCACACGATATTTGAACTATGTCAGTCAGCCGGCATATCATGATAGACCATCGCTCTCAACTCAAGATGGCCTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTCTTTGTTGa < 1:3356074/140‑1 (MQ=255) aaGAGGCTGATAAAACATGTCCACACGATATTTGAACTATGTCAGTCAGCCGGCATCTCATGATAGACCATCGCTCTCAACTCAAGCTGGCCTTCTATTTAACCGCACCCAAATCATAGAGTCGATGTTCTTTGTTGATc < 1:5605365/140‑1 (MQ=255) aaGAGGCTGATAAAACATGTCCACACGATATTTGAACTATGTCAGTCAGCCGGCATATCATGATAGACCATCGCTCTCAACTCAAGATGGCCTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTCTTTGTTGATc < 1:3174666/140‑1 (MQ=255) agagGCTGATAAAACATGTCCACACGATATTTGAACTATGTCAGTCAGCCGGCATATCATGATAGACCATCGCTCTCAACTCAAGATGGCCTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTCTTTGTTGAtac > 1:4970044/1‑138 (MQ=255) agGCTGATAAAACATGTCCACACGATATTTGAACTATGTCAGTCAGCCGGCATATCATGATAGACCATCGCTCTCAACTCAAGATGGCCTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTTTTTTTTTATCCtt > 1:4062711/1‑139 (MQ=255) agGCTGATAAAACATGTCCACACGATATTTGAACTATGTCAGTCAGCCGGCATATCATGATAGACCATCGCTCTCAACTCAAGATGGCCTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTATTTTTTTAtacat > 1:4483151/1‑136 (MQ=255) gCTGATAAAACATGTCCACACGATATTTGAACTATGTCAGTCAGCCGGCATATCATGATAGACCATCGCTCTCAACTCAAGATGGCCTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTCTTTGTTGATCCTGTc > 1:2711421/1‑140 (MQ=255) gCTGATAAAACATGTCCACACGATATTTGAACTATGTCAGTCAGCCGGCATATCATGATAGACCATCGCTCTCAACTCAAGATGGCCTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTCTTTGTTGATCCTGTc > 2:2127230/1‑140 (MQ=255) cTGATAAAACATGTCCACACGATATTTGAACTATGTCAGTCAGCCGGCATATCATGATAGACCATCGCTCTCAACTCAAGATGGCCTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTCTTTGTTGATCCTGTCa < 1:2849128/140‑1 (MQ=255) cTGAGAAACCATGTCCACCCGATATTTGACCTATGTCAGTCAGCCGGCATATCATGATAGACCATCGCTCTCAACTAAAGATGGCCTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTACAGAGGATGTTCTTTGTTGATCCTGTCa < 2:4223107/140‑1 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> 1:6904608/1‑139 (MQ=255) tCGCTCTCAACTCAAGATGGCCTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTCTTTGTTGATCCTGTCATTATGTTATATCAATTTTGAGATATCAACATACACCTAGAc < 1:759815/117‑1 (MQ=255) tcaactcaaGATGGCCTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTCTTTGTTGATCCTGTCATTATTTTATATCAATTTTGATATATCAACAAACACCTATACCACTTCATAATAGAGCCCCCTCCAGAGCa > 2:452744/1‑140 (MQ=255) tcaactcaaGATGGCCTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTCTTTGTTGATCCTGTCATTATGTTATATCAATTTTGAGATATCAAAATACACCTAGACCACTTCATAATAGAGCCGCATCCAGAGCa > 2:5401598/1‑140 (MQ=255) aGATGGCCTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGAGGGTAGTTGGTGTTCCGGTCATTATGGTTTATCAATTTTGAGATATCAACATTCACCTAGAGCACTTCATAATATAGCCGCCTCCCGAGCTCCAAAAGc > 1:3493721/1‑140 (MQ=255) tGGCCTTCTATTTAACCGCACCCAAATCATAGAGTCGATGTTCTTTGTTGATCCTGTCATTATGTTATATCAATTTTGAGATATCAACATACACCTAGACCACTTCATAATAGAGCCGCATCCAGAGCACCAAAAGCAAt < 2:7147603/140‑1 (MQ=255) ggCCTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTCTTTGTTGATCCTGTCATTATGTTATATCAATTTTGAGATATCAACATACACCTAGACCACTTCATAATCGAGCCGCATCCAGAGCACCAAAAGCAAtc < 1:7467854/140‑1 (MQ=255) ccTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTGTTTTTTGATCCTGTCATTATGTTATATCAATTTTTTGATATCAAAAAACACCGAGACCACTTCATAATATAGCCCCCTCCCGAGCACCCAAAGCAAtccg > 1:168835/1‑139 (MQ=255) ccTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTCTTTTTTGATACTGTCATTATGTTATATCAATTTTTAGATATCAACATAAAACTAGAACACTTAATAATAGAGCCGCATACAGAGCAACAAAAACaaaacg > 2:5218018/1‑136 (MQ=255) ccTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTCTTTGTTGATCCTGTCATTATGTTATATCAATTTTGAGATATCAACATACACCTAGACCACTTCATAATAGAGCCGCATCCAGAGCACCAAAAGCAAtcct < 1:5235569/140‑1 (MQ=255) ccTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTATTTGTTGATCCTGTCATTATGTTATATCAATTTTGAGATATCAACATACACCGAGACAACTTCATAATATAGCCGCATACAGAGCACCCAAAGCAAtact > 2:6311116/1‑140 (MQ=255) cTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTCTTTGTTGATCCTGTCATTATGTTATATCAATTTTGAGATATCAACATACACCTAGACCACTTCATAATAGAGCCGCATCCAGAGCACCAAAAGCAATCCTCCTa < 1:2063938/140‑1 (MQ=255) aTTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTGTTTGTTGATCCTGTCATTTTGTTATATCAAATTTGAGTTATAAAAATACACATAGACCAATTCATAATAGAGCCGCATCCCGCTCACCCAAAGCAAACCTACGAtt > 2:7315255/1‑140 (MQ=255) cGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTCTTTGTTGATCCTGTCATTATGTTATATCAATTTTGAGATATCAACATACACCTAGACCACTTCATAATAGAGCCGCATCCAGAGCACCAAAAGCAATCCTCCTATTAGTTGAt < 2:645995/140‑1 (MQ=255) gCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTGGTTTTTGATGCTGTCATTATGGTATATCAAATTTTGGGTATAAAAAGACAACAAGTCCACTTGATAATACAGCCGCATACCGAGCACCAAAAGCAAAACGGCGATTATTTGAtt > 1:705336/1‑140 (MQ=255) cACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTCTTTGTTGATCCTGTCATTATGTTATATCAATTTTGAGATATCAACATACACCTAGACCACTTCATAATAGAGCCGCATCCAGAGCACCAAAAGCAATCCTCCTATTAGTTGAttc > 2:6171671/1‑140 (MQ=255) ttAGAGTCGATGTTCTTTGTTGATCCTGTCATTATGTTATATCAATTTTGAGATATCAACATACACCTAGACCACTTCATAATAGAGCCGCATCCAGAGCACCAAAAGCAATCCTCCTATTAGTTGATTCTTCTTAtttt < 2:6813057/140‑1 (MQ=255) gagTCGATGTTGTTTTTTTATACTGTCAATATTTTATATAAAATTTTATATAAAAAAAAAAACCAAGAACACTTAATAATATAACCCCAAACAGAGCACCAAAACCAAACCTACAATTACTTGATTCTTCTTATTTTTTa > 1:7729555/1‑140 (MQ=255) gTTCTTTGTTGATCCTGTCATTATGTTAGATCAATTTTGAGATATCAACATACACCTAGACCACTTCATAATAGAGCCGCATCCAGAGCACCAAAAGCAATCCTCCTATTAGTTGATTCTTCTTATTTTTTACATTATGt < 2:4652523/140‑1 (MQ=255) ctgtgttgATCCTGACATTATGTTATATCAATTTTGAGATATCAACATACACCTAGACCACTTCATAATAGAGCCGCATCCAGAGCACCAAAAGCAATCCTCCTATTAGTTGATTCTTCTTATTTTTTACATTATGTCtt < 2:4164422/137‑1 (MQ=255) tgATCCTGTCATTATGTTATATCAATTTTGAGATATCAACATACACCTAGACCACTTCATAATAGAGCCGCATCCAGAGCACCAAAAGCAATCCTCCTATTAGTTGATTCTTCTTATTTTTTACATTATGTCTTTTCAAt > 2:1309652/1‑140 (MQ=255) tgATCCTGTCATTATGTTATATCAATTTTGAGATATCAACATACACCTAGACCACTTCATAATAGAGCCGCATCCAGAGCACCAAAAGCAATCCTCCTATTAGTTGATTCTTCTTATTTTTTACATTATGTCTTTTCAAt > 2:2445050/1‑140 (MQ=255) | TAAAGAGGCTGATAAAACATGTCCACACGATATTTGAACTATGTCAGTCAGCCGGCATATCATGATAGACCATCGCTCTCAACTCAAGATGGCCTTCTATTTAACCGCACCCAAATCTTAGAGTCGATGTTCTTTGTTGATCCTGTCATTATGTTATATCAATTTTGAGATATCAACATACACCTAGACCACTTCATAATAGAGCCGCATCCAGAGCACCAAAAGCAATCCTCCTATTAGTTGATTCTTCTTATTTTTTACATTATGTCTTTTCAAT > NZ_CP034943/1753446‑1753722 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |