| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP034943 | 2,098,642 | 0 | C | A | 6.5% | 475.9 / 3.6 | 210 | V297F (GTC→TTC) | EO946_RS10535 | solute:sodium symporter family transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (103/84); new base A (2/19); total (105/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
CTCCGAATAAAATAGCGGCGAATACACCGGTAAGCGATGCCGGCAATAGATCGACGATCAGCCGAGGATATACACTGTCAGCATTTTCAATGCCGCCCCCATATAAATGAAAGGCAATCACTCCAGGGACGACTAAATAAAAAACGCCGATGAGTTTAAAGAAACCTGCTAAAAGAGCGCCCTTTTGTCCTTCAGCCAAATTTCTCGCTCCTAATGCCCGCTGGACGATCGCTTGGTTAACAGCCCAATAAAAGAGATTATTCACTAATAGC > NZ_CP034943/2098510‑2098781 | cTCCGAATAAAATAGCGGCGAATACACCGGTAAGCGATGCCGGCAATAGATCGACGATCAGCCGAGGATATACACTGTCAGCATTTTCAATGCCGCCCCCATATAAATGAAAGGCAATCACTCCAGGGACGACtaaataa > 1:3281173/1‑140 (MQ=255) aTAGCGGCGAATACACCGGTACGCGATGCCGGCAATAGATCGACGATCAGCCGTGGATATACACTGTCAGCATTTTCATTGCCGCCCCCATATAAATTAAAGGCAATCACTCCAGGGACGACTAAATAAAAAACGCCGAt < 2:436748/140‑1 (MQ=255) aTAGCGGCGAATACACCGGTAAGCGATGCCGGCAATAGATCGACGATCAGCCGAGGATATACACTGTCAGCATTTTCAATGCCGCCCCAATATAAATGAAAGGCAATCACTCCAGGCACGACTAAATAAAAAACGCCGAt < 2:3216542/140‑1 (MQ=255) aTAGCGGCCAATACACCGTTAAGCTATGCCGGAATTTGATCGACGATAAGCCGTGTTTATACACTGTCAGAATTTTAAATGCCGCCCCCATATAAATCAACGGAAATCACTCCAGGGACGACTAAATAAAAAACGCCGAt < 2:1214060/140‑1 (MQ=255) 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1:3178345/1‑140 (MQ=255) acTAAATAAAAAACGCCGATGAGTTTAAAGAAACCTGCTAAAAGAGCGCCCTTTTGTCCTTCAGCCAAATTTCTCGCTCCTAATGCCCGCTGGACGATCGCTTGGTTAACAGCCCAATAAAAGAGATTATTCACTAATAg > 2:3472682/1‑140 (MQ=255) acTAAATAAAAAACGCCGATGAGTTTAAAGAAACCTGCTAAAAGAGCGCCCTTTTGTCCTTCAGCCAAATTTCTCGCTCCTAATGCCCGCTGGACGATCGCTTGGTTAACAGCCCAATAAAAGAGATTATTCACTAATAg > 2:1668445/1‑140 (MQ=255) acTAAATAAAAAACGCCGATGAGTTTAAAGAAACCTGCTAAAAGAGCGCCCTTTTGTCCTTCAGCCAAATTTCTCGCTCCTAATGCCCGCTGGACGATCGCTTGGTTAACAGCCCAATAAAAGAGATTATTCACTAATAg > 1:3580496/1‑140 (MQ=255) acTAAATAAAAAACGCCGATGAGTTTAAAGAAACCTGCTAAAAGAGCGCCCTTTTGTCCTTCAGCCAAATTTCTCGCTCCTAATGCCCGCTGGACGATCGCTTGGTTAACAGCCCAATAAAAGAGATTATTCACTAATAg > 1:1593107/1‑140 (MQ=255) acTAAATAAAAAACGCCGATGAGTTTAAAGAAACCTGCTAAAAGAGCGCCCTTTTGTCCTTCAGCCAAATTTCTCGCTCCTAATGCCCGCTGGACGATCGCTTGGTTAACAGCCCAATAAAAGAGATTATTCACTAATAg > 1:915758/1‑140 (MQ=255) acTAAATAAAAAACGCCGATGAGTTTAAAGAAACCTGCTAAAAGAGCGCCCTTTTGTCCTTCAGCCAAATTTCTCGCTCCTAATGCCCGCTGGACGATCGCTTGGTTAACAGCCCAATAAAAGAGATTATTCACTAATAg > 2:673335/1‑140 (MQ=255) acTAAATAAAAAACGCCGATGAGTTTAAAGAAACCTGCTAAAAGAGCGCCCTTTTGTCCTTCAGCCAAATTTCTCGCTCCTAATGCCCGCTGGACGATCGCTTGGTTAACAGCCCAATAAAAGAGATTATTCACTAATAg < 1:89055/140‑1 (MQ=255) acTAAATAAAAAACGCCGATGAGTTTAAAGAAACCTGCTAAAAGAGCGCCCTTTTGTCCTTCAGCCAAATTTCTCGCTCCTAATGCCCGCTGGACGATCGCTTGGTTAACAGCCCAATAAAAGAGATTATTCACTAATAg > 1:608989/1‑140 (MQ=255) acTAAATAAAAAACGCCGATGAGTTTAAAGAAACCTGCTAAAAGAGCGCCCTTTTGTCCTTCAGCCAAATTTCTCGCTCCCTATGCCCGCTGGACGATCGCTTGGTTAACAGCCCAATAAAAGAGATTATTCACTAATAg > 2:1824328/1‑140 (MQ=255) acTAAATAAAAAACGCCGATGAGTTTAAAGAAACCTGCTAAAAGAGCGCCCTTTTGTCCTTCAGCCAAATTACTCGCTCCTAATTCCCGCTGGACGATCGCTTGGTTAACAGCCCAATAATAGAGATTATTCACTAATac > 2:3841833/1‑139 (MQ=255) | CTCCGAATAAAATAGCGGCGAATACACCGGTAAGCGATGCCGGCAATAGATCGACGATCAGCCGAGGATATACACTGTCAGCATTTTCAATGCCGCCCCCATATAAATGAAAGGCAATCACTCCAGGGACGACTAAATAAAAAACGCCGATGAGTTTAAAGAAACCTGCTAAAAGAGCGCCCTTTTGTCCTTCAGCCAAATTTCTCGCTCCTAATGCCCGCTGGACGATCGCTTGGTTAACAGCCCAATAAAAGAGATTATTCACTAATAGC > NZ_CP034943/2098510‑2098781 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |