| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 2,502,212 | T→G | 11.7% | N284H (AAC→CAC) | hrcA ← | heat‑inducible transcriptional repressor HrcA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,502,212 | 0 | T | G | 11.7% | 332.7 / 3.4 | 169 | N284H (AAC→CAC) | hrcA | heat‑inducible transcriptional repressor HrcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (88/52); new base G (27/2); total (115/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.88e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
CACATGCTGAAGCAGGCTGACAACCCTGGAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGAT > NZ_CP034943/2502075‑2502350 | cacaTGCTGAAGCAGGCTGACAACCCTGGAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGtttt < 2:3379702/140‑1 (MQ=255) caTGCTGAAGCAGGCTGACAACCCTGGACTAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTtttct > 1:1765642/1‑140 (MQ=255) caTGCTGAAGCAGGCTGACAACCCTGGAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTtttct > 2:1464695/1‑140 (MQ=255) caTGCTGAAGCAGGCTGACAACCCTGGAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTtttct > 1:2953582/1‑140 (MQ=255) caTGCTGAAGCAGGCTGACAACCCTGGAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTtttct > 2:1784761/1‑140 (MQ=255) caTGCTGAAGCAGGCTGACAACCCTGGAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTtttct > 1:1328692/1‑140 (MQ=255) caTGCTGAAGCAGGCTGACAACCCTGGAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTgttct > 1:2502834/1‑140 (MQ=255) caTGCTGAAGCAGGCTGACAACCCTGGAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTgttcg > 2:3333610/1‑139 (MQ=255) aaGCAGGCTGACAACCCTGGAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTGCCgc > 1:2349798/1‑139 (MQ=255) aaGCAGGCTGACAACCCTGGAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGa > 1:3637321/1‑140 (MQ=255) ggCTGACAACCCTGGAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTCCCGATTTTa > 2:3237441/1‑140 (MQ=255) ggCTGACAACCCTGGAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTa > 2:2494580/1‑140 (MQ=255) ggCTGACAACCCTGGAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTa > 2:1745624/1‑140 (MQ=255) gCTGACAACCCTGGAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTaa > 2:3418722/1‑140 (MQ=255) cTGACAACCCTGGAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAAt < 1:1191519/140‑1 (MQ=255) gACAACCCTGGAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCg < 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tGGAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTCTTTCCCGATTTTTATCGAAATcccc > 1:1873605/1‑140 (MQ=255) ggAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCg < 1:1565959/140‑1 (MQ=255) gAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTGCCGATTTTAATAGAAATCCCCgt > 1:1387913/1‑140 (MQ=255) atTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGACTAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCGTCATAGTCGTTGTGGTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGggtgtg > 1:1709548/1‑140 (MQ=255) atTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTGCCGATTTTAATCGAAAAACCCggggggg > 1:1984576/1‑134 (MQ=255) ttCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTCCCCATTTTAAACGAAAAAACCGTGTGTgg > 1:2457639/1‑140 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2:3463023/140‑1 (MQ=255) tCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACg < 2:3022522/140‑1 (MQ=255) tCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACg < 2:1328692/140‑1 (MQ=255) atgatCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAAACCCCGTGTGTGGGGGTTGTACGAGGTTTaa > 1:3056537/1‑140 (MQ=255) tgatCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTCCCGATTTTAATCGAAAACCCCGTGTGTGGGGATTGTAAGTGCTTTaaa > 1:2137808/1‑140 (MQ=255) tgatCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATAGAAATACCCGTGTGTGGGGATTTAACGAGCTTTaaa > 1:2904196/1‑140 (MQ=255) tgatCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATAGAAAAACCCGTGTGTGGGGATTGAAAGAGCTTTaaa > 1:1079097/1‑140 (MQ=255) tgatCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTGAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTaaa < 2:2338430/140‑1 (MQ=255) cGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTCCCCATTTTAATCGAAATCCCCGGGGGTGGGGTTTTTACGAGCTTTTAAACAt > 1:3857671/1‑140 (MQ=255) cGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATAGAAAAACCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACAt > 1:3857414/1‑140 (MQ=255) aaTTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTCTTTCCCGATTTTAATAGAAATCCCCGTGGGTTGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATGCt > 2:2512156/1‑140 (MQ=255) ccGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTCCAGATTTTAAACGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAAAATCCTGTTAttt > 2:1021932/1‑140 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1:469414/1‑138 (MQ=255) cAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTGTTTGCCGATTTTAATCGAAATCCCCGGGGGTGGGGCTTGAACGAGCGTTAAAACATCCTGTTGTTTTTAAATTAATTAGAGAATCGACCGCACGCTGGTGATATCATGGaa > 1:2626582/1‑140 (MQ=255) cAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTCTTTACCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAAAGAGCTTTAAAAAATACTGTTCTTTTTAAATTAAATAGAGAAACGACCGAACTCTGGTGATATCATGGaa > 2:1726631/1‑140 (MQ=255) ccATCTGTTCATTGTCTTTTTCTTTCCCTATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTAAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGc < 1:2424344/140‑1 (MQ=255) ccATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGc < 1:1839922/140‑1 (MQ=255) tctcTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATAGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAATCGACCGAACGCTGGTGATATAATGGAACTCCGGCtct > 2:548753/1‑138 (MQ=255) ctTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTTAACGAGCTTTAAAACATCCAGTTCTTTTTCAATTAATTAGCGAATCGACCGAACTCTGGTGATATAATGGAACTCCGGCTGGTTc > 2:3592073/1‑140 (MQ=255) ttCTTAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTTTGGGGATTTAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCa < 2:3669612/140‑1 (MQ=255) ttCATAGTCGTTTTCTTTCCCTATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCa < 2:3803425/140‑1 (MQ=255) ttCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCa < 2:3261456/140‑1 (MQ=255) ttttCTTTCCCGATTTTAAACGAAAACCCCGTTTGGGGGGATTTAACGAGCTTTAAAACATCCCGTTCTTTTTAAATTAATGCTCGAAGCGACCCAACGCGGGTGCAATCATGGAACACCCGCAGGGTCAGCATATAGAt > 2:3748000/1‑140 (MQ=255) | CACATGCTGAAGCAGGCTGACAACCCTGGAATAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGAT > NZ_CP034943/2502075‑2502350 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |