| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 3,052,465 | G→A | 6.1% | T111T (ACG→ACA) | EO946_RS15780 → | Na+/H+ antiporter subunit E |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 3,052,465 | 0 | G | A | 6.1% | 747.3 / 24.6 | 231 | T111T (ACG→ACA) | EO946_RS15780 | Na+/H+ antiporter subunit E |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (105/110); new base A (7/7); total (113/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
GGGAACTGTACCTTGCCAATGTCAGTGTGCTTAAATCAGTCCTATCGCCGAAACTGAATATCAGACCGGGCATTTTCGCTTTTAAAACTGAGCTTACGACGGATTGGGAAATCACCCTGCTGTCACTGCTCATTACGTTAACGCCGGGAACCTTGGTGATGGATATTTCAGATGACAGGACGATTCTTTATATTCACGCGATGGATATTGAGGATGCGGAAAAAGCCATTTTTGATATTCGGGAGTCATTTGAAAAAGCCATACAGGAGGTG > NZ_CP034943/3052329‑3052600 | gggAACTGTACCTTGCCAATGTCAGTGTGCTTAAATCAGTCCTATCGCCGAAACTGAATATCAGACCGGGCATTTTCGCTTTTAAAACTGAGCTTACGACGGATTGGGAAATCACCCTGCTGTCACTGCTCATTACGTTa < 2:3778302/140‑1 (MQ=255) ggAACTGTACCTTGCCAATGTCAGTGTGCTTAAATCAGTCCTATCGCCGAAACTGAATATCAGACCGGGCATTTTCGCTTTTAAAACTGAGCTTACGACGGATTGGGAAATCACCCTGCTGTCACTGCTCATTACGTTaa < 2:1066/140‑1 (MQ=255) cggTACCGTGCCAAGGTCAGTGTGCTTAAATCCGTCCGCTCGCCGAAACTGAAGATCAGACCGGCCATGTTCGCGTTTAAAACTGAGCTTACGACGGATTGGGACATCACCCTGCTGTCACTGCTCATTACGTTAACGcc < 2:2983290/138‑1 (MQ=255) atGTACCTTGCCAATGTCAGTGTGCTTAAATCAGTCCTATCGCCGAAACTGAATATCAGACCGGGCATTTTCGCTTTTAAAACTGAGCTTACGACGGATTGGGAAATCACCCTGCTGTCACTGCTCATTACGTTAACGcc < 2:3141427/139‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aCTGCTCATTACGTTAACGCCGGGAACCTTGGTGATGGATATTTCAGATGACAGGACGATTCTTTATATTCACGCGATGGATATTGAGGATGCGGAAAAAGCCATTTTTGATATTCGGGAGTCATTTGAAAAAGCCATAc > 1:2084063/1‑140 (MQ=255) tCATTACGTTAACGCCGGGAACCTTGGTGATGGATATTTCAGATGACAGGACGATTCTTTATATTCACGCGATGGATATTGAGGATGCGGAAAAAGCCATTTTTGATATTCGGGAGTCATTTGAAAAAGCCATACaggag > 1:3193177/1‑140 (MQ=255) ttACGTTAACGCCGGGAACCTTGGTGATGGATATTTCAGATGACAGGACGATTCTTTATATTCACGCGATGGATATTGAGGATGCGGAAAAAGCCATTTTTGATATTCGGGAGTCATTTGAAAAAGCCATACAGGAGGTg < 1:2126585/140‑1 (MQ=255) | GGGAACTGTACCTTGCCAATGTCAGTGTGCTTAAATCAGTCCTATCGCCGAAACTGAATATCAGACCGGGCATTTTCGCTTTTAAAACTGAGCTTACGACGGATTGGGAAATCACCCTGCTGTCACTGCTCATTACGTTAACGCCGGGAACCTTGGTGATGGATATTTCAGATGACAGGACGATTCTTTATATTCACGCGATGGATATTGAGGATGCGGAAAAAGCCATTTTTGATATTCGGGAGTCATTTGAAAAAGCCATACAGGAGGTG > NZ_CP034943/3052329‑3052600 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |