| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,982,236 | 0 | T | C | 40.0% | ‑6.0 / 14.7 | 15 | noncoding (284/1550 nt) | EO946_RS15435 | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/6); new base C (1/5); total (4/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.41e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGCATCCGG > NZ_CP034943/2982123‑2982348 | cgacAGACGTTCGTCCATGGCGGAAGAGTCCCGACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCACGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCaa < 2:2653607/137‑1 (MQ=1) tcctCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATg < 2:4245506/137‑1 (MQ=1) cccaCTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTAGGTGAGCCGTTACCCCACCTACTAGCTAAt > 1:3385783/4‑119 (MQ=0) cccaCTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTAGGTGAGCCGTTACCCCACCTACTAGCTAAt < 2:3385783/116‑1 (MQ=0) acggctgcCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCAGTAAGTg < 2:3703482/137‑1 (MQ=0) accgctgcCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATGACCTCACCAACTAGCTAAGGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTg < 2:1595988/137‑1 (MQ=0) cggaGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGcc < 1:2799309/137‑1 (MQ=1) aggcTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCttt < 1:3903927/137‑1 (MQ=1) ggcccGTGTCTCACTCCCAGTGTGGCCGATCACCCACTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCCCCAACGAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGt < 2:3821452/137‑1 (MQ=1) tggctcAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTACTGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCCCCTTTTATTTTTGAAc > 2:2313531/4‑140 (MQ=0) gactataaCCCTCTCAGATCTGCTAAAAATCCTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGc > 2:964681/8‑140 (MQ=1) gagcACCCTCTCAGGTCGGCTCCGCATCGGTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACGAGCTACCGCGCCGCGGGTCCCTCTGTACGTGGTCGCCGAAGCCACCATGGATGTTGCAACCCTGGGGGTCAATCAAGCATc < 2:3602314/137‑1 (MQ=0) gaccACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGCATc < 2:2862445/137‑1 (MQ=1) atgaCCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGCCAGTACCTCGCCAACTAGCTAATGCGCCGCTGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGTTTCAAACAAGCATcc < 2:3703567/137‑1 (MQ=1) aacactatcAGGTCGGCTACGCATCGTTGAATTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGCATCCgg > 1:596562/8‑140 (MQ=0) | CGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTTTGAACCATGCGGTTCAAACAAGCATCCGG > NZ_CP034943/2982123‑2982348 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |