| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP034943 | 3,976,145 | 0 | C | A | 5.4% | 1321.5 / 5.3 | 507 | E21* (GAA→TAA) | rlmH | 23S rRNA (pseudouridine(1915)‑N(3))‑methyltransferase RlmH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (183/264); new base A (50/2); total (241/266) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 524 total aligned reads displayed.
ATTTTGGATAGGATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCTTAGGTTTTCCGGCGCTTTTTCGTCCGGGAGTTCGATGATGTCGATTTTTGCGTAGGCCGAAAGTCGTTTCGTGTATTCTTCAATGCCTTGCTTGAGGTATTTTTCTTTTAGTTTTCCGATTGTCACAATATTGATATTCACAGGTCATCCCCACTTTAAAAACAAGTTATTCATATATGTTGTCCACAATTGTGGATATCTTTTCTGTATTTTGTGTAAG > NZ_CP034943/3976006‑3976284 | ttttGGATAGGATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCTTAGGTTTTCCGGCGCTTTTTCGTCCGGGAGTTCGATGATGTCGATTTTTGCGTAGGCCGAAAGTCGTTTCGTGTATTCTTCa < 1:5690364/140‑1 (MQ=255) ggATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCTTATGTTTTACGGCGCGTTTTAGTCCGGGAGTTCGATGATTTCGATTTTTTGGTAGGCCGAAAGTGGTTTGGTGTATTGTTAAATTCctttg > 1:38394/1‑138 (MQ=255) ggATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCTTAGGTTTTCCGGCGCTTTTTCGTGCGGGAGTTCGATGATGTCGATTTTTTGGTAGGCCGAAAGTCGTTTGGTGTATTATTAAATTActtgc > 1:4148124/1‑140 (MQ=255) ggATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCATGGTCGCGTATGTTTTACGGCGCTTTTTCGTCCGGGAGTTCGATGATGTCGATTTTTGCGTAGGCCGAAAGTCGTTTCGTGTATTCTTCAATGCcttgc > 2:4757261/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tgtATTCTTCAATGCCTTGCTTGAGGTATTTTTCTTTTAGTTTTCCGATTGTCACAATATTGATATTCACAGGTCATCCCCACTTTAAAAACAAGTTATTCATATATGTTGTCCACAATTGTGGATATCTTTTCTGTAtt < 2:821377/140‑1 (MQ=255) tgtATTCTTCAATGCCTTGCTTGAGGTATTTTTCTTTTAGTTTTCCGATTGTCACAATATTGATATTCACAGGTCATCCCCACTTTAAAAACAAGTTATTCATATATGTTGTCCACAATTGTGGATATCTTTTCTGTAtt < 1:857430/140‑1 (MQ=255) tgaaTTCTTCAATGCCTTGCGTGAGGTATTTTTCTTTTAGTTTTCCGATTGTCACAATATTGATATTCACAGGTCATCCCCACTTTAAAAACAAGTTATTCATATATGTTGTCCACAATTGTGGATATCTTTTCTGTAtt < 1:4305061/137‑1 (MQ=255) cAATGCCTTGCTTGAGGTATTTTTCTTTTAGTTTTCCGATTGTCACAATATTGATATTCACAGGTCATCCCCACTTTAAAAACAAGTTATTCATATATGTTGTCCACAATTGTGGATATCTTTTCTGTATTTTGTGTAAg > 1:5266083/1‑140 (MQ=255) | ATTTTGGATAGGATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCTTAGGTTTTCCGGCGCTTTTTCGTCCGGGAGTTCGATGATGTCGATTTTTGCGTAGGCCGAAAGTCGTTTCGTGTATTCTTCAATGCCTTGCTTGAGGTATTTTTCTTTTAGTTTTCCGATTGTCACAATATTGATATTCACAGGTCATCCCCACTTTAAAAACAAGTTATTCATATATGTTGTCCACAATTGTGGATATCTTTTCTGTATTTTGTGTAAG > NZ_CP034943/3976006‑3976284 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |