| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NZ_CP034943 | 3,976,149 | G→T | 7.1% | G19G (GGC→GGA) | rlmH ← | 23S rRNA (pseudouridine(1915)‑N(3))‑methyltransferase RlmH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 3,976,149 | 0 | G | T | 7.1% | 1343.2 / 23.8 | 513 | G19G (GGC→GGA) | rlmH | 23S rRNA (pseudouridine(1915)‑N(3))‑methyltransferase RlmH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (194/266); new base T (50/2); total (245/268) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 516 total aligned reads displayed.
TGGATAGGATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCTTAGGTTTTCCGGCGCTTTTTCGTCCGGGAGTTCGATGATGTCGATTTTTGCGTAGGCCGAAAGTCGTTTCGTGTATTCTTCAATGCCTTGCTTGAGGTATTTTTCTTTTAGTTTTCCGATTGTCACAATATTGATATTCACAGGTCATCCCCACTTTAAAAACAAGTTATTCATATATGTTGTCCACAATTGTGGATATCTTTTCTGTATTTTGTGTAAGATC > NZ_CP034943/3976010‑3976287 | tGGATAGGATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCTTAGGTTTTCCGGCGCTTTTTCGTCCGGGAGTTCGATGATGTCGATTTTTTCGTAGGCCGAAAGTCGTTTCGTGTATTATTAAATg > 2:251719/1‑140 (MQ=255)tGGATAGGATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCTTAGGTTTTCCGGCGCTTTTTCGTCCGGGAGTTCGATGATGTCGATTTTTGCGTAGGCCGAAAGTCGTTTCGTGTATTCTTCAATg > 2:1659961/1‑140 (MQ=255) ggATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCTTAGGTTTTCCGGCGCTTTTTCGTCCGGGAGTTCGATGATGTCGATTTTTGCGTATGCCGAAAGTCGTTTCGTGTATTCTTAAATTCcttgc > 2:1897047/1‑140 (MQ=255) ggATGCGGTCGCCTTCTTTGTCTTTTATGATTTTCATGTCCTGGTCGCGTAGGTTTTCCGGCGCGTTTTAGTCCGGGCGTTCGATGATGTCGATTTTTTCGTAGGCCGAAAGTCGGTTGGTGTTTTCTTAAAATCcttgg > 1:2948322/1‑139 (MQ=255) 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NZ_CP034943/3976010‑3976287 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |