| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 2,502,242 | T→G | 20.0% | T274P (ACG→CCG) | hrcA ← | heat‑inducible transcriptional repressor HrcA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,502,242 | 0 | T | G | 20.0% | 365.2 / 31.7 | 233 | T274P (ACG→CCG) | hrcA | heat‑inducible transcriptional repressor HrcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (110/66); new base G (54/2); total (165/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.48e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
TAATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGT > NZ_CP034943/2502106‑2502379 | atTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGACTAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATGTTAATCGAAATCCCCGggtgtg > 2:4434645/1‑140 (MQ=255) atTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAATAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCGATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTATTCGAAATACCCGggtgtg > 2:6952007/1‑140 (MQ=255) atTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAAACCAAATCCCCGtgtgtg > 2:4079760/1‑140 (MQ=255) ttCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTGCCGATTTTAATCGAAATACCCGGGTGTgg > 1:920811/1‑140 (MQ=255) ttCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATAGAAATACCCGTGTgggg > 1:4378680/1‑140 (MQ=255) ttCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCCATTTTAATAGAAATCCCCGTGTGTgg > 2:2486020/1‑140 (MQ=255) ttCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTCTTTACCCATTTTAATAGAAATACCAGGGTGTgg > 1:4508699/1‑140 (MQ=255) tGCGGGTCGGACCGTTGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGGGTGTGGGGAt > 2:7075472/1‑140 (MQ=255) tGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGAt > 1:6066142/1‑140 (MQ=255) gCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGGTTCCCGATTTTATTCGAAAACCCCGTGGGTGGGGAtt > 1:2224578/1‑140 (MQ=255) gCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGAtt > 1:3695638/1‑140 (MQ=255) gCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGAtt > 2:7260479/1‑140 (MQ=255) gCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATAGAAATCCCCGTGTGTGGGGAtt > 2:1930689/1‑140 (MQ=255) gCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTATTTACCGATTTTAATAGAAAACCCCGTGGGTGGGGAtt > 1:1049477/1‑140 (MQ=255) gCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGGTCTTTCCCGCTTTTCATCGAAATCCCCGTggggggggctg > 2:4396509/1‑137 (MQ=255) gTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGACTAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGGGTGGGGATTGAAc > 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cAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATcc < 1:1532956/140‑1 (MQ=255) cAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATcc < 1:7068430/140‑1 (MQ=255) aTCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTGCCGATTTTAATAGAAATCACCGGGTGTGGGGATTTAACGTGCTTTAAAAAATGCTGTTAttttta > 1:503924/1‑139 (MQ=255) aTCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGGGGGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCGGTTCTTTTTc > 1:1419941/1‑140 (MQ=255) aTCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTCCCGATTTTAATCGAAATACCCGTGTGTGGGGATTTAAAGAGGTTTAAAACATACTGTTCtttttg > 1:5311223/1‑139 (MQ=255) aTCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTACCCATTTTAATCGAAAAACCCGGGGGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAAAATACTGTTCttttta > 1:4731888/1‑139 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gCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAAtt < 2:1241099/140‑1 (MQ=255) cTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATGGAAATCCCCGTGTGGGGGGATTGTACGAGCGTTAAAACCTCCTGTTCTTTTTAAATTa > 1:5225044/1‑140 (MQ=255) aTCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTGTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATAGAAAAACCCGGGTGTGGGGCTTTAAAGAGCTTTTAAACATTCTGTTATTTTTCAATTAATgagc > 2:2647319/1‑139 (MQ=255) aTCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTCCCGATTTTTATCGAAATCCCCGGGGGTGGGGGTTTTACGAGCTTTAAAAAATCCTGGTGTTTTTGAATTAATtaga > 1:6872298/1‑140 (MQ=255) aTCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTACCGATTTTAATCGAAATACCCGGGTGTGGGGATTGTACGAGCTTTAAAAAATCCTGTTCTTTTTCAATTAATtaga > 1:6373007/1‑140 (MQ=255) aTCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTGTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGGGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATtaga > 1:41841/1‑140 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |